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万見
- PDB-4eya: Crystal Structure of a Plectonemic RNA Supercoil -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eya
タイトルCrystal Structure of a Plectonemic RNA Supercoil
要素
  • N utilization substance protein B homolog
  • RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
キーワードtranscription/RNA / transcription elongation / ssRNA / dsRNA / NusE protein / TRANSCRIPTION / transcription-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-utilizing Substance Protein B Homolog; Chain A / NusB-like / NusB antitermination factor / NusB/RsmB/TIM44 / NusB family / NusB-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Transcription antitermination protein NusB
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Stagno, J.R. / Ji, X.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of a plectonemic RNA supercoil.
著者: Stagno, J.R. / Ma, B. / Li, J. / Altieri, A.S. / Byrd, R.A. / Ji, X.
履歴
登録2012年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / software / Item: _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月13日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N utilization substance protein B homolog
B: N utilization substance protein B homolog
C: N utilization substance protein B homolog
D: N utilization substance protein B homolog
E: N utilization substance protein B homolog
F: N utilization substance protein B homolog
G: N utilization substance protein B homolog
H: N utilization substance protein B homolog
a: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
c: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
e: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
g: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
i: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
j: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
h: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
f: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
d: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
b: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
k: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
m: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
o: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
q: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
s: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
t: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
r: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
p: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
n: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
l: RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,71844
ポリマ－213,22828
非ポリマー1,48916
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.424, 126.264, 144.131
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.980, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
31E
41G
12B
22D
32F
42H
13a
23n
14i
24l

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETTHRTHRchain A and (resseq 1:136 )AA1 - 1361 - 136
21METMETTHRTHRchain C and (resseq 1:136 )CC1 - 1361 - 136
31METMETTHRTHRchain E and (resseq 1:136 )EE1 - 1361 - 136
41METMETTHRTHRchain G and (resseq 1:136 )GG1 - 1361 - 136
12TYRTYRSERSERchain B and (resseq 3:138 )BB3 - 1383 - 138
22TYRTYRSERSERchain D and (resseq 3:138 )DD3 - 1383 - 138
32TYRTYRSERSERchain F and (resseq 3:138 )FF3 - 1383 - 138
42TYRTYRSERSERchain H and (resseq 3:138 )HH3 - 1383 - 138
13GGAAchain a or chain c or chain e or chain g or chain h or chain f or chain d or chain baI1 - 121 - 12
23GGAAchain m or chain o or chain q or chain s or chain t or chain r or chain p or chain nnAA1 - 121 - 12
14GGAAchain i or chain jiM1 - 121 - 12
24GGAAchain k or chain llBA1 - 121 - 12

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.999999, 0.001259, -0.00045), (-0.001259, -0.999999, 0.000419), (-0.000449, 0.000419, 1)63.226501, -62.0383, 72.097801
2given(1.49255, 0.001259, -0.00045), (-1, 1.5575, 0.000419), (0.000839, 0.000774, 0.999999)62.561699, 0.588667, 108.109001
3given(-0.00036, -0.999999, -0.001001), (0.999999, -0.000359, -0.000948), (0.000947, -0.001002, 0.999999)0.516366, -62.662701, 36.003899
4given(-0.999999, 0.001364, 0.000791), (-0.001365, -0.999999, -0.000453), (0.000791, -0.000454, 1)63.244701, -62.084499, 72.025497
5given(7.13255, 0.001364, 0.000791), (-1, 7.12205, -0.000453), (0.000183, -0.000573, 1)62.675999, 0.573941, 108.058998
6given(0.000104, -1, 0.000535), (1, 0.000104, 0.000183), (-0.000183, 0.000535, 1)0.516977, -62.629799, 36.040699
7given(0.000692, 1, 0.000256), (-1, 0.000692, 0.000432), (0.000432, -0.000256, 1)62.6325, 0.569882, -36.055801
8given(6.88643, 1, 0.000256), (-1, 6.88064, 0.000432), (0.000369, -0.000157, 1)62.684799, 0.532509, 108.096001

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要素

#1: タンパク質
N utilization substance protein B homolog / Protein NusB


分子量: 17142.789 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: aq_133, nusB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O66530
#2: RNA鎖
RNA (5'-R(*GP*GP*CP*UP*CP*CP*UP*UP*GP*GP*CP*A)-3')


分子量: 3804.296 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic RNA representing the BoxA RNA from Aquifex aeolicus
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M ammonium sulfate, 26% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1.0622 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月24日
放射モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 37610 / Num. obs: 37610 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 0.979 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.1-3.213.90.45722120.986153.1
3.21-3.344.20.35427840.977167.9
3.34-3.494.80.40635940.972188.3
3.49-3.685.90.36340860.99198.9
3.68-3.917.10.26741360.9581100
3.91-4.217.70.19441081.0061100
4.21-4.637.80.1241490.9761100
4.63-5.37.80.09241780.9581100
5.3-6.677.80.09441330.9691100
6.67-507.50.03442300.9971100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 52.12
最高解像度最低解像度
Rotation2.99 Å44.75 Å
Translation2.99 Å44.75 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.7.2_869精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3R2D

3r2d


解像度: 3.2→39.974 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.87 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 972 2.74 %Random
Rwork0.2282 ---
all0.2316 35471 --
obs0.2295 35471 94.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.24 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.045 Å2 / ksol: 0.294 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 205.97 Å2 / Biso mean: 89.9411 Å2 / Biso min: 33.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.0351 Å2-0 Å2-0.5838 Å2
2--8.2663 Å20 Å2
3----22.3014 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→39.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8948 5020 92 0 14060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00214784
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.54920976
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0492516
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031772
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8926288
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1116X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
12C1116X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
13E1116X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
14G1116X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.014
21B1109X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
22D1109X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
23F1109X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
24H1109X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
31a2008X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
32n2008X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
41i502X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
42l502X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.002
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.2-3.36870.34171110.28823626373771
3.3687-3.57960.29971380.29264869500794
3.5796-3.85580.33321410.247151505291100
3.8558-4.24340.27561390.235152455384100
4.2434-4.85650.24551480.201651555303100
4.8565-6.11520.29251450.238551865331100
6.1152-39.97680.22991500.20335268541899

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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