PDB-4ewp: Crystal structure of FabH from Micrococcus luteus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ewp

タイトル

Crystal structure of FabH from Micrococcus luteus

要素

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

キーワード

TRANSFERASE / synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Micrococcus luteus NCTC 2665 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.198 Å

データ登録者

Pereira, J.H. / Goh, E.-B. / Keasling, J.D. / Beller, H.R. / Adams, P.D.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structure of FabH and factors affecting the distribution of branched fatty acids in Micrococcus luteus.
著者: Pereira, J.H. / Goh, E.B. / Keasling, J.D. / Beller, H.R. / Adams, P.D.

履歴

登録	2012年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年10月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ewp.cif.gz	776.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ewp.ent.gz	650.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ewp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ewp_validation.pdf.gz	466.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ewp_full_validation.pdf.gz	495.3 KB	表示
XML形式データ	4ewp_validation.xml.gz	79.6 KB	表示
CIF形式データ	4ewp_validation.cif.gz	112.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/4ewp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/4ewp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ebd
類似構造データ	1u6s-d 5xfm-2 2qx1-d 2ahb-d 2qo1-d 3g4d-2 6a1e-d 3gwe-d 1m1m-d 5xfm-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

E: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

F: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

221 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

D: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

F: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.140, 85.026, 96.916
Angle α, β, γ (deg.)	69.82, 71.37, 85.66
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-ACP synthase III 分子量: 36783.391 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Micrococcus luteus NCTC 2665 (バクテリア) 株: ATCC 4698 / DSM 20030 / JCM 1464 / NBRC 3333 / NCIMB 9278 / NCTC 2665 / VKM Ac-2230 遺伝子: fabH, HMPREF0569_0014, Mlut_09310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: C5CAR9, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 877 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / Beta-ketoacyl-ACP synthase III

分子量: 36783.391 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Micrococcus luteus NCTC 2665 (バクテリア)
株: ATCC 4698 / DSM 20030 / JCM 1464 / NBRC 3333 / NCIMB 9278 / NCTC 2665 / VKM Ac-2230
遺伝子: fabH, HMPREF0569_0014, Mlut_09310 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: C5CAR9, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 877 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1 M Bis-Tris propane pH 9.0, 10% PEG 200, 18% PEG 8,000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月10日
放射	モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.198→49.8 Å / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_718)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.198→49.797 Å / SU ML: 0.68 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 21.05 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2098	5572	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1689	-	-	-
all	0.1689	111229	-	-
obs	0.1709	111229	96.1 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 33.435 Å² / k_sol: 0.349 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3381 Å²	6.7032 Å²	-0.7289 Å²
2-	-	-3.0285 Å²	-4.5501 Å²
3-	-	-	3.3666 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.198→49.797 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15456	0	0	877	16333

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	15756
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.071	21528
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.07	5616
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	2520
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2850

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.198-2.2231	0.2703	145	0.2284	2695	X-RAY DIFFRACTION	73
2.2231-2.2493	0.2628	180	0.2357	3154	X-RAY DIFFRACTION	87
2.2493-2.2767	0.3051	173	0.2409	3227	X-RAY DIFFRACTION	89
2.2767-2.3055	0.2853	191	0.2334	3351	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3055-2.3359	0.2866	192	0.2118	3358	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3359-2.3679	0.2609	193	0.2172	3499	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3679-2.4017	0.2435	172	0.2217	3434	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4017-2.4376	0.2748	183	0.2141	3564	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4376-2.4756	0.2915	191	0.2368	3518	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4756-2.5162	0.2965	178	0.2295	3584	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5162-2.5596	0.2468	186	0.2061	3554	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5596-2.6062	0.2541	204	0.2062	3582	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6062-2.6563	0.2652	208	0.1936	3509	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6563-2.7105	0.277	164	0.1951	3611	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7105-2.7694	0.2229	182	0.1835	3603	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7694-2.8338	0.2261	177	0.1745	3646	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8338-2.9047	0.2009	169	0.1701	3628	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9047-2.9832	0.2337	177	0.1786	3624	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9832-3.071	0.2105	193	0.1711	3596	X-RAY DIFFRACTION	99
3.071-3.1701	0.2018	188	0.1675	3611	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1701-3.2834	0.2276	182	0.1738	3625	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2834-3.4148	0.2116	202	0.161	3592	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4148-3.5702	0.2067	217	0.1615	3600	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5702-3.7584	0.185	197	0.161	3611	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7584-3.9937	0.1778	195	0.1363	3658	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9937-4.3019	0.149	175	0.1234	3648	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3019-4.7346	0.1555	206	0.1156	3630	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7346-5.4189	0.1605	186	0.1332	3632	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4189-6.8245	0.1853	181	0.1628	3660	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8245-49.8096	0.1774	185	0.1575	3653	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1903	-0.2966	0.3262	1.7073	-0.0688	1.3727	0.0404	0.1304	-0.108	-0.067	-0.0354	-0.2512	0.1534	0.2587	-0.0269	0.1343	0.015	0.0238	0.1781	-0.013	0.1703	-20.0643	-15.5988	-27.6953
2	1.0084	-0.3577	0.2532	1.9785	-0.1603	1.1603	-0.0685	0.0273	0.0815	0.1351	0.0063	0.0732	-0.1432	-0.0306	0.0128	0.1353	-0.0266	0.0139	0.1254	0.0178	0.1172	-35.2772	5.0366	-19.7377
3	1.9507	-0.9148	-0.6455	2.1969	0.6734	1.4835	0.0745	0.0511	0.0665	0.0493	-0.0771	0.1602	0.0096	-0.0988	-0.0382	0.1292	-0.0248	0.0099	0.1181	0.0171	0.1158	8.0016	-31.7523	-0.6571
4	2.3342	-1.6573	-1.0663	1.9764	0.8946	1.7922	-0.4946	-0.4537	-0.2482	0.626	0.5041	-0.3085	0.6612	0.4668	-0.0655	0.3763	0.2109	-0.1234	0.2688	0.0347	0.1676	25.9006	-50.0832	7.3249
5	1.3204	-0.0729	0.281	1.4199	-0.1736	1.2765	0.0588	-0.1315	-0.073	-0.0624	0.0595	0.3287	-0.0197	-0.4669	-0.0661	0.1718	-0.0242	-0.0237	0.3348	0.0554	0.1821	-33.623	-21.2417	38.663
6	1.3842	-0.0539	0.0016	1.4756	0.2422	1.2141	0.0322	-0.0305	0.2445	-0.1145	0.0483	-0.0892	-0.2744	-0.0373	-0.0745	0.2264	-0.01	0.0298	0.1736	-0.0134	0.1439	-14.8369	-5.1581	28.1471

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)