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- PDB-4f3d: Structure of RPE65: P65 crystal form grown in Fos-Choline-10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f3d
タイトルStructure of RPE65: P65 crystal form grown in Fos-Choline-10
要素Retinoid isomerohydrolase
キーワードISOMERASE / HYDROLASE / monotopic membrane protein / metalloprotein / non-heme iron protein / Beta-propeller / smooth ER membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


retinoid isomerohydrolase / lutein isomerase / retinol isomerase activity / all-trans-retinyl-palmitate hydrolase, 11-cis retinol forming activity / all-trans-retinyl-ester hydrolase, 11-cis retinol forming activity / zeaxanthin biosynthetic process / beta-carotene 15,15'-dioxygenase activity / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / retinal metabolic process / phosphatidylcholine binding ...retinoid isomerohydrolase / lutein isomerase / retinol isomerase activity / all-trans-retinyl-palmitate hydrolase, 11-cis retinol forming activity / all-trans-retinyl-ester hydrolase, 11-cis retinol forming activity / zeaxanthin biosynthetic process / beta-carotene 15,15'-dioxygenase activity / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / retinal metabolic process / phosphatidylcholine binding / cardiolipin binding / phosphatidylserine binding / visual perception / endoplasmic reticulum membrane / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein
類似検索 - ドメイン・相同性
2-ETHOXYETHANOL / : / Retinoid isomerohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kiser, P.D. / Palczewski, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure of RPE65 isomerase in a lipidic matrix reveals roles for phospholipids and iron in catalysis.
著者: Kiser, P.D. / Farquhar, E.R. / Shi, W. / Sui, X. / Chance, M.R. / Palczewski, K.
履歴
登録2012年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoid isomerohydrolase
B: Retinoid isomerohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,4627
ポリマ－122,0802
非ポリマー3825
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area38390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.258, 175.258, 86.449
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 533 / Label seq-ID: 3 - 533

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Retinoid isomerohydrolase / RPE65 / retinoid isomerase / All-trans-retinyl-palmitate hydrolase / Retinal pigment epithelium- ...RPE65 / retinoid isomerase / All-trans-retinyl-palmitate hydrolase / Retinal pigment epithelium-specific 65 kDa protein / Retinol isomerase


分子量: 61040.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: retina / Tissue fraction: RPE microsomes / 参照: UniProt: Q28175, retinoid isomerohydrolase
#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-ETX / 2-ETHOXYETHANOL / 2-エトキシエタノ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.82 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 35% 2-ethoxyethanol, 22 mM Fos-choline-10, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月12日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD8-24 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 52159 / Num. obs: 52159 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 49.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 3.75 % / Rmerge(I) obs: 0.882 / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / Num. unique all: 8474 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
REFMAC5.7.0025精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3FSN

3fsn


解像度: 2.5→47.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 5.116 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21896 2662 5.1 %FROM PDB ENTRY 3FSN
Rwork0.1926 ---
obs0.19395 49415 99.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.362 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.86 Å20 Å20 Å2
2--7.86 Å20 Å2
3----15.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8261 0 20 115 8396
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.028541
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027975
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0911.95211622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71318399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.17151028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.09324.279409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.298151379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4691536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21261
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219636
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022012
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 32589 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms: 0.04 / タイプ: interatomic distance / Weight: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 193 -
Rwork0.295 3635 -
obs--98.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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