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- PDB-4f3v: Crystal structure of N-terminal domain of EccA1 ATPase from ESX-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f3v
タイトルCrystal structure of N-terminal domain of EccA1 ATPase from ESX-1 secretion system of Mycobacterium tuberculosis
要素ESX-1 secretion system protein EccA1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / tetratricopeptide repeat / TPR domain / ATPase / protein secretion
機能・相同性
機能・相同性情報


biological process involved in interaction with host => GO:0051701 / biological process involved in interaction with host / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type VII secretion system AAA-ATPase, EccA / : / T7SS, ESX-1 secretion system protein EccA1, N-terminal domain / CbbX, AAA lid domain / AAA lid domain / CbxX/CfxQ / : / Tetratricopeptide repeat domain / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core ...Type VII secretion system AAA-ATPase, EccA / : / T7SS, ESX-1 secretion system protein EccA1, N-terminal domain / CbbX, AAA lid domain / AAA lid domain / CbxX/CfxQ / : / Tetratricopeptide repeat domain / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SAMARIUM (III) ION / ESX-1 secretion system protein EccA1 / ESX-1 secretion system protein EccA1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Korotkov, K.V. / Evans, T.J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the N-terminal domain of EccA1 ATPase from the ESX-1 secretion system of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Wagner, J.M. / Evans, T.J. / Korotkov, K.V.
履歴
登録2012年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22013年12月25日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESX-1 secretion system protein EccA1
B: ESX-1 secretion system protein EccA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,62511
ポリマ－60,5982
非ポリマー1,0279
水8,161453
1
A: ESX-1 secretion system protein EccA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8346
ポリマ－30,2991
非ポリマー5355
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ESX-1 secretion system protein EccA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7925
ポリマ－30,2991
非ポリマー4934
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area24210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.230, 92.510, 105.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: HIS / Beg label comp-ID: HIS / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 271 / Label seq-ID: 2 - 273

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 ESX-1 secretion system protein EccA1 / ESX conserved component A1 / Type VII secretion system protein EccA1 / T7SS protein EccA1


分子量: 30298.979 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-280 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: eccA1, MT3981, MTV027.03, Rv3868 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: O69733, UniProt: P9WPH9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.37 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M SODIUM CITRATE PH 5.6, 1.0M LITHIUM SULFATE, 0.5M AMMONIUM SULFATE, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 49283 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 30.791 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 10.63
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2-2.050.7931.55198566843197.9
2.05-2.110.5952.14203466776199.8
2.11-2.170.4472.8197706565199.8
2.17-2.230.3533.47192576378199.8
2.23-2.310.34.12186926206199.6
2.31-2.390.2365.13179795945199.7
2.39-2.480.2075.72176405825199.8
2.48-2.580.1796.65168625554199.9
2.58-2.690.1477.86161645326199.8
2.69-2.830.1219.36155695104199.8
2.83-2.980.09611.29147224830199.7
2.98-3.160.07713.58140114596199.8
3.16-3.380.05917131624324199.7
3.38-3.650.04421.75121063970199.5
3.65-40.03824.63111243658199.3
4-4.470.03328.21101743331199.7
4.47-5.160.03228.6790902971199.7
5.16-6.320.03427.0375232460199.8
6.32-8.940.02832.7858621920199.6
8.94-30.7910.02437.4230721022196.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU B: 6.378 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2107 2525 5.1 %RANDOM
Rwork0.1738 ---
obs0.1757 49226 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 113.66 Å2 / Biso mean: 27.3646 Å2 / Biso min: 11.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.11 Å20 Å20 Å2
2---0.47 Å20 Å2
3----0.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4135 0 33 453 4621
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0194249
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022784
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2861.9455789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.14936743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3115546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.723.222180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.61215645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3541534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214816
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02906
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9213 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms: 0.13 / タイプ: LOCAL / Weight: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 171 -
Rwork0.247 3192 -
all-3363 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.06220.7570.08044.34861.03423.4498-0.10050.03030.0624-0.3086-0.01920.2446-0.0095-0.24620.11970.0661-0.0062-0.0310.05990.00120.0326-10.1634.7722.006
21.01370.9748-0.81152.0466-0.91250.7852-0.0136-0.0799-0.0446-0.1909-0.0264-0.10850.02850.03070.040.0840.01110.01410.0456-0.00120.01638.92515.84920.408
31.057-0.0069-0.94532.36721.57213.42970.01810.06850.0127-0.3195-0.0628-0.1015-0.1218-0.06940.04470.15730.05570.10530.03250.03280.086220.96317.920.669
44.5923-2.7616-2.15364.34211.130940.26970.06910.4151-0.4482-0.1955-0.3685-0.261-0.1021-0.07420.18640.03130.06360.01280.01520.07971335.6138.142
541.325623.9727-30.347641.2172-14.495349.40210.7942-0.2158-0.224-1.0659-0.0495-1.814-0.7761.7491-0.74470.16040.04780.10620.1575-0.05290.193117.517-3.25933.281
61.3917-0.24890.47762.9617-0.09822.0280.00870.0283-0.05990.19910.0075-0.16920.0860.0758-0.01620.03490.0141-0.0110.04870.00760.03788.1782.41141.527
71.8801-1.0977-1.64281.01041.34192.64410.08260.1080.0094-0.0676-0.05710.0491-0.0124-0.1077-0.02550.0348-0.00060.00180.061-0.00330.05-12.94116.89448.541
81.20960.2474-1.53192.9507-1.51072.6586-0.0616-0.21450.02790.13190.0762-0.2885-0.12420.2278-0.01460.10250.00040.03380.0604-0.01040.0848-14.90720.05466.765
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2A69 - 165
3X-RAY DIFFRACTION3A166 - 250
4X-RAY DIFFRACTION4A251 - 273
5X-RAY DIFFRACTION5B0 - 7
6X-RAY DIFFRACTION6B8 - 78
7X-RAY DIFFRACTION7B79 - 204
8X-RAY DIFFRACTION8B205 - 272

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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