PDB-4eqn: Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS V2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4eqn

タイトル

Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS V23E/I72K at cryogenic temperature

要素

Thermonuclease

キーワード

HYDROLASE / Staphylococcal nuclease / hyperstable / pdTp / ionizable group

機能・相同性

機能・相同性情報

micrococcal nuclease / endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / nucleic acid binding / extracellular region / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Robinson, A.C. / Schlessman, J.L. / Heroux, A. / Garcia-Moreno E., B.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS V23E/I72K at cryogenic temperature
著者: Robinson, A.C. / Schlessman, J.L. / Heroux, A. / Garcia-Moreno E., B.

履歴

登録	2012年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年3月6日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4eqn.cif.gz	76.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4eqn.ent.gz	55.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4eqn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4eqn_validation.pdf.gz	795.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4eqn_full_validation.pdf.gz	796.4 KB	表示
XML形式データ	4eqn_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	4eqn_validation.cif.gz	12 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/4eqn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/4eqn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bdcS 2rbm 3qol 4eqo 4eqp S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3evq-d 2f0j-d 2f0g-d 1sty-d 3qoj-d 4rkb-d 3shl-d 1kaa-d 5nuc-d 3sk8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thermonuclease

ヘテロ分子

16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.567, 61.081, 72.046
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Thermonuclease / TNase / Micrococcal nuclease / Staphylococcal nuclease 分子量: 16189.471 Da / 分子数: 1 / 断片: Nuclease A (UNP residues 83-231) / 変異: V23E/G50F/V51N/I72K/P117G/H124L/S128A/Del44-49 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) プラスミド: pET24a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00644, micrococcal nuclease
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-THP / THYMIDINE-3',5'-DIPHOSPHATE / チミジン3′,5′-ビスりん酸タイプ: DNA linking / 分子量: 402.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₁₁P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.42 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25% MPD, 25 mM potassium phosphate, calcium chloride, pdTp, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月8日
詳細: Meridionally-bent fused silica mirror with palladium and uncoated stripes vertically-focusing at 6.6:1 demagnification

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 13666 / Num. obs: 13666 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.6 % / R_merge(I) obs: 0.064 / Χ²: 1.889 / Net I/σ(I): 15

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.83	6	0.152	553	0.932	1	83.5
1.83-1.86	6.5	0.147	609	0.889	1	89.3
1.86-1.9	7.4	0.135	635	1.003	1	93.2
1.9-1.94	8.5	0.124	672	0.968	1	98.1
1.94-1.98	9.2	0.11	671	1.116	1	99.6
1.98-2.03	10.1	0.108	700	1.241	1	99.3
2.03-2.08	10.8	0.097	659	1.306	1	100
2.08-2.13	12	0.092	683	1.372	1	100
2.13-2.2	11.3	0.085	693	1.483	1	100
2.2-2.27	11.9	0.079	686	1.543	1	100
2.27-2.35	12	0.078	690	1.607	1	100
2.35-2.44	11.4	0.073	684	1.674	1	100
2.44-2.55	11.9	0.071	711	1.775	1	100
2.55-2.69	11.7	0.063	686	1.854	1	100
2.69-2.86	12.1	0.06	685	1.909	1	100
2.86-3.08	11.4	0.058	703	2.139	1	100
3.08-3.39	11.7	0.054	704	2.472	1	100
3.39-3.88	12	0.053	713	2.897	1	100
3.88-4.88	11.2	0.051	734	2.989	1	100
4.88-50	10.6	0.066	795	4.242	1	100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	36.02 Å
Translation	2.5 Å	36.02 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.2.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BDC

3bdc

解像度: 1.8→36.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / WR_factor R_free: 0.2165 / WR_factor R_work: 0.1771 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8804 / SU B: 4.521 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.1275 / SU R_free: 0.1222 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2139	673	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1752	-	-	-
all	0.177	13621	-	-
obs	0.177	13621	98.16 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 59.28 Å² / B_iso mean: 17.034 Å² / B_iso min: 6.64 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.07 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→36.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1045	0	26	123	1194

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.022	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.747	1.999	1551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.32	5	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.715	25.455	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.289	15	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.961	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.155	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.363	1.5	668
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.11	2	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.562	3	477
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.321	4.5	467

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.22	38	-
R_work	0.196	793	-
all	-	831	-
obs	-	-	83.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1408	0.66	0.408	4.2329	0.3212	3.5902	-0.0356	0.0197	-0.0126	-0.2512	0.0265	-0.1129	-0.0706	0.1305	0.0091	0.0562	0.0027	0.0107	0.0641	0.0111	0.0675	12.294	-1.348	-22.565
2	0.3428	-0.2116	-0.0157	0.9999	-0.4723	0.2721	0.0273	0.0001	-0.0119	0.0926	0.0189	0.1166	-0.0627	-0.0216	-0.0462	0.0738	0.0164	0.0077	0.0786	-0.0035	0.0831	1.253	-3.237	-10.437
3	0.5342	-2	0.7857	9.9369	-3.4521	1.2666	0.0364	0.08	-0.0261	-0.3229	-0.0296	-0.1157	0.1063	0.0596	-0.0068	0.0975	0.0084	0.0159	0.0637	0.0066	0.0952	-1.919	1.657	-17.333
4	0.3694	-0.1618	0.5861	1.1592	-0.2532	1.9064	0.0056	-0.0406	-0.052	0.0796	0.0616	0.1351	0.0354	-0.1345	-0.0671	0.0469	-0.0023	0.013	0.06	0.0202	0.0808	2.357	-15.103	-11.905
5	0.6721	1.1929	-0.5076	3.4558	-1.7078	1.5238	0.0557	-0.1501	0.0015	0.1129	-0.0395	0.0742	-0.0837	0.0425	-0.0162	0.0644	0.0054	0.0154	0.0895	0.004	0.0593	6.007	-12.161	-2.691
6	0.9112	0.5014	0.7198	2.4899	2.1417	5.0435	-0.0198	0.1303	0.1273	-0.088	-0.0073	0.089	-0.1445	0.0463	0.027	0.0552	0.0018	0.0043	0.071	0.015	0.0615	8.788	-4.655	-21.006
7	1.5934	0.5621	0.0207	0.9438	-0.0117	0.2943	0.0431	0.14	0.0714	0.0098	0.0114	0.0866	0.0333	0.0079	-0.0545	0.0516	0.0055	0.0062	0.0744	0.0037	0.0627	3.506	-8.045	-18.605
8	0.6941	0.167	0.2204	1.6854	-0.81	0.9245	0.0262	-0.0158	0.0042	0.0523	-0.0074	-0.049	-0.0545	0.0653	-0.0188	0.0607	0.0034	0.0001	0.0711	-0.005	0.0612	13.859	-14.512	-9.899
9	1.5159	0.2464	-0.5675	1.3367	-0.5157	0.6943	0.0001	0.1338	-0.0019	-0.1228	0.0009	0.0687	0.0903	-0.0242	-0.0009	0.0627	-0.0015	-0.0045	0.068	-0.0077	0.0561	10.081	-18.361	-22.063
10	1.0828	-0.5069	-0.2966	1.225	-0.2046	3.3916	-0.0077	-0.0278	-0.0356	0.0769	0.033	0.0133	0.1256	0.0558	-0.0252	0.0522	0.0013	-0.0037	0.0633	-0.0103	0.0668	15.705	-24.627	-9.277

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	13 - 27
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	28 - 33
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	34 - 50
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	51 - 70
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	71 - 80
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	81 - 96
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	97 - 108
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	109 - 124
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	125 - 141

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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