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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4fbb | ||||||
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タイトル | Structure of mutant RIP from barley seeds in complex with adenine (AMP-incubated) | ||||||
![]() | Protein synthesis inhibitor I | ||||||
![]() | HYDROLASE / Ribosome Inactivating Protein / rRNA N-glycosylase activity / ribosome | ||||||
機能・相同性 | ![]() rRNA N-glycosylase / rRNA N-glycosylase activity / defense response to fungus / toxin activity / killing of cells of another organism / negative regulation of translation / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lee, B.-G. / Kim, M.K. / Suh, S.W. / Song, H.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of the ribosome-inactivating protein from barley seeds reveal a unique activation mechanism. 著者: Lee, B.G. / Kim, M.K. / Kim, B.W. / Suh, S.W. / Song, H.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 239.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 192.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 476.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 487 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 52.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 79.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29850.240 Da / 分子数: 4 / 変異: E196A, K197A, K198A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1M phosphate-citrate, 0.2M NaCl, 20%(w/v) PEG 8000, pH 4.2, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月16日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 113785 / Num. obs: 113785 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 17.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→31.495 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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