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- PDB-4fd2: Crystal structure of the C-terminal domain of ClpB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fd2
タイトルCrystal structure of the C-terminal domain of ClpB
要素Chaperone protein ClpB
キーワードCHAPERONE / AAA domain
機能・相同性
機能・相同性情報


protein unfolding / cellular response to heat / protein refolding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chaperonin ClpB / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / : / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp repeat (R) domain profile. ...Chaperonin ClpB / ClpA/B, conserved site 2 / Chaperonins clpA/B signature 2. / : / ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp repeat (R) domain profile. / Clp, repeat (R) domain / Clp, N-terminal domain superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #60 / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chaperone protein ClpB
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Biter, A.B. / Lee, S. / Sung, N. / Tsai, F.T.F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural basis for intersubunit signaling in a protein disaggregating machine.
著者: Biter, A.B. / Lee, S. / Sung, N. / Tsai, F.T.
履歴
登録2012年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月22日Group: Database references
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Chaperone protein ClpB
B: Chaperone protein ClpB
D: Chaperone protein ClpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,0756
ポリマ－104,7943
非ポリマー1,2823
水00
1
A: Chaperone protein ClpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3582
ポリマ－34,9311
非ポリマー4271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Chaperone protein ClpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3582
ポリマ－34,9311
非ポリマー4271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
D: Chaperone protein ClpB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3582
ポリマ－34,9311
非ポリマー4271
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.775, 129.775, 129.401
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31D
12A
22B
32D
13A
23B
33D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A545 - 756
2114B545 - 756
3114D545 - 756
1124A757 - 852
2124B757 - 852
3124D757 - 852
1134A853
2134B853
3134D853

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Chaperone protein ClpB


分子量: 34931.223 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 545-852 / 変異: E668A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: clpB, TTHA1487 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL CodonPlus / 参照: UniProt: Q9RA63
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.99 %
結晶化温度: 294 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: citric acid, isopropanol, pH 5.0, hanging drop, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.497
11h+k,-k,-l20.503
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 24567

