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万見
- PDB-4f6s: Crystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 7 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f6s
タイトルCrystal structure of human CDK8/CYCC in complex with compound 7 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]urea)
要素
  • Cyclin-C
  • Cyclin-dependent kinase 8
キーワードTRANSFERASE/TRANSCRIPTION/INHIBITOR / protein kinase complex / Proteros / TRANSFERASE-TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CKM complex / G0 to G1 transition / negative regulation of triglyceride metabolic process / mediator complex / Generic Transcription Pathway / [RNA-polymerase]-subunit kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / RSV-host interactions / negative regulation of Notch signaling pathway / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex ...CKM complex / G0 to G1 transition / negative regulation of triglyceride metabolic process / mediator complex / Generic Transcription Pathway / [RNA-polymerase]-subunit kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / RSV-host interactions / negative regulation of Notch signaling pathway / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / ubiquitin ligase complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / PPARA activates gene expression / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / ubiquitin protein ligase activity / protein kinase activity / protein ubiquitination / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily ...Cyclin, C-terminal domain 2 / Cyclin C-terminal domain / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0SQ / FORMIC ACID / Cyclin-C / Cyclin-dependent kinase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Schneider, E.V. / Boettcher, J. / Huber, R. / Maskos, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structure-kinetic relationship study of CDK8/CycC specific compounds.
著者: Schneider, E.V. / Bottcher, J. / Huber, R. / Maskos, K. / Neumann, L.
履歴
登録2012年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 8
B: Cyclin-C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,54414
ポリマ－80,7012
非ポリマー84312
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5590 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area28560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.036, 71.395, 171.719
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 8 / Cell division protein kinase 8 / Mediator complex subunit CDK8 / Mediator of RNA polymerase II ...Cell division protein kinase 8 / Mediator complex subunit CDK8 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit CDK8 / Protein kinase K35


分子量: 46990.801 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-403 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK8
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P49336, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#2: タンパク質 Cyclin-C / SRB11 homolog / hSRB11


分子量: 33710.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P24863

-
非ポリマー , 4種, 102分子

#3: 化合物 ChemComp-0SQ / 1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]urea


分子量: 272.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H20N4O
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.41 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 20% PEG3350, 0.2 M sodium formate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月29日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→85.86 Å / Num. all: 27589 / Num. obs: 27589 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 17.83
反射 シェル解像度: 2.6→2.81 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.635 / Mean I/σ(I) obs: 17.83 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RGF

3rgf


解像度: 2.6→85.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 21.003 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.435 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26028 936 3.4 %RANDOM
Rwork0.20276 ---
obs0.20469 26652 99.85 %-
all-27589 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.424 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1 Å20 Å20 Å2
2---2.01 Å20 Å2
3---3.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→85.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4925 0 57 90 5072
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224866
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023344
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0181.9636584
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.80938024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1855589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.27123.397209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.88415784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.411523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021032
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.37822970
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.28621184
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.45934739
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.58541896
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.38861845
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 85 -
Rwork0.32 1903 -
obs--99.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8117-2.4648-0.21444.3450.21240.60290.20560.42520.1952-0.5826-0.1847-0.0301-0.1153-0.1544-0.02080.3031-0.0454-0.05060.29350.07550.199836.74570.01758.871
22.20250.77130.18723.7525-0.12771.3845-0.01520.3162-0.1451-0.35140.11130.00070.0379-0.0482-0.09610.14330.0111-0.00820.1262-0.0250.016146.5939.81857.724
31.8787-0.25730.00421.3926-0.15042.5001-0.0053-0.0970.13480.0450.1124-0.0023-0.05420.0317-0.1070.082-0.02590.02550.0773-0.02230.107331.42270.33388.136
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2A101 - 359
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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