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万見
- PDB-4epc: Crystal structure of Autolysin repeat domains from Staphylococcus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4epc
タイトルCrystal structure of Autolysin repeat domains from Staphylococcus epidermidis
要素N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
キーワードHYDROLASE / SH3b Fold / Extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / amidase activity / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #170 / Lysozyme subfamily 2 / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase ...SH3 type barrels. - #170 / Lysozyme subfamily 2 / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / GW domain / GW domain superfamily / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional autolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zoll, S. / Stehle, T.
引用ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2012
タイトル: Ligand-binding properties and conformational dynamics of autolysin repeat domains in staphylococcal cell wall recognition.
著者: Zoll, S. / Schlag, M. / Shkumatov, A.V. / Rautenberg, M. / Svergun, D.I. / Gotz, F. / Stehle, T.
履歴
登録2012年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月15日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6481
ポリマ－36,6481
非ポリマー00
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.360, 95.360, 233.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / AtlE / R2ab


分子量: 36648.047 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 516-847 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis (表皮ブドウ球菌)
遺伝子: atl, atlE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O33635, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細RESIDUES 514-695 ARE MISSING IN THE COORDINATES. IN THE CRYSTAL LATTICE, HALF OF THE PROTEIN ...RESIDUES 514-695 ARE MISSING IN THE COORDINATES. IN THE CRYSTAL LATTICE, HALF OF THE PROTEIN PROTRUDES INTO A LARGE SOLVENT CHANNEL VIA A FLEXIBLE LINKER AND IS DISORDERED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 1.2 M NaH2PO4, 0.8 M K2HPO4, 0.2 M LiSO4, 0.1 M CAPS, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月28日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→25.65 Å / Num. all: 14672 / Num. obs: 14506 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SOLVE位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.9→25.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.7984 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7783 / SU R Cruickshank DPI: 0.273 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2984 973 6.71 %RANDOM
Rwork0.2633 ---
all0.2656 14672 --
obs0.2656 14506 99.11 %-
原子変位パラメータBiso mean: 55.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--16.2466 Å20 Å20 Å2
2---16.2466 Å20 Å2
3---32.4931 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.493 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→25.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1205 0 0 18 1223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011229HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.231674HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d359SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes32HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes170HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1229HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.1
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion165SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1242SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.13 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3032 188 6.49 %
Rwork0.2714 2708 -
all0.2734 2896 -
obs--99.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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