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- PDB-4ese: The crystal structure of azoreductase from Yersinia pestis CO92 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ese
タイトルThe crystal structure of azoreductase from Yersinia pestis CO92 in complex with FMN.
要素FMN-dependent NADH-azoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / azoreductase / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN-dependent NADH-azoreductase / 酸化還元酵素; キノンおよび類縁体が電子受容体 / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
NADH:quinone oxidoreductase, FMN-dependent / : / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin-like fold / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / IMIDAZOLE / FMN-dependent NADH:quinone oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pestis (ペスト菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Tan, K. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of acyl carrier protein phosphodiesterase from Yersinia pestis CO92 in complex with FMN.
著者: Tan, K. / Gu, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9677
ポリマ－21,8901
非ポリマー2,0776
水3,477193
1
A: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子

A: FMN-dependent NADH-azoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,93414
ポリマ－43,7802
非ポリマー4,15412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area7090 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area18960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.825, 120.388, 60.074
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-306-

IMD

21A-556-

HOH

31A-587-

HOH

詳細Experimental unknown. It is predicted that the Chain A and its symmetry-related molecule by the operator ( -x,y,-z+1/2) may form a dimer.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 FMN-dependent NADH-azoreductase / Azo-dye reductase / FMN-dependent NADH-azo compound oxidoreductase


分子量: 21890.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Yersinia pestis (ペスト菌) / 株: CO92 / 遺伝子: azoR, y2010, YPO2323, YP_2110 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) magic
参照: UniProt: Q8ZE60, 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する

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非ポリマー , 5種, 199分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル


分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.53 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 15% (w/v) PEG1500, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月9日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 11 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→26 Å / Num. all: 33841 / Num. obs: 33841 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 38.5
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.592 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 1669 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 1T5B

1t5b


解像度: 1.45→25.403 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 1714 5.07 %random
Rwork0.1739 ---
all0.1753 33809 --
obs0.1753 33809 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.357 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.0295 Å20 Å20 Å2
2--1.6698 Å2-0 Å2
3---5.3597 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→25.403 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1463 0 125 193 1781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061645
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0572241
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.351603
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005271
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4478-1.49040.30231380.27842636X-RAY DIFFRACTION99
1.4904-1.53850.31721400.24872626X-RAY DIFFRACTION100
1.5385-1.59350.23951430.21472646X-RAY DIFFRACTION100
1.5935-1.65730.22241500.19222627X-RAY DIFFRACTION100
1.6573-1.73270.23271460.18592655X-RAY DIFFRACTION100
1.7327-1.82410.22981420.18062670X-RAY DIFFRACTION100
1.8241-1.93830.22241290.17492676X-RAY DIFFRACTION100
1.9383-2.08790.21991230.17052681X-RAY DIFFRACTION100
2.0879-2.29790.1881520.16532660X-RAY DIFFRACTION100
2.2979-2.63010.1871480.17012706X-RAY DIFFRACTION100
2.6301-3.31250.20921440.17432722X-RAY DIFFRACTION100
3.3125-25.40640.171590.15972790X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.05410.0661-0.57732.17180.44891.22290.04080.29440.0181-0.21330.01830.2022-0.0367-0.3523-0.17470.1206-0.0042-0.03850.1302-0.00730.1304-11.8115-18.32730.4467
22.1677-0.51650.61693.0519-2.87752.7731-0.21230.06670.1312-0.07190.14160.085-0.0313-0.87720.09540.16910.0118-0.05290.2386-0.01160.2371-18.3312-14.294-2.0254
33.1283-1.23593.37992.0813-1.72984.05250.22010.3134-0.1747-0.2952-0.020.21090.35310.2488-0.20490.1706-0.00970.00730.1665-0.03050.12-6.1271-22.2097-0.1503
41.6494-3.3517-0.13027.20361.36022.98720.06970.18340.2395-0.47420.043-1.13350.05710.3669-0.13410.19690.01320.04930.2292-0.02520.295515.709-27.61146.7678
52.7178-3.63723.07276.242-5.01734.11310.12650.0811-0.103-0.4134-0.0610.08510.38870.0374-0.04450.20710.01880.01640.1649-0.02550.12565.6776-26.1847-0.1022
60.81660.21160.29730.6707-0.32821.4646-0.0158-0.01180.00610.01610.014-0.0024-0.0668-0.02450.0030.1624-0.006-0.00120.1350.00010.1275-3.7251-15.47987.3844
73.92653.9047-0.60363.9177-0.32645.0844-0.14220.20970.2618-0.26410.0674-0.6119-0.39560.59740.11010.1691-0.02310.01940.21050.00620.277514.8801-10.1696-0.9046
86.5955-1.3507-0.06522.2987-0.12431.3680.07520.60750.3842-0.1373-0.06470.0844-0.0525-0.0453-0.03680.1745-0.0081-0.0160.19190.00450.1848-3.146-9.1675-2.9402
94.84010.93281.97735.339-1.16276.165-0.1169-0.28210.3880.3805-0.00580.5638-0.3907-0.41470.08520.20910.02180.01310.15-0.00640.2311-2.7209-5.49678.6387
105.8898-0.7597-1.64551.87930.46172.68560.16510.18840.2793-0.0206-0.11870.1843-0.2493-0.2194-0.05250.1791-0.0178-0.00720.14090.00350.2235-4.4427-5.03890.3217
117.6781.93614.31711.32612.12225.50250.3151-0.78690.74830.44730.2611-0.43990.00990.3625-0.53590.30650.095-0.01230.4952-0.19840.3485-26.1747-10.98388.3416
123.99323.6889-5.1245.7719-3.36627.4295-0.08760.41640.8671-0.04430.2070.298-0.2498-0.4549-0.06180.16850.0413-0.05180.2794-0.0210.3579-21.9616-6.6825-1.6463
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resseq 0:16)A0 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resseq 17:32)A17 - 32
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resseq 33:52)A33 - 52
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 53:67)A53 - 67
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 68:86)A68 - 86
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 87:112)A87 - 112
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 113:128)A113 - 128
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 129:139)A129 - 139
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resseq 140:163)A140 - 163
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resseq 164:173)A164 - 173
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resseq 174:185)A174 - 185
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resseq 186:200)A186 - 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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