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万見
- PDB-4f3a: Structure of RPE65: P6522 crystal form, iridium derivative -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f3a
タイトルStructure of RPE65: P6522 crystal form, iridium derivative
要素Retinoid isomerohydrolase
キーワードISOMERASE / HYDROLASE / monotopic membrane protein / metalloprotein / non-heme iron protein / Beta-propeller / smooth ER membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


retinoid isomerohydrolase / lutein isomerase / retinol isomerase activity / all-trans-retinyl-palmitate hydrolase, 11-cis retinol forming activity / all-trans-retinyl-ester hydrolase, 11-cis retinol forming activity / zeaxanthin biosynthetic process / beta-carotene 15,15'-dioxygenase activity / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / detection of light stimulus involved in visual perception / retinal metabolic process ...retinoid isomerohydrolase / lutein isomerase / retinol isomerase activity / all-trans-retinyl-palmitate hydrolase, 11-cis retinol forming activity / all-trans-retinyl-ester hydrolase, 11-cis retinol forming activity / zeaxanthin biosynthetic process / beta-carotene 15,15'-dioxygenase activity / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / detection of light stimulus involved in visual perception / retinal metabolic process / phosphatidylcholine binding / cardiolipin binding / retina homeostasis / phosphatidylserine binding / endoplasmic reticulum membrane / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / IRIDIUM (III) ION / Retinoid isomerohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kiser, P.D. / Palczewski, K.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure of RPE65 isomerase in a lipidic matrix reveals roles for phospholipids and iron in catalysis.
著者: Kiser, P.D. / Farquhar, E.R. / Shi, W. / Sui, X. / Chance, M.R. / Palczewski, K.
履歴
登録2012年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoid isomerohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,2883
ポリマ－61,0401
非ポリマー2482
水2,972165
1
A: Retinoid isomerohydrolase
ヘテロ分子

A: Retinoid isomerohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,5776
ポリマ－122,0802
非ポリマー4964
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z+1/21
Buried area3390 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area38700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.639, 178.639, 86.469
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

IR3

21A-841-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Retinoid isomerohydrolase / RPE65 / retinoid isomerase / All-trans-retinyl-palmitate hydrolase / Retinal pigment epithelium- ...RPE65 / retinoid isomerase / All-trans-retinyl-palmitate hydrolase / Retinal pigment epithelium-specific 65 kDa protein / Retinol isomerase


分子量: 61040.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: retina / Tissue fraction: RPE microsomes / 参照: UniProt: Q28175, retinoid isomerohydrolase
#2: 化合物 ChemComp-IR3 / IRIDIUM (III) ION


分子量: 192.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ir
#3: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.3 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 11% PEG3350, pH 8, crystal soaked in 1 mM iridium hexachloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.0952 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月8日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0952 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 25187 / Num. obs: 25186 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 55.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.6→2.75 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.898 / Mean I/σ(I) obs: 2.15 / Num. unique all: 7080 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
PHASER位相決定
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.7.0025精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→48.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 8.024 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.398 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22868 1261 5 %RANDOM
Rwork0.18515 ---
obs0.18734 23925 98.73 %-
all-23925 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 49.436 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å20.06 Å20 Å2
2--0.12 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4159 0 2 165 4326
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.024282
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023981
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3541.9495833
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.73239184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9775513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.23624.265204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.96115688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8831517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021013
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free25.18951
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.23651
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 81 -
Rwork0.218 1518 -
obs--86.34 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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