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- PDB-4f2l: Structure of a regulatory domain of AMPK -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f2l
タイトルStructure of a regulatory domain of AMPK
要素5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1
キーワードTRANSFERASE / regulatory domain / helix / AMPK intramolecular interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic elongation factor-2 kinase activator activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Macroautophagy / TP53 Regulates Metabolic Genes / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly / positive regulation of mitochondrial transcription / histone H2BS36 kinase activity ...eukaryotic elongation factor-2 kinase activator activity / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Macroautophagy / TP53 Regulates Metabolic Genes / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase / [hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH)] kinase activity / regulation of stress granule assembly / positive regulation of mitochondrial transcription / histone H2BS36 kinase activity / cold acclimation / AMP-activated protein kinase activity / lipid droplet disassembly / positive regulation of skeletal muscle tissue development / CAMKK-AMPK signaling cascade / regulation of vesicle-mediated transport / nucleotide-activated protein kinase complex / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / positive regulation of fatty acid oxidation / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / tau-protein kinase / negative regulation of TOR signaling / response to caffeine / positive regulation of protein targeting to mitochondrion / protein localization to lipid droplet / negative regulation of tubulin deacetylation / cholesterol biosynthetic process / lipid biosynthetic process / cellular response to stress / fatty acid oxidation / motor behavior / energy homeostasis / cellular response to ethanol / fatty acid homeostasis / negative regulation of lipid catabolic process / cellular response to nutrient levels / response to UV / cellular response to glucose starvation / positive regulation of adipose tissue development / positive regulation of protein localization / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of gluconeogenesis / positive regulation of autophagy / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / cellular response to calcium ion / regulation of microtubule cytoskeleton organization / positive regulation of glycolytic process / response to activity / positive regulation of D-glucose import / response to gamma radiation / cellular response to glucose stimulus / response to hydrogen peroxide / regulation of circadian rhythm / neuron cellular homeostasis / positive regulation of T cell activation / autophagy / response to estrogen / Wnt signaling pathway / cellular response to hydrogen peroxide / cellular response to xenobiotic stimulus / glucose metabolic process / fatty acid biosynthetic process / rhythmic process / glucose homeostasis / cellular response to prostaglandin E stimulus / cellular response to oxidative stress / cellular response to hypoxia / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / negative regulation of translation / nuclear speck / ciliary basal body / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / axon / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / neuronal cell body / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / dendrite / chromatin binding / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / protein-containing complex / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PRKAA1, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase alpha 1 catalytic subunit, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Serine/threonine-protein kinase, active site ...PRKAA1, UBA-like autoinhibitory domain / 5'-AMP-activated protein kinase alpha 1 catalytic subunit, C-terminal / : / AMP-activated protein kinase, alpha subunit, autoinhibitory domain / AMPK, C-terminal adenylate sensor domain / Adenylate sensor of SNF1-like protein kinase / KA1 domain/Ssp2, C-terminal / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Xin, F.J. / Zhang, Y.Y. / Wang, J. / Wang, Z.X. / Wu, J.W.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Conserved regulatory elements in AMPK
著者: Chen, L. / Xin, F.J. / Wang, J. / Hu, J. / Zhang, Y.Y. / Wan, S. / Cao, L.S. / Lu, C. / Li, P. / Yan, S.F. / Neumann, D. / Schlattner, U. / Xia, B. / Wang, Z.X. / Wu, J.W.
履歴
登録2012年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月3日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,4122
ポリマ－7,3881
非ポリマー241
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1
ヘテロ分子

A: 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8244
ポリマ－14,7762
非ポリマー492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area1810 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area8510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)22.117, 36.258, 98.755
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number17
Space group name H-MP2221

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要素

#1: タンパク質 5'-AMP-activated protein kinase catalytic subunit alpha-1 / AMPK subunit alpha-1 / Tau-protein kinase PRKAA1


分子量: 7387.910 Da / 分子数: 1 / 断片: regulatory domain, UNP RESIDUES 295-347 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Prkaa1, Ampk1 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P54645, non-specific serine/threonine protein kinase, tau-protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES, 0.3M Magnesium sulfate, 36% isopropanol (v/v), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月26日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 24489 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 36.4
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 1179 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
AutoSol位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化解像度: 1.5→24.372 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 17.55 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2116 1198 4.9 %RANDOM
Rwork0.1819 ---
obs0.1833 24447 99.47 %-
all-24447 --
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.764 Å2 / ksol: 0.387 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.6331 Å20 Å20 Å2
2--5.9066 Å2-0 Å2
3----4.2735 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→24.372 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数508 0 1 79 588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005538
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.902730
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.646207
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06878
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00398
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5001-1.56010.2471500.2275256299
1.5601-1.63110.23321320.19872603100
1.6311-1.71710.19281630.17842559100
1.7171-1.82460.22311380.18332575100
1.8246-1.96550.2349910.16822633100
1.9655-2.16310.19851280.17962600100
2.1631-2.47590.1781470.17552595100
2.4759-3.11830.22051410.182255499
3.1183-24.37530.22271080.182256898

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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