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→42.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 72.784 / SU ML: 0.5 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 1001 4.1 %
Rwork0.278 --
obs0.279 24567 98.8 %
溶媒の処理溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 109.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--25.04 Å20 Å20 Å2
2---25.04 Å20 Å2
3---50.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→42.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7386 0 81 0 7467
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0227599
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5152.00110284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7455921
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.02322.623366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.35151368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9581596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215718
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7071.54599
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.22527431
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.98533000
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.4434.52853
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1702medium positional0.150.5
12B1702medium positional0.180.5
13D1702medium positional0.140.5
21A760medium positional0.120.5
22B760medium positional0.20.5
23D760medium positional0.150.5
31A27medium positional0.320.5
32B27medium positional0.40.5
33D27medium positional0.530.5
11A1702medium thermal1.52
12B1702medium thermal1.022
13D1702medium thermal0.842
21A760medium thermal1.42
22B760medium thermal1.242
23D760medium thermal0.592
31A27medium thermal0.22
32B27medium thermal0.292
33D27medium thermal0.212
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 81 -
Rwork0.355 1696 -
obs--97.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
114.763513.4796-1.931323.4111-5.22741.03090.33740.9198-0.76410.4823-0.4809-0.70950.03010.37710.14350.41110.25690.03740.52260.02710.0436-48.4804-2.829541.3899
23.02390.82511.10282.47970.10191.83450.080.12870.2115-0.3104-0.17580.2051-0.2490.07960.09580.4081-0.01550.05410.54990.05790.1808-55.91727.332237.4749
37.9238-5.3171-6.610242.8971-8.82456.2052-0.7124-0.37632.073-4.3673.35733.65021.4961-0.6493-2.64491.9179-0.3563-0.66590.89760.25660.9235-67.600425.409430.4338
42.9666-24.37457.061868.8646-28.072115.8944-2.40431.3486-1.21156.9868-1.32221.5535-2.3902-0.44573.72661.10080.41550.50291.8312-0.1483.9076-68.600723.925420.9087
56.20411.02792.40811.525-1.24152.6271-0.1112-0.02050.80320.09050.01630.3068-0.2569-0.08040.09490.4480.10350.05550.54660.04640.2361-64.488413.17834.3742
630.2297-7.313917.03110.4819-3.844318.49360.2387-3.6177-0.63910.4823-0.59980.73110.6535-1.0340.36120.333-0.2120.1990.85020.01410.1044-54.898713.264957.0878
77.5611.2435-3.68660.501-0.50062.72820.0194-0.1726-0.28980.1142-0.1016-0.117-0.04160.18370.08220.43560.0105-0.03350.41980.09960.3181-29.267712.143136.1919
811.3328.58924.757615.07533.26321.6619-0.0088-0.05730.08060.7422-0.07080.6735-0.0176-0.21140.07950.51130.16130.08870.6207-0.16020.0875-43.1383-5.8435-37.0306
90.1931-0.0816-0.80213.567-0.99472.0445-0.04-0.0788-0.03590.341-0.0101-0.4432-0.12970.18650.05020.6720.00940.01650.6624-0.05030.5161-30.833-7.4677-32.8015
104.7765-5.7543-4.28214.46347.315955.0495-1.3872-0.6548-0.56461.19840.56580.1907-1.78154.12250.82150.7174-0.08480.071.36840.29571.7801-10.1777-9.8297-20.5239
115.6870.53160.96335.7287-0.92920.724-0.0788-0.0569-0.17730.11660.1417-0.98230.07730.4161-0.06290.58570.0732-0.0580.6937-0.09160.4747-21.672-12.9355-28.622
1223.7923-13.54139.933218.3518-8.72196.58580.28992.4456-0.0217-1.2721-0.7307-0.43070.55960.21940.44080.67390.13680.30360.9724-0.11570.1443-24.9725-2.3437-51.5397
132.452-0.4524-0.46942.32620.89962.9853-0.22020.18020.0473-0.2206-0.16640.4996-0.331-0.08340.38670.59720.0029-0.07620.6954-0.01430.4558-37.26486.5815-35.0756
143.4658-2.5609-0.98924.85160.67954.5955-0.13750.11130.379-0.03150.40010.26170.2049-0.1254-0.26260.6545-0.0962-0.04090.5413-0.05730.6137-41.379424.5318-29.075
1534.9651-2.55683.1625.93882.31171.01810.778-0.03040.9447-0.8053-0.8724-0.1529-0.3175-0.29490.09440.4548-0.1228-0.03580.29820.04810.0206-38.2017-3.1318-1.7965
162.8824-0.0001-0.80242.52130.65471.9315-0.00280.1611-0.5465-0.3085-0.03850.14450.2366-0.29750.04120.42810.0228-0.05390.4388-0.00650.1783-43.2464-14.6548-5.7228
171.005-2.72161.65444.1442-1.8016-0.03640.41740.5634-0.4214-0.9557-0.4280.30930.35720.2160.01061.3189-0.25780.0651.1511-0.20151.3305-52.1687-33.919-17.2652
183.0627-3.1135-0.68175.21353.19723.16950.26150.0994-0.9589-0.1153-0.29110.78660.3484-0.39770.02950.5731-0.0607-0.09390.4221-0.02040.2991-43.3478-25.4147-9.7066
1910.3035-2.23564.98825.343817.393417.7046-1.8868-1.8958-0.28141.09512.1743-1.4618-0.51340.7941-0.28750.42950.264-0.10420.69980.24080.595-49.4831-16.778813.2936
209.4105-6.33144.439512.4714-1.96654.751-0.3254-1.1149-0.12530.27340.31330.29930.041-0.27310.01210.3922-0.12230.13080.48580.03550.1003-48.1383-9.80324.9597
213.1978-2.57661.21233.5899-2.55634.83660.01740.00760.2812-0.1147-0.151-0.3097-0.2328-0.11050.13360.4211-0.0237-0.03090.4866-0.07190.3816-63.90439.9587-9.989
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A545 - 573
2X-RAY DIFFRACTION2A574 - 628
3X-RAY DIFFRACTION3A629 - 640
4X-RAY DIFFRACTION4A641 - 651
5X-RAY DIFFRACTION5A652 - 712
6X-RAY DIFFRACTION6A713 - 743
7X-RAY DIFFRACTION7A744 - 852
8X-RAY DIFFRACTION8B545 - 573
9X-RAY DIFFRACTION9B574 - 628
10X-RAY DIFFRACTION10B629 - 651
11X-RAY DIFFRACTION11B652 - 708
12X-RAY DIFFRACTION12B709 - 743
13X-RAY DIFFRACTION13B744 - 780
14X-RAY DIFFRACTION14B781 - 852
15X-RAY DIFFRACTION15D545 - 573
16X-RAY DIFFRACTION16D574 - 628
17X-RAY DIFFRACTION17D629 - 651
18X-RAY DIFFRACTION18D652 - 708
19X-RAY DIFFRACTION19D709 - 743
20X-RAY DIFFRACTION20D744 - 763
21X-RAY DIFFRACTION21D764 - 852

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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