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万見
- PDB-4fa8: Multi-pronged modulation of cytokine signaling -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fa8
タイトルMulti-pronged modulation of cytokine signaling
要素
  • Macrophage colony-stimulating factor 1
  • Secreted protein BARF1
キーワードViral Protein/Cytokine / immunoglobulin-like domains / 4-helix bundle fold / Viral Protein-Cytokine complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of macrophage derived foam cell differentiation / mammary gland fat development / positive regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / macrophage homeostasis / monocyte activation / macrophage colony-stimulating factor receptor binding / monocyte homeostasis / osteoclast proliferation / positive regulation of macrophage migration / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth ...regulation of macrophage derived foam cell differentiation / mammary gland fat development / positive regulation of macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / macrophage homeostasis / monocyte activation / macrophage colony-stimulating factor receptor binding / monocyte homeostasis / osteoclast proliferation / positive regulation of macrophage migration / positive regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / developmental process involved in reproduction / CSF1-CSF1R complex / macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of microglial cell migration / mammary duct terminal end bud growth / microglial cell proliferation / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / myeloid leukocyte migration / neutrophil homeostasis / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of monocyte differentiation / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of Ras protein signal transduction / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / positive regulation of cell-matrix adhesion / Other interleukin signaling / positive regulation of macrophage chemotaxis / Interleukin-10 signaling / monocyte differentiation / macrophage differentiation / regulation of ossification / positive regulation of protein kinase activity / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of protein metabolic process / osteoclast differentiation / cytokine activity / response to ischemia / Post-translational protein phosphorylation / growth factor activity / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Ras protein signal transduction / nuclear body / positive regulation of cell migration / inflammatory response / endoplasmic reticulum lumen / innate immune response / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
BARF1 second Ig-like domain / Macrophage colony stimulating factor-1 / Macrophage colony stimulating factor-1 (CSF-1) / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins ...BARF1 second Ig-like domain / Macrophage colony stimulating factor-1 / Macrophage colony stimulating factor-1 (CSF-1) / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Macrophage colony-stimulating factor 1 / Secreted protein BARF1
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者He, X. / Shim, A.H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Multipronged attenuation of macrophage-colony stimulating factor signaling by Epstein-Barr virus BARF1.
著者: Shim, A.H. / Chang, R.A. / Chen, X. / Longnecker, R. / He, X.
履歴
登録2012年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Secreted protein BARF1
B: Secreted protein BARF1
D: Secreted protein BARF1
E: Macrophage colony-stimulating factor 1
F: Macrophage colony-stimulating factor 1
G: Macrophage colony-stimulating factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,97112
ポリマ－119,5486
非ポリマー2,4236
水7,963442
1
A: Secreted protein BARF1
B: Secreted protein BARF1
D: Secreted protein BARF1
E: Macrophage colony-stimulating factor 1
F: Macrophage colony-stimulating factor 1
G: Macrophage colony-stimulating factor 1
ヘテロ分子

A: Secreted protein BARF1
B: Secreted protein BARF1
D: Secreted protein BARF1
E: Macrophage colony-stimulating factor 1
F: Macrophage colony-stimulating factor 1
G: Macrophage colony-stimulating factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,94224
ポリマ－239,09612
非ポリマー4,84712
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area34380 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area94120 Å2
手法PISA
2
A: Secreted protein BARF1
B: Secreted protein BARF1
D: Secreted protein BARF1
ヘテロ分子

A: Secreted protein BARF1
B: Secreted protein BARF1
D: Secreted protein BARF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,52612
ポリマ－136,0076
非ポリマー3,5196
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area19830 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area55070 Å2
手法PISA
3
E: Macrophage colony-stimulating factor 1
ヘテロ分子

E: Macrophage colony-stimulating factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8054
ポリマ－34,3632
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
Buried area2060 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area15890 Å2
手法PISA
4
F: Macrophage colony-stimulating factor 1
G: Macrophage colony-stimulating factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8054
ポリマ－34,3632
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area15660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.554, 162.701, 57.337
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.87, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-447-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31D
12E
22F
32G

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A21 - 219
2114B21 - 219
3114D21 - 219
1124E2 - 146
2124F2 - 146
3124G2 - 146

