+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ewp | ||||||
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Title | Crystal structure of FabH from Micrococcus luteus | ||||||
Components | 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / synthase | ||||||
Function / homology | Function and homology information beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / beta-ketoacyl-acyl-carrier-protein synthase III activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Micrococcus luteus NCTC 2665 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.198 Å | ||||||
Authors | Pereira, J.H. / Goh, E.-B. / Keasling, J.D. / Beller, H.R. / Adams, P.D. | ||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2012 Title: Structure of FabH and factors affecting the distribution of branched fatty acids in Micrococcus luteus. Authors: Pereira, J.H. / Goh, E.B. / Keasling, J.D. / Beller, H.R. / Adams, P.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ewp.cif.gz | 776.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ewp.ent.gz | 650.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ewp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4ewp_validation.pdf.gz | 466.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4ewp_full_validation.pdf.gz | 495.3 KB | Display | |
Data in XML | 4ewp_validation.xml.gz | 79.6 KB | Display | |
Data in CIF | 4ewp_validation.cif.gz | 112.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/4ewp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/4ewp | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 36783.391 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Micrococcus luteus NCTC 2665 (bacteria) Strain: ATCC 4698 / DSM 20030 / JCM 1464 / NBRC 3333 / NCIMB 9278 / NCTC 2665 / VKM Ac-2230 Gene: fabH, HMPREF0569_0014, Mlut_09310 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: C5CAR9, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.75 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 Details: 0.1 M Bis-Tris propane pH 9.0, 10% PEG 200, 18% PEG 8,000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.2 / Wavelength: 0.9774 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 10, 2010 |
Radiation | Monochromator: Double crystal, Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9774 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.198→49.8 Å / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.198→49.797 Å / SU ML: 0.68 / σ(F): 1.96 / Phase error: 21.05 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.435 Å2 / ksol: 0.349 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.198→49.797 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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