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万見
- PDB-4euk: Crystal structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4euk
タイトルCrystal structure
要素
  • Histidine kinase 5
  • Histidine-containing phosphotransfer protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / multistep phosphorelay / two-component system / plant signalling / signal transduction / sensor histidine kinase / phosphotransfer protein / response regulator / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / negative regulation of ethylene-activated signaling pathway / multidimensional cell growth / embryo sac development / protein histidine kinase binding / cytokinin-activated signaling pathway / regulation of stomatal closure / ethylene-activated signaling pathway / protein histidine kinase activity / histidine phosphotransfer kinase activity ...negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / negative regulation of ethylene-activated signaling pathway / multidimensional cell growth / embryo sac development / protein histidine kinase binding / cytokinin-activated signaling pathway / regulation of stomatal closure / ethylene-activated signaling pathway / protein histidine kinase activity / histidine phosphotransfer kinase activity / root development / cellular response to molecule of bacterial origin / plant-type vacuole / abscisic acid-activated signaling pathway / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / cellular response to nitric oxide / defense response / cellular response to hydrogen peroxide / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histidine-containing phosphotransfer protein 1-5/Phosphorelay intermediate protein YPD1 / HPT domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal ...Histidine-containing phosphotransfer protein 1-5/Phosphorelay intermediate protein YPD1 / HPT domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histidine kinase 5 / Histidine-containing phosphotransfer protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Stehle, T. / Bauer, J.
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2013
タイトル: Structure-Function Analysis of Arabidopsis thaliana Histidine Kinase AHK5 Bound to Its Cognate Phosphotransfer Protein AHP1.
著者: Bauer, J. / Reiss, K. / Veerabagu, M. / Heunemann, M. / Harter, K. / Stehle, T.
履歴
登録2012年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine kinase 5
B: Histidine-containing phosphotransfer protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0594
ポリマ－34,9732
非ポリマー862
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1890 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area14560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.800, 106.800, 106.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-315-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Histidine kinase 5 / Arabidopsis histidine kinase 5 / AtHK5 / Protein AUTHENTIC HIS-KINASE 5 / Protein CYTOKININ-INDEPENDENT 2


分子量: 16928.432 Da / 分子数: 1 / 断片: Response regulatory domain, UNP residues 774-922 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AHK5, At5g10720, CKI2, MAJ23.80 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: Q3S4A7, histidine kinase
#2: タンパク質 Histidine-containing phosphotransfer protein 1


分子量: 18044.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AHP1, At3g21510, ATHP3, MIL23.8 / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) / 参照: UniProt: Q9ZNV9
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 550 MME, 10% PEG 20000, 0.1M MES/imidazole, 0.02M 1,6-hexanediol, 0.02M 1-butanol, 0.02M (R,S)-1,2-propandiol, 0.02M 2-propanol, 0.02M 1,3-propandiol, 0.02M 1,4-butandiol , pH 6.5, ...詳細: 20% PEG 550 MME, 10% PEG 20000, 0.1M MES/imidazole, 0.02M 1,6-hexanediol, 0.02M 1-butanol, 0.02M (R,S)-1,2-propandiol, 0.02M 2-propanol, 0.02M 1,3-propandiol, 0.02M 1,4-butandiol , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月19日
放射モノクロメーター: Bartels monochromator (DCCM) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→47.76 Å / Num. all: 29841 / Num. obs: 29820 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 40.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 0.413 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 2189 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
autoSHARP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.95→47.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 5.459 / SU ML: 0.08 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19683 1490 5 %RANDOM
Rwork0.17219 ---
all0.17342 29817 --
obs0.17342 28327 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.135 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→47.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2221 0 5 182 2408
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222326
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2481.9663165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87933789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9345313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.46726.476105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.4315432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.046157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2377
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022605
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.21251476
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0995592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.36852393
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.05910850
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.48710758
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.002 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 108 -
Rwork0.24 2063 -
obs-2175 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8117-2.51460.84132.3742-0.41611.5761-0.2885-0.4413-0.03260.44040.21650.04990.0157-0.13480.0720.18130.05730.01260.0948-0.00140.005510.09327.44540.961
22.4286-1.53260.09652.9152-0.05782.48260.16510.0460.0751-0.0819-0.2167-0.01530.18780.20550.05160.11410.0456-0.00930.0519-0.01870.043110.14528.83830.516
34.7239-1.930.13742.34010.891.1396-0.1908-0.23430.3330.12260.2872-0.38090.04610.0534-0.09640.14190.04350.00210.096-0.10190.17344.32151.92235.456
412.2821-0.84110.3910.70140.96831.65630.36010.07680.0086-0.06220.0432-0.3515-0.1002-0.0218-0.40330.14660.02390.0010.0899-0.11270.36024.33856.92135.115
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A776 - 859
2X-RAY DIFFRACTION2A860 - 922
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 101
4X-RAY DIFFRACTION4B102 - 152

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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