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- PDB-4f11: Crystal structure of the extracellular domain of human GABA(B) re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4f11
タイトルCrystal structure of the extracellular domain of human GABA(B) receptor GBR2
要素Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Venus flytrap module / G-protein coupled receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


GABA B receptor activation / G protein-coupled GABA receptor complex / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / GABA receptor complex / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / synaptic transmission, GABAergic ...GABA B receptor activation / G protein-coupled GABA receptor complex / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / GABA receptor complex / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / synaptic transmission, GABAergic / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / transmembrane signaling receptor activity / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, GABA-B receptor / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR ...GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, GABA-B receptor / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Response regulator / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Geng, Y. / Xiong, D. / Mosyak, L. / Malito, D.L. / Kniazeff, J. / Chen, Y. / Burmakina, S. / Quick, M. / Bush, M. / Javitch, J.A. ...Geng, Y. / Xiong, D. / Mosyak, L. / Malito, D.L. / Kniazeff, J. / Chen, Y. / Burmakina, S. / Quick, M. / Bush, M. / Javitch, J.A. / Pin, J.-P. / Fan, Q.R.
引用ジャーナル: Nat.Neurosci. / 年: 2012
タイトル: Structure and functional interaction of the extracellular domain of human GABA(B) receptor GBR2.
著者: Geng, Y. / Xiong, D. / Mosyak, L. / Malito, D.L. / Kniazeff, J. / Chen, Y. / Burmakina, S. / Quick, M. / Bush, M. / Javitch, J.A. / Pin, J.P. / Fan, Q.R.
履歴
登録2012年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月15日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1271
ポリマ－49,1271
非ポリマー00
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.212, 92.716, 48.558
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.75, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / GABA-B receptor 2 / GABA-B-R2 / GABA-BR2 / GABABR2 / Gb2 / G-protein coupled receptor 51 / HG20


分子量: 49127.492 Da / 分子数: 1 / 断片: extracellular domain, UNP residues 42-466 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABBR2, GPR51, GPRC3B
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: O75899
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 18% PEG MME 550, 20% glycerol, 2mM zinc sulfate, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.0715 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月24日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0715 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→50 Å / Num. all: 25223 / Num. obs: 25223 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.311 / Net I/σ(I): 27.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.38-2.492.40.41119631.365175.6
2.49-2.592.90.35424221.399193.2
2.59-2.73.60.3126231.376199.8
2.7-2.853.80.21325971.182199.9
2.85-3.023.80.12926001.1111100
3.02-3.263.80.08726201.261100
3.26-3.583.70.05725961.411199.7
3.58-4.13.70.04326221.412199.7
4.1-5.173.60.0426181.243199.5
5.17-503.40.03425621.433195.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.4.0066精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.38→44.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 14.961 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2171 1274 5.1 %RANDOM
Rwork0.2009 ---
all0.2017 25215 --
obs0.2017 25215 95.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 107.74 Å2 / Biso mean: 69.057 Å2 / Biso min: 38.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å20 Å2-1.61 Å2
2--2.75 Å20 Å2
3----3.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.38→44.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3336 0 0 142 3478
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9521.9624661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0575415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.89824.303165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.47915592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6851521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2505
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212612
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.40452072
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.67863349
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.761369
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3287.51312
LS精密化 シェル解像度: 2.38→2.513 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 139 -
Rwork0.336 2628 -
all-2767 -
obs--72.26 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -39.7479 Å / Origin y: 6.9856 Å / Origin z: -11.5152 Å
111213212223313233
T-0.0257 Å20.0682 Å2-0.0147 Å2-0.0128 Å2-0.0131 Å2---0.1428 Å2
L1.5839 °21.1966 °20.0132 °2-1.4228 °2-0.0184 °2--0.2811 °2
S-0.0451 Å °0.001 Å °0.0626 Å °-0.0493 Å °0.0273 Å °0.0894 Å °-0.0297 Å °-0.0414 Å °0.0179 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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