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万見
- PDB-4f5r: Open and closed ternary complex of R283K DNA polymerase beta with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f5r
タイトルOpen and closed ternary complex of R283K DNA polymerase beta with a dCTP analog in the same asymmetric unit
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*G)-3')
  • DNA polymerase beta
キーワードTransferase / lyase/DNA / lyase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / salivary gland morphogenesis / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity ...Resolution of AP sites via the single-nucleotide replacement pathway / immunoglobulin heavy chain V-D-J recombination / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / APEX1-Independent Resolution of AP Sites via the Single Nucleotide Replacement Pathway / salivary gland morphogenesis / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / homeostasis of number of cells / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / pyrimidine dimer repair / response to hyperoxia / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / lymph node development / spleen development / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair, gap-filling / spindle microtubule / response to gamma radiation / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / microtubule binding / neuron apoptotic process / response to ethanol / in utero embryonic development / microtubule / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / lyase activity / Ub-specific processing proteases / inflammatory response / DNA repair / DNA damage response / enzyme binding / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain ...Beta Polymerase; domain 3 / DNA polymerase, thumb domain / DNA polymerase family X, beta-like / DNA polymerase beta, N-terminal domain-like / DNA polymerase beta, palm domain / DNA polymerase beta palm / DNA polymerase lambda, fingers domain / Fingers domain of DNA polymerase lambda / DNA-directed DNA polymerase X / DNA polymerase beta-like, N-terminal domain / Helix-hairpin-helix domain / DNA polymerase X family / DNA polymerase family X, binding site / DNA polymerase family X signature. / DNA polymerase lambda lyase domain superfamily / DNA polymerase family X / DNA polymerase beta, thumb domain / DNA polymerase beta thumb / DNA polymerase, thumb domain superfamily / Beta Polymerase, domain 2 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6CF / : / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Freudenthal, B.D. / Beard, W.A. / Wilson, S.H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Structures of dNTP Intermediate States during DNA Polymerase Active Site Assembly.
著者: Freudenthal, B.D. / Beard, W.A. / Wilson, S.H.
履歴
登録2012年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase beta
B: DNA polymerase beta
D: DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*C)-3')
T: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,67418
ポリマ－95,3608
非ポリマー1,31410
水7,458414
1
A: DNA polymerase beta
D: DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*C)-3')
T: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3379
ポリマ－47,6804
非ポリマー6575
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area21280 Å2
手法PISA
2
B: DNA polymerase beta
C: DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*G)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3379
ポリマ－47,6804
非ポリマー6575
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area19890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.028, 79.446, 102.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA polymerase beta


分子量: 38213.656 Da / 分子数: 2 / 変異: R283K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLB / プラスミド: pWL11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Tap56
参照: UniProt: P06746, DNA-directed DNA polymerase, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ

-
DNA鎖 , 3種, 6分子 DCPGTF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*TP*CP*GP*G)-3')


分子量: 1536.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: polydeoxyribonucleotide from IDT / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*TP*GP*AP*TP*GP*CP*GP*C)-3')


分子量: 3061.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: polydeoxyribonucleotide from IDT / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*AP*CP*GP*GP*CP*GP*CP*AP*TP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量: 4869.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: polydeoxyribonucleotide from IDT / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 424分子

#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-6CF / 2'-deoxy-5'-O-[(S)-{difluoro[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}(hydroxy)phosphoryl]cytidine / 2′-デオキシシチジン5′-[[ヒドロキシ(ホスホノオキシ)ホスフィニル]ジフルオロメチル]ホスホン酸


分子量: 501.165 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16F2N3O12P3
#7: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50mM Imidazole, 350mM Sodium Acetate, 16.5% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors VarimaxHF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 263254 / Num. obs: 263254 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 31.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.2-2.285.80.7032.731100
2.28-2.375.90.5813.371100
2.37-2.485.90.5453.461100
2.48-2.615.90.4544.071100
2.61-2.7760.3415.171100
2.77-2.9960.2595.671100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
CNS精密化
StructureStudioデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ISB and 2FMS

3isb

2fms


解像度: 2.2→21.36 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2776 1393 3.65 %Random
Rwork0.2097 ---
all0.2122 74621 --
obs0.2122 74621 85.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.01 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.645 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.8979 Å2-0 Å2-0.2014 Å2
2---0.3574 Å2-0 Å2
3---6.2553 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→21.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5152 1264 68 414 6898
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0116779
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19456
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.5122621
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0621028
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004979
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.240.35021450.26263615X-RAY DIFFRACTION83
2.24-2.2830.33121440.25723371X-RAY DIFFRACTION77
2.283-2.32960.33781420.24943562X-RAY DIFFRACTION81
2.3296-2.38010.31331500.23953677X-RAY DIFFRACTION82
2.3801-2.43540.27951280.25583385X-RAY DIFFRACTION77
2.4354-2.49620.36631240.25463452X-RAY DIFFRACTION78
2.4962-2.56360.40731220.27743353X-RAY DIFFRACTION77
2.5636-2.63890.34531330.26163425X-RAY DIFFRACTION78
2.6389-2.7240.34611310.25783486X-RAY DIFFRACTION79
2.724-2.82110.33111220.2513467X-RAY DIFFRACTION77
2.8211-2.93380.29681230.24223484X-RAY DIFFRACTION79
2.9338-3.06690.32611400.233624X-RAY DIFFRACTION83
3.0669-3.22810.31851500.22764189X-RAY DIFFRACTION94
3.2281-3.42960.31071610.21524302X-RAY DIFFRACTION98
3.4296-3.69310.28721670.21434422X-RAY DIFFRACTION99
3.6931-4.06250.2191580.17094200X-RAY DIFFRACTION96
4.0625-4.64510.21341580.14744222X-RAY DIFFRACTION95
4.6451-5.83250.2081590.17564255X-RAY DIFFRACTION97
5.8325-21.36110.23191670.19574406X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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