PDB-4ezc: Crystal Structure of the UT-B Urea Transporter from Bos Taurus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ezc

タイトル

Crystal Structure of the UT-B Urea Transporter from Bos Taurus

要素

Urea transporter 1

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Membrane protein / channel / urea transport / slc14 / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Consortium on Membrane Protein Structure / NYCOMPS / Permeation / Membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

Transport of bile salts and organic acids, metal ions and amine compounds / urea channel activity / water transmembrane transporter activity / urea transmembrane transporter activity / urea transmembrane transport / establishment of localization in cell / basolateral plasma membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.36 Å

データ登録者

Cao, Y. / Levin, E.J. / Zhou, M. / New York Consortium on Membrane Protein Structure (NYCOMPS)

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structure and permeation mechanism of a mammalian urea transporter.
著者: Levin, E.J. / Cao, Y. / Enkavi, G. / Quick, M. / Pan, Y. / Tajkhorshid, E. / Zhou, M.

履歴

登録	2012年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月4日	Group: Database references
改定 1.2	2012年7月25日	Group: Other
改定 1.3	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.4	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.6	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ezc.cif.gz	411.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ezc.ent.gz	341.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ezc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ezc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/4ezc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ezdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ezd-d 6jta-d 4r7g-d 6zax-1 4l78-d 6lyo-d 3m6e-1 3q7k-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYCOMPS-GO.15444

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Urea transporter 1

B: Urea transporter 1

C: Urea transporter 1

ヘテロ分子

130 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.703, 105.645, 105.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.000, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biological assembly is the asymmetric unit.

#1: タンパク質

Urea transporter 1 / Solute carrier family 14 member 1 / Urea transporter B / UT-B / Urea transporter / erythrocyte

分子量: 41496.449 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: SLC14A1, UT-B / プラスミド: pFastBac
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): Sf9 / 参照: UniProt: Q5QF96

#2: 糖

ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#3: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#4: 化合物

ChemComp-SPL / OCTANOIC ACID (2-HYDROXY-1-HYDROXYMETHYL-HEPTADEC-3-ENYL)-AMIDE / CERAMIDE

分子量: 425.688 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₅₁NO₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.89 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 25% PEG 400, 50 mM sodium sulfate, 50 mM lithium sulfate, 0.2 mM DDAO, 100 mM Tris pH 8.0-8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 93 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 0.9788 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月29日

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9788 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 66569 / Num. obs: 66569 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Χ²: 0.875 / Net I/σ(I): 10.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.35-2.39	3	0.585	3127	0.863	1	93.4
2.39-2.43	3.2	0.486	3193	0.927	1	96.3
2.43-2.48	3.3	0.549	3327	0.918	1	99.2
2.48-2.53	3.5	0.461	3297	0.908	1	99.7
2.53-2.59	3.7	0.426	3339	0.901	1	99.9
2.59-2.65	3.7	0.39	3357	0.956	1	100
2.65-2.71	3.7	0.319	3353	0.939	1	100
2.71-2.79	3.7	0.281	3302	0.944	1	100
2.79-2.87	3.7	0.237	3377	0.946	1	100
2.87-2.96	3.8	0.21	3327	0.953	1	100
2.96-3.07	3.7	0.193	3352	0.905	1	100
3.07-3.19	3.7	0.164	3315	0.883	1	100
3.19-3.33	3.7	0.134	3344	0.781	1	100
3.33-3.51	3.7	0.109	3364	0.797	1	100
3.51-3.73	3.7	0.102	3369	0.775	1	100
3.73-4.02	3.7	0.089	3341	0.803	1	100
4.02-4.42	3.7	0.082	3387	0.775	1	99.9
4.42-5.06	3.7	0.069	3342	0.889	1	100
5.06-6.37	3.6	0.061	3396	0.825	1	100
6.37-50	3.7	0.05	3360	0.833	1	97.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	42.78 Å
Translation	3.5 Å	42.78 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.36→42.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / WR_factor R_free: 0.2473 / WR_factor R_work: 0.2147 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.62 / FOM work R set: 0.8423 / SU B: 12.624 / SU ML: 0.148 / SU R Cruickshank DPI: 0.2526 / SU R_free: 0.2005 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.253 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2279	3283	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1956	-	-	-
obs	0.1973	66520	98.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 154.01 Å² / B_iso mean: 60.3712 Å² / B_iso min: 33.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.37 Å²	0 Å²	0.07 Å²
2-	-	-1.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.36→42.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7891	0	386	193	8470

