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- PDB-4fbc: Structure of mutant RIP from barley seeds in complex with AMP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fbc
タイトルStructure of mutant RIP from barley seeds in complex with AMP
要素Protein synthesis inhibitor I
キーワードHYDROLASE / Ribosome Inactivating Protein / rRNA N-glycosylase activity / ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response to fungus / toxin activity / killing of cells of another organism / negative regulation of translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 ...Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A Subunit), domain 2 / Ricin (A subunit); domain 1 / Ricin (A subunit), domain 1 / Ribosome-inactivating protein conserved site / Shiga/ricin ribosomal inactivating toxins active site signature. / Ribosome-inactivating protein type 1/2 / Ribosome-inactivating protein / Ribosome-inactivating protein, subdomain 1 / Ribosome-inactivating protein, subdomain 2 / Ribosome-inactivating protein superfamily / Ribosome inactivating protein / Few Secondary Structures / Irregular / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Protein synthesis inhibitor I
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare (オオムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lee, B.-G. / Kim, M.K. / Suh, S.W. / Song, H.K.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structures of the ribosome-inactivating protein from barley seeds reveal a unique activation mechanism.
著者: Lee, B.G. / Kim, M.K. / Kim, B.W. / Suh, S.W. / Song, H.K.
履歴
登録2012年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein synthesis inhibitor I
B: Protein synthesis inhibitor I
C: Protein synthesis inhibitor I
D: Protein synthesis inhibitor I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,7908
ポリマ－119,4014
非ポリマー1,3894
水35,4901970
1
A: Protein synthesis inhibitor I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1972
ポリマ－29,8501
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein synthesis inhibitor I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1972
ポリマ－29,8501
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Protein synthesis inhibitor I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1972
ポリマ－29,8501
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Protein synthesis inhibitor I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1972
ポリマ－29,8501
非ポリマー3471
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.833, 142.427, 85.236
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 127.97, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Protein synthesis inhibitor I / Ribosome-inactivating protein I / rRNA N-glycosidase


分子量: 29850.240 Da / 分子数: 4 / 変異: E196A, K197A, K198A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hordeum vulgare (オオムギ) / 遺伝子: RIP30 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22244, rRNA N-glycosylase
#2: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1970 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.13 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1M phosphate-citrate, 0.2M NaCl, 20%(w/v) PEG 8000, pH 4.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月27日
放射モノクロメーター: Numerical link type Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 134051 / Num. obs: 134051 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.053
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.7-1.763.50.464196.4
1.76-1.833.60.334196.1
1.83-1.913.60.228196.4
1.91-2.023.70.153196.7
2.02-2.143.70.114197.3
2.14-2.313.80.088198.6
2.31-2.5440.068199.4
2.54-2.914.20.052199.6
2.91-3.664.20.039199.8
3.66-504.10.03199.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→37.733 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2142 2010 1.5 %
Rwork0.1756 --
obs0.1762 134038 97.33 %
all-134040 -
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.317 Å2 / ksol: 0.318 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1933 Å20 Å21.5509 Å2
2---0.6636 Å2-0 Å2
3----1.0424 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→37.733 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8336 0 92 1970 10398
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078632
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08711768
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.083128
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0661348
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051512
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.74260.35381290.31268435X-RAY DIFFRACTION87
1.7426-1.78980.34511420.26389282X-RAY DIFFRACTION96
1.7898-1.84240.26861430.22089292X-RAY DIFFRACTION96
1.8424-1.90190.25941390.19929312X-RAY DIFFRACTION96
1.9019-1.96990.24141470.17699326X-RAY DIFFRACTION97
1.9699-2.04870.21551460.17629355X-RAY DIFFRACTION97
2.0487-2.1420.20151380.17459427X-RAY DIFFRACTION97
2.142-2.25490.20781470.17099534X-RAY DIFFRACTION98
2.2549-2.39610.21171410.17169609X-RAY DIFFRACTION99
2.3961-2.58110.23651490.17919642X-RAY DIFFRACTION99
2.5811-2.84080.22631430.17619663X-RAY DIFFRACTION100
2.8408-3.25160.20911470.16929670X-RAY DIFFRACTION100
3.2516-4.09590.1891460.15299715X-RAY DIFFRACTION100
4.0959-37.74230.18191530.1669766X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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