NCSアンサンブル:
ID
1
2
詳細the biological assembly of BARF1 is a hexamer / the biological unit of M-CSF is a dimer

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要素

#1: タンパク質 Secreted protein BARF1 / 33 kDa early protein / p33


分子量: 22667.824 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: BARF1 / 器官 (発現宿主): Human Embryonic Kidney cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0CW72
#2: タンパク質 Macrophage colony-stimulating factor 1 / CSF-1 / M-CSF / MCSF / Lanimostim / Processed macrophage colony-stimulating factor 1


分子量: 17181.467 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 36-180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSF1 / 器官 (発現宿主): Human Embryonic Kidney cells / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P09603
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 442 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 8% PEG8000, 0.1M imidazole pH8.0, 0.22M calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月1日
放射モノクロメーター: NA / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→125.83 Å / Num. all: 89831 / Num. obs: 89831 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 15.528 / SU ML: 0.179 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26002 4499 5 %RANDOM
Rwork0.22163 ---
obs0.22353 85332 97.6 %-
all-89831 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.47 Å20 Å2-2.85 Å2
2---2.13 Å20 Å2
3---5.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8075 0 159 442 8676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.028453
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3741.96711475
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3685994
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.14824.427393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.179151437
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0491539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21302
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5671.55006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.08128146
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.86133448
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8984.53332
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A1492medium positional0.340.5
11B1492medium positional0.460.5
11D1492medium positional0.380.5
22E1187medium positional0.510.5
22F1187medium positional0.510.5
22G1187medium positional0.660.5
11A1492medium thermal0.542
11B1492medium thermal0.52
11D1492medium thermal0.552
22E1187medium thermal0.562
22F1187medium thermal0.672
22G1187medium thermal0.582
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 325 -
Rwork0.382 5820 -
obs--92.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.42842.83621.08092.92420.77070.58430.2225-0.3629-0.00170.3008-0.2427-0.05730.0126-0.1420.02020.1239-0.00660.02130.1412-0.00580.0214.026-16.736-14.068
20.72131.52040.11565.7108-0.04610.0557-0.07290.1343-0.0582-0.37530.0636-0.21950.00510.06840.00930.1273-0.02920.03160.16960.03270.026136.33412.242-25.044
34.0947-1.04621.95540.5548-0.48610.961-0.1878-0.42560.21160.13460.06940.132-0.1403-0.23640.11840.1788-0.00110.01830.2365-0.030.138214.78739.9-13.691
42.8666-1.01961.68861.7143-1.8794.52180.2683-0.5603-0.38530.0706-0.00020.26261.0672-0.028-0.26810.60440.0248-0.0530.32210.02380.194410.63-56.005-10.526
54.6945-1.2277-0.83921.63620.08350.9273-0.03240.235-0.2598-0.3358-0.01370.11540.1108-0.03680.0460.2004-0.04760.02940.1723-0.01140.032368.32632.807-18.599
61.03920.08190.41582.83851.71542.0364-0.061-0.17390.10980.0275-0.02590.2455-0.0665-0.26020.0870.1166-0.00560.04370.2031-0.00640.116547.13855.9964.754
763.185-13.50930.488259.3154-42.71437.93141.53861.17440.1484-1.3649-0.2842.07181.38140.576-1.25460.42890.1954-0.15110.2505-0.15240.22610.563-10.009-21.049
8101.8406-31.425233.73953.9555-32.610322.35780.72011.0941.00180.171-0.1151.6803-0.00520.2702-0.60510.34630.1595-0.17990.6157-0.18640.356623.14622.169-28.665
90.5567-0.08652.748128.998114.275621.34720.2177-0.04590.002-0.1205-0.3865-0.00530.9818-0.47880.16880.1619-0.0639-0.05610.2718-0.01730.419716.95523.345-14.764
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A20 - 219
2X-RAY DIFFRACTION2B20 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3D20 - 219
4X-RAY DIFFRACTION4E2 - 146
5X-RAY DIFFRACTION5F2 - 146
6X-RAY DIFFRACTION6G2 - 146
7X-RAY DIFFRACTION7A301 - 303
8X-RAY DIFFRACTION8B301 - 303
9X-RAY DIFFRACTION9D301 - 303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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