PDB-4es4: Crystal structure of YdiV and FlhD complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4es4

タイトル

Crystal structure of YdiV and FlhD complex

要素

Flagellar transcriptional regulator FlhD
Putative cyclic di-GMP regulator CdgR

キーワード

TRANSCRIPTION / Flagellar regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of bacterial-type flagellum assembly / regulation of single-species biofilm formation / negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / cyclic-guanylate-specific phosphodiesterase activity / bacterial-type flagellum assembly / transcription regulator complex / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Li, B. / Gu, L.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Structural insight of a concentration-dependent mechanism by which YdiV inhibits Escherichia coli flagellum biogenesis and motility
著者: Li, B. / Li, N. / Wang, F. / Guo, L. / Huang, Y. / Liu, X. / Wei, T. / Zhu, D. / Liu, C. / Pan, H. / Xu, S. / Wang, H.W. / Gu, L.

履歴

登録	2012年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references / Other
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4es4.cif.gz	232.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4es4.ent.gz	188.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4es4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/4es4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/4es4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tlqSC 1g8eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1x15-d 4nt9-d 5veb-2 4qaw-5 1rc5-d 3pim-d 1x14-d 4nwi-d 1buc-d 4qaw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative cyclic di-GMP regulator CdgR

B: Flagellar transcriptional regulator FlhD

C: Putative cyclic di-GMP regulator CdgR

D: Flagellar transcriptional regulator FlhD

E: Putative cyclic di-GMP regulator CdgR

F: Flagellar transcriptional regulator FlhD

G: Putative cyclic di-GMP regulator CdgR

H: Flagellar transcriptional regulator FlhD

162 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative cyclic di-GMP regulator CdgR

B: Flagellar transcriptional regulator FlhD

G: Putative cyclic di-GMP regulator CdgR

H: Flagellar transcriptional regulator FlhD

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative cyclic di-GMP regulator CdgR

D: Flagellar transcriptional regulator FlhD

E: Putative cyclic di-GMP regulator CdgR

F: Flagellar transcriptional regulator FlhD

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
80.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	132.486, 132.486, 145.685
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	E
4	1	G
1	2	B
2	2	D
3	2	F
4	2	H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	PHE	PHE	ILE	ILE	chain A and (resseq 15:31 or resseq 53:233 )	A	A	15 - 31	15 - 31
1	2	1	THR	THR	THR	THR	chain A and (resseq 15:31 or resseq 53:233 )	A	A	53 - 233	53 - 233
2	1	1	PHE	PHE	ILE	ILE	chain C and (resseq 15:31 or resseq 53:233 )	C	C	15 - 31	15 - 31
2	2	1	THR	THR	THR	THR	chain C and (resseq 15:31 or resseq 53:233 )	C	C	53 - 233	53 - 233
3	1	1	PHE	PHE	ILE	ILE	chain E and (resseq 15:31 or resseq 53:233 )	E	E	15 - 31	15 - 31
3	2	1	THR	THR	THR	THR	chain E and (resseq 15:31 or resseq 53:233 )	E	E	53 - 233	53 - 233
4	1	1	PHE	PHE	ILE	ILE	chain G and (resseq 15:31 or resseq 53:233 )	G	G	15 - 31	15 - 31
4	2	1	THR	THR	THR	THR	chain G and (resseq 15:31 or resseq 53:233 )	G	G	53 - 233	53 - 233
1	1	2	HIS	HIS	ASP	ASP	chain B and (resseq 2:81 )	B	B	2 - 81	2 - 81
2	1	2	HIS	HIS	ASP	ASP	chain D and (resseq 2:81 )	D	D	2 - 81	2 - 81
3	1	2	HIS	HIS	ASP	ASP	chain F and (resseq 2:81 )	F	F	2 - 81	2 - 81
4	1	2	HIS	HIS	ASP	ASP	chain H and (resseq 2:81 )	H	H	2 - 81	2 - 81

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Putative cyclic di-GMP regulator CdgR / c-diGMP regulator 分子量: 27070.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: cdgR, ydiV, b1707, JW1697 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P76204
#2: タンパク質	Flagellar transcriptional regulator FlhD 分子量: 13333.386 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: flhD, flbB, b1892, JW1881 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A8S9
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 0.1M Na/K phosphate pH5.8, 6% PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.97939 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月20日

放射

モノクロメーター: SAGITTALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97939 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 33268 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.9-3	11	0.748	5.03	3258	0.748	100
6.24-50	9.9	0.05	73.13	3459	0.05	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.2_432)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3TLQ, 1G8E

3tlq

1g8e

解像度: 2.9→39.165 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2826	1914	6.09 %	RANDOM
R_work	0.2445	-	-	-
all	0.2469	31417	-	-
obs	0.2469	31417	94.33 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.863 Å² / k_sol: 0.313 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 180.97 Å² / B_iso mean: 82.2457 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.0281 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-11.0281 Å²	-0 Å²
3-	-	-	22.0563 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→39.165 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9074	0	0	0	9074

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	9270
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.367	12586
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.104	3370
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	1474
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1606

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1586	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.064
1	2	C	1586	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.064
1	3	E	1586	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059
1	4	G	1586	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.067
2	1	B	640	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059
2	2	D	640	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059
2	3	F	640	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.064
2	4	H	640	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.064

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.8975-2.9699	0.3762	122	0.3298	1784	1906	82
2.9699-3.0502	0.3978	127	0.317	1961	2088	89
3.0502-3.1399	0.3708	132	0.3252	1979	2111	89
3.1399-3.2412	0.3764	131	0.2973	2000	2131	91
3.2412-3.357	0.3738	137	0.2931	2093	2230	95
3.357-3.4913	0.2835	135	0.2682	2105	2240	95
3.4913-3.6501	0.3321	136	0.2452	2144	2280	96
3.6501-3.8424	0.2678	127	0.2227	2122	2249	96
3.8424-4.0829	0.2823	139	0.2159	2140	2279	96
4.0829-4.3977	0.2062	143	0.202	2177	2320	97
4.3977-4.8395	0.2623	140	0.1951	2187	2327	98
4.8395-5.5382	0.2984	148	0.2408	2224	2372	98
5.5382-6.9711	0.2741	142	0.2665	2270	2412	99
6.9711-39.1686	0.2455	155	0.2424	2317	2472	98

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関連情報:EMDBヘッダ

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