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- PDB-4f97: Crystal Structure of VldE, the pseudo-glycosyltransferase, in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f97
タイトルCrystal Structure of VldE, the pseudo-glycosyltransferase, in complex with GDP and validoxylamine A 7'-phosphate
要素VldE
キーワードTRANSFERASE / Twin Rossman Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


validamine 7-phosphate valienyltransferase / trehalose biosynthetic process / hexosyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 20 / Glycosyltransferase family 20 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-VDO / Validamine 7-phosphate valienyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces hygroscopicus subsp. limoneus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.108 Å
データ登録者Cavalier, M.C. / Yim, Y.-S. / Asamizu, S. / Neau, D. / Almabruk, K.H. / Mahmud, T. / Lee, Y.-H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Mechanistic Insights into Validoxylamine A 7'-Phosphate Synthesis by VldE Using the Structure of the Entire Product Complex.
著者: Cavalier, M.C. / Yim, Y.S. / Asamizu, S. / Neau, D. / Almabruk, K.H. / Mahmud, T. / Lee, Y.H.
履歴
登録2012年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VldE
B: VldE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,92510
ポリマ－110,0132
非ポリマー1,9128
水8,791488
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6310 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area36050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.959, 120.714, 84.236
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'A' and (resseq 3:263 or resseq 270:479 ) and (not element H) and (not element D)
211chain 'B' and (resseq 3:263 or resseq 270:479 ) and (not element H) and (not element D)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 VldE / pseudo-glycosyltransferase


分子量: 55006.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces hygroscopicus subsp. limoneus (バクテリア)
遺伝子: vldE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q15JG1, 転移酵素; グリコシル基を移すもの

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非ポリマー , 5種, 496分子

#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-VDO / [(1R,2R,3S,4S,5S)-2,3,4-TRIHYDROXY-5-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-TRIHYDROXY-3-(HYDROXYMETHYL)CYCLOHEX-2-EN-1-YL]AMINO}CYCLOHEXYL]METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / バリドキシルアミンA6′-O-ホスファ-ト


分子量: 415.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H26NO11P
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 8.0, 25-30% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月3日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.108→47.94 Å / Num. all: 55145 / Num. obs: 55049 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2.7 / Observed criterion σ(I): 2.7
反射 シェル解像度: 2.108→2.22 Å / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.108→47.94 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2222 2790 5.07 %RANDOM
Rwork0.1906 ---
obs0.1922 55049 99.66 %-
all-55145 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.611 Å2 / ksol: 0.328 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.6679 Å20 Å22.6121 Å2
2---3.4823 Å20 Å2
3---1.8144 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.108→47.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7361 0 120 488 7969
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0177652
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.76310443
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5562764
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1621150
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071372
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A3661X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B3661X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.401
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.108-2.14450.30121280.26292520X-RAY DIFFRACTION97
2.1445-2.18350.27611430.24342656X-RAY DIFFRACTION100
2.1835-2.22550.29711380.23782590X-RAY DIFFRACTION100
2.2255-2.2710.31131530.24362609X-RAY DIFFRACTION100
2.271-2.32030.28551270.2332597X-RAY DIFFRACTION100
2.3203-2.37430.26621530.2312610X-RAY DIFFRACTION100
2.3743-2.43370.24231270.22572596X-RAY DIFFRACTION100
2.4337-2.49950.26311480.20882607X-RAY DIFFRACTION100
2.4995-2.5730.24881360.20112625X-RAY DIFFRACTION100
2.573-2.65610.21091330.20012638X-RAY DIFFRACTION100
2.6561-2.7510.25771260.19622603X-RAY DIFFRACTION100
2.751-2.86110.27261330.19972620X-RAY DIFFRACTION100
2.8611-2.99130.23861570.19852615X-RAY DIFFRACTION100
2.9913-3.1490.23271170.20542631X-RAY DIFFRACTION100
3.149-3.34620.22991370.19552620X-RAY DIFFRACTION100
3.3462-3.60450.21551420.18182609X-RAY DIFFRACTION100
3.6045-3.96710.19231300.16532624X-RAY DIFFRACTION99
3.9671-4.54080.17591420.15142610X-RAY DIFFRACTION100
4.5408-5.71940.18291590.16772613X-RAY DIFFRACTION99
5.7194-47.95190.19841610.18442626X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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