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- PDB-4enk: Crystal structure of S. pombe Atl1 in complex with damaged DNA co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4enk
タイトルCrystal structure of S. pombe Atl1 in complex with damaged DNA containing O6-propylguanine
要素
  • Alkyltransferase-like protein 1
  • DNA (5'-D(*CP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(6PO)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Alkyltransferase / DNA repair / nucleotide excision repair / NER / base repair / DNA / DNA Damage / Guanine / Alkylation / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


O6-alkylguanine-DNA binding / global genome nucleotide-excision repair / catalytic activity / transcription-coupled nucleotide-excision repair / damaged DNA binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Alkyltransferase-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.0445 Å
データ登録者Tubbs, J.L. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2012
タイトル: Atl1 Regulates Choice between Global Genome and Transcription-Coupled Repair of O(6)-Alkylguanines.
著者: Latypov, V.F. / Tubbs, J.L. / Watson, A.J. / Marriott, A.S. / McGown, G. / Thorncroft, M. / Wilkinson, O.J. / Senthong, P. / Butt, A. / Arvai, A.S. / Millington, C.L. / Povey, A.C. / ...著者: Latypov, V.F. / Tubbs, J.L. / Watson, A.J. / Marriott, A.S. / McGown, G. / Thorncroft, M. / Wilkinson, O.J. / Senthong, P. / Butt, A. / Arvai, A.S. / Millington, C.L. / Povey, A.C. / Williams, D.M. / Santibanez-Koref, M.F. / Tainer, J.A. / Margison, G.P.
履歴
登録2012年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月1日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alkyltransferase-like protein 1
B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(6PO)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6483
ポリマ－21,6483
非ポリマー00
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.501, 59.501, 236.917
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Alkyltransferase-like protein 1


分子量: 13662.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: atl1, SPAC1250.04c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UTN9
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*AP*TP*GP*(6PO)P*CP*TP*AP*GP*TP*A)-3')


分子量: 4033.689 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*CP*AP*TP*GP*G)-3')


分子量: 3951.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.99 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 25% mPEG 2000, 5% sodium formate, 0.2M imidazole-malate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.1158 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月19日
放射モノクロメーター: ML crystals / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.0445→50 Å / Num. all: 5247 / Num. obs: 5247 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.0445→3.16 Å / % possible all: 82.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GVA

3gva


解像度: 3.0445→34.879 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 0.17 / 位相誤差: 38.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2952 484 10.09 %RANDOM
Rwork0.2499 ---
all0.2544 4797 --
obs0.2544 4797 90.19 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.536 Å2 / ksol: 0.239 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-24.9246 Å2-0 Å2-0 Å2
2--24.9246 Å2-0 Å2
3----49.8492 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.0445→34.879 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数890 530 0 1 1421
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011516
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6512158
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.221619
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088227
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008188
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0445-3.48470.43251310.31831163X-RAY DIFFRACTION76
3.4847-4.3890.33471670.26051467X-RAY DIFFRACTION95
4.389-34.88120.26231860.23251683X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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