[日本語] English
万見
- PDB-4er8: Structure of the REP associates tyrosine transposase bound to a R... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4er8
タイトルStructure of the REP associates tyrosine transposase bound to a REP hairpin
要素
  • DNA (32-MER)
  • TnpArep for protein
キーワードDNA binding protein/DNA / protein-DNA complex / guide sequence / catalytic tyrosine / RNA recognition motif / transposase / HUH motif / DNA binding protein-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA hairpin binding / transposase activity / DNA transposition / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / bubble DNA binding / single-stranded DNA binding / DNA recombination / sequence-specific DNA binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Transposase IS200-like / Transposase IS200-like / Transposase IS200-like superfamily / Transposase IS200 like / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / DNA / DNA (> 10) / REP-associated tyrosine transposase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Messing, S.A.J. / Ton-Hoang, B. / Hickman, A.B. / Ghirlando, R. / Chandler, M. / Dyda, F.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: The processing of repetitive extragenic palindromes: the structure of a repetitive extragenic palindrome bound to its associated nuclease.
著者: Messing, S.A. / Ton-Hoang, B. / Hickman, A.B. / McCubbin, A.J. / Peaslee, G.F. / Ghirlando, R. / Chandler, M. / Dyda, F.
履歴
登録2012年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22013年1月2日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TnpArep for protein
B: DNA (32-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0423
ポリマ－29,9832
非ポリマー591
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area12940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.830, 60.300, 70.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 TnpArep for protein / Uncharacterized protein yafM


分子量: 20075.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MG1655 / 遺伝子: b0228, JW0218, tnparep, yafM / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10 / 参照: UniProt: Q47152
#2: DNA鎖 DNA (32-MER)


分子量: 9907.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: repetative extragenic palindromic sequence for DNA
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 5000 MME, MES, 1-propanol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年7月27日 / 詳細: multilayer focusing optics
放射モノクロメーター: multilayer focusing optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→23.5 Å / Num. all: 25580 / Num. obs: 25580 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 23.46
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.6-2.670.5652.231100
2.67-2.740.4492.8199.7
2.74-2.820.3763.25199.9
2.82-2.910.3114.16199.7
2.91-30.225.85199.9
3-3.110.1558.45199.8
3.11-3.230.11711.19199.9
3.23-3.360.07915.98199.8
3.36-3.510.05322.27199.9
3.51-3.680.04426.97199.9
3.68-3.880.03533.351100
3.88-4.110.0336.77199.9
4.11-4.390.02344.82199.6
4.39-4.750.02149.97199.8
4.75-5.20.01952.02199.8
5.2-5.810.02155.241100
5.81-6.710.01756.121100
6.71-8.220.01463.961100
8.22-11.630.01370.12199.8
11.630.01565.75185.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å24.3 Å
Translation4 Å24.3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→23.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 10.734 / SU ML: 0.233 / SU R Cruickshank DPI: 0.4652 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.465 / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28136 635 5 %RANDOM
Rwork0.2251 ---
obs0.22781 12056 91.96 %-
all-13802 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.112 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.39 Å20 Å20 Å2
2---1.59 Å20 Å2
3----1.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→23.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1422 658 1 22 2103
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0212211
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.932.2943137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.625164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.40721.72881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.80515242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0731516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0211496
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.91.5823
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.75321339
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.03631388
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.174.51798
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 35 -
Rwork0.343 760 -
obs--79.74 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る