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.02	8502
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.417	2.009	11604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.461	5	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.329	23.962	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.049	15	1239
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.166	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.048	0.2	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	5991

LS精密化シェル

解像度: 2.355→2.416 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.282	207	-
R_work	0.253	4152	-
all	-	4359	-
obs	-	-	89.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	14.1288	8.8384	9.4394	9.6043	7.2932	14.8494	0.6663	1.0776	-1.32	-0.4507	0.6082	-1.4122	1.5646	2.0625	-1.2745	0.9026	0.5016	-0.1948	0.7395	-0.4093	1.3963	49.634	-37.014	24.139
2	1.3314	0.2103	0.2757	1.4543	0.1037	1.7477	0.1052	0.0457	-0.3529	0.1186	-0.0318	-0.1332	0.4452	0.1077	-0.0734	0.378	0.0332	0.0227	0.2504	-0.0087	0.3599	32.936	-23.108	29.336
3	0.5886	-0.0162	0.385	1.5447	0.0148	1.7229	0.1097	-0.0511	-0.2068	0.3999	-0.0813	-0.3094	0.0982	0.2446	-0.0284	0.373	0.0013	-0.024	0.3191	0.0712	0.3002	40.739	-11.221	42.808
4	1.9722	0.0591	0.8453	7.1648	0.3859	5.6602	0.1366	0.4485	-0.7033	-0.3572	0.2722	-1.0823	0.4624	1.1177	-0.4088	0.1913	0.1249	0.0361	0.7893	-0.1162	0.7538	58.529	-15.035	25.733
5	6.3331	1.8749	-0.5921	18.0672	-0.1031	9.7954	-0.5354	1.2085	0.113	-2.3037	0.2541	-0.3016	0.0467	0.0108	0.2813	1.0262	-0.0013	-0.2331	0.6499	0.0127	0.1817	14.863	5.405	-11.433
6	1.1711	0.5733	0.6364	1.9718	0.057	1.8302	-0.0527	0.2386	0.0874	-0.4886	-0.0698	0.404	-0.303	-0.2339	0.1225	0.3798	0.0817	-0.0944	0.3037	-0.0377	0.2604	14.163	9.481	8.855
7	0.7433	-0.0426	0.2783	1.2642	-0.1443	1.1848	0.0665	0.0778	-0.1943	-0.2554	-0.1162	0.3233	0.0031	-0.2627	0.0497	0.2378	0.0124	0.0012	0.3585	-0.0872	0.3457	14.928	-7.811	17.144
8	8.222	-4.2505	-1.2908	5.7365	4.8359	6.8656	0.0481	0.8165	-0.3946	-1.1612	-0.0925	-0.02	-0.1778	-0.0091	0.0444	1.274	-0.0515	0.1013	0.6615	-0.164	0.4581	25.968	-13.573	-4.412
9	19.6514	-10.8954	9.9599	12.479	-3.4966	8.9094	0.2693	0.81	0.7957	-0.8937	-0.3919	-1.9239	-0.9549	1.6698	0.1226	0.7814	-0.5301	-0.0392	1.2176	0.3438	1.0118	62.141	27.649	26.893
10	0.5547	-0.1176	0.3611	1.5557	0.2084	1.6445	-0.0947	-0.0238	0.1459	0.2156	-0.0274	-0.3196	-0.3107	0.3206	0.1221	0.37	-0.0793	-0.0314	0.3041	0.0394	0.2658	43.618	14.129	37.756
11	0.9622	-0.1558	0.0417	1.02	0.3001	0.868	-0.0703	0.0815	0.1435	-0.0994	-0.149	-0.0511	-0.4961	0.0122	0.2193	0.5579	-0.0108	-0.0043	0.2275	0.0073	0.2453	30.495	23.629	26.896
12	1.3478	2.1311	-1.0321	6.2129	-2.2225	2.4304	0.1574	0.1243	0.1811	-0.2351	-0.2999	-0.6103	-0.3872	0.2581	0.1425	0.5235	-0.0818	0.0935	0.4137	0.1781	0.3381	46.548	23.022	10.819

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	31 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	52 - 188
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	189 - 351
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	352 - 375
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	31 - 51
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	52 - 163
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	164 - 360
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	361 - 377
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	31 - 49
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	50 - 207
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	208 - 352
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	353 - 376

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)