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万見
- PDB-4eqv: Structure of Saccharomyces cerevisiae invertase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eqv
タイトルStructure of Saccharomyces cerevisiae invertase
要素Invertase 2
キーワードHYDROLASE / Glycosidase GH32 / Beta-Propeller / Carbohydrate/Sugar Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


fructan catabolic process / inulin catabolic process / inulinase activity / raffinose catabolic process / beta-fructofuranosidase activity / beta-fructofuranosidase / sucrose alpha-glucosidase activity / sucrose catabolic process / fungal-type vacuole / cell periphery ...fructan catabolic process / inulin catabolic process / inulinase activity / raffinose catabolic process / beta-fructofuranosidase activity / beta-fructofuranosidase / sucrose alpha-glucosidase activity / sucrose catabolic process / fungal-type vacuole / cell periphery / mitochondrion / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 32, active site / Glycosyl hydrolases family 32 active site. / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 / Exo-inulinase; domain 1 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 ...Glycoside hydrolase, family 32, active site / Glycosyl hydrolases family 32 active site. / Glycosyl hydrolase family 32, C-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 C terminal / Glycoside hydrolase, family 32 / Glycosyl hydrolase family 32, N-terminal / Glycosyl hydrolases family 32 N-terminal domain / Glycosyl hydrolases family 32 / Exo-inulinase; domain 1 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Sainz-Polo, M.A. / Sanz-Aparicio, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Three-dimensional Structure of Saccharomyces Invertase: ROLE OF A NON-CATALYTIC DOMAIN IN OLIGOMERIZATION AND SUBSTRATE SPECIFICITY.
著者: Sainz-Polo, M.A. / Ramirez-Escudero, M. / Lafraya, A. / Gonzalez, B. / Marin-Navarro, J. / Polaina, J. / Sanz-Aparicio, J.
履歴
登録2012年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月24日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Invertase 2
B: Invertase 2
C: Invertase 2
D: Invertase 2
E: Invertase 2
F: Invertase 2
G: Invertase 2
H: Invertase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)468,6908
ポリマ－468,6908
非ポリマー00
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)268.659, 268.659, 224.452
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.711051, 0.700977, -0.055115), (0.700998, -0.712818, -0.022195), (-0.054845, -0.022854, -0.998233)-97.95715, 229.09407, -129.70535
3given(-0.713918, -0.700218, 0.003913), (-0.700216, 0.713928, 0.002198), (-0.004333, -0.00117, -0.99999)-175.67973, -71.46441, -124.04752
4given(-0.998245, 0.000962, 0.059214), (0.000324, -0.999764, 0.021713), (0.059221, 0.021694, 0.998009)-266.13, 159.77669, 5.4562

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要素

#1: タンパク質
Invertase 2 / Beta-fructofuranosidase 2 / Saccharase


分子量: 58586.242 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SUC2, YIL162W / プラスミド: pRARE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00724, beta-fructofuranosidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.35 %
結晶化温度: 293 K / pH: 6.5
詳細: 3% PEG 3350, 5% MPD, 0.6M Magnesium formate, 1mM TCEP, 75 mM Guanidinium chloride, 0.1 Bis-Tris pH 6.5 (2:1), VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0666
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0666 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.73
11-h,-k,l20.27
反射解像度: 3.3→56.31 Å / Num. obs: 137870 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 66.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.798 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.377 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KF3

3kf3


解像度: 3.4→56.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.814 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.787 / SU B: 23.718 / SU ML: 0.374 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 6361 5 %RANDOM
Rwork0.221 ---
obs0.222 137870 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→56.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32992 0 0 24 33016
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0234016
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1761.92246384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.52254064
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.27424.9331784
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.031155144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.47815104
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.24784
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02127016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.49 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 433 -
Rwork0.245 8135 -
obs--91.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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