モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 3.15→50 Å / Num. obs: 7414 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 70 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Mean I/σ(I) obs
Num. unique all
Diffraction-ID
% possible all
3.15-3.32
7.9
0.807
2.5
1056
1
100
9.96-50
6.4
0.059
24.4
276
1
99
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
DNA
データ収集
MOLREP
位相決定
REFMAC
5.6.0117
精密化
MOSFLM
データ削減
SCALA
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: native AlnA 解像度: 3.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 43.876 / SU ML: 0.346 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.446 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.24838
353
4.8 %
RANDOM
Rwork
0.2195
-
-
-
obs
0.22084
7036
99.91 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータ
Biso mean: 76.601 Å2
精密化ステップ
サイクル: LAST / 解像度: 3.15→50 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
2177
0
32
2
2211
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
Dev ideal target
数
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_refined_d
0.004
0.019
2231
X-RAY DIFFRACTION
r_bond_other_d
0
0.02
18
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_refined_deg
0.873
1.993
3032
X-RAY DIFFRACTION
r_angle_other_deg
0.217
3
42
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_1_deg
4.13
5
301
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_2_deg
32.594
23.846
78
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_3_deg
13.579
15
358
X-RAY DIFFRACTION
r_dihedral_angle_4_deg
9.918
15
17
X-RAY DIFFRACTION
r_chiral_restr
0.051
0.2
374
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_refined
0.002
0.021
1626
X-RAY DIFFRACTION
r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION
r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION
r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION
r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION
r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION
r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION
r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION
r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION
r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION
r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION
r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION
r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION
r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION
r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION
r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION
r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION
r_sphericity_bonded
LS精密化 シェル
解像度: 3.15→3.232 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.244
24
-
Rwork
0.302
442
-
obs
-
-
100 %
精密化 TLS
手法: refined / Origin x: -3.0765 Å / Origin y: 21.2806 Å / Origin z: -4.5472 Å