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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4eqv | ||||||
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タイトル | Structure of Saccharomyces cerevisiae invertase | ||||||
要素 | Invertase 2 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Glycosidase GH32 / Beta-Propeller / Carbohydrate/Sugar Binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fructan catabolic process / inulin catabolic process / inulinase activity / raffinose catabolic process / beta-fructofuranosidase activity / beta-fructofuranosidase / sucrose alpha-glucosidase activity / sucrose catabolic process / fungal-type vacuole / cell periphery ...fructan catabolic process / inulin catabolic process / inulinase activity / raffinose catabolic process / beta-fructofuranosidase activity / beta-fructofuranosidase / sucrose alpha-glucosidase activity / sucrose catabolic process / fungal-type vacuole / cell periphery / mitochondrion / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Sainz-Polo, M.A. / Sanz-Aparicio, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013 タイトル: Three-dimensional Structure of Saccharomyces Invertase: ROLE OF A NON-CATALYTIC DOMAIN IN OLIGOMERIZATION AND SUBSTRATE SPECIFICITY. 著者: Sainz-Polo, M.A. / Ramirez-Escudero, M. / Lafraya, A. / Gonzalez, B. / Marin-Navarro, J. / Polaina, J. / Sanz-Aparicio, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4eqv.cif.gz | 782.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4eqv.ent.gz | 651.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4eqv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/4eqv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/4eqv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58586.242 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SUC2, YIL162W / プラスミド: pRARE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00724, beta-fructofuranosidase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.35 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / pH: 6.5 詳細: 3% PEG 3350, 5% MPD, 0.6M Magnesium formate, 1mM TCEP, 75 mM Guanidinium chloride, 0.1 Bis-Tris pH 6.5 (2:1), VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0666 | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月29日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.0666 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 3.3→56.31 Å / Num. obs: 137870 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 66.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 8.1 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.798 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.377 / % possible all: 92.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3KF3 解像度: 3.4→56.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.814 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.787 / SU B: 23.718 / SU ML: 0.374 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.16 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→56.31 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.4→3.49 Å / Total num. of bins used: 20
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