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万見
- PDB-4ely: CCDBVFI:GYRA14EC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ely
タイトルCCDBVFI:GYRA14EC
要素
  • CcdB
  • DNA gyrase subunit A
キーワードTOXIN/ISOMERASE / ALPHA+BETA / TOPOISOMERASE / TOXIN-ISOMERASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) inhibitor activity / plasmid maintenance / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding ...DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) inhibitor activity / plasmid maintenance / DNA negative supercoiling activity / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) complex / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / response to antibiotic / DNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Toxin CcdB / CcdB protein / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / SH3 type barrels. - #110 / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller ...Toxin CcdB / CcdB protein / Topoisomerase, domain 3 / Topoisomerase; domain 3 / SH3 type barrels. - #110 / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / DNA gyrase, subunit A / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal repeat / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A, C-terminal / DNA gyrase C-terminal domain, beta-propeller / Topoisomerase (Topo) IIA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA gyrase subunit A / Toxin CcdB
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
Aliivibrio fischeri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.932 Å
データ登録者De Jonge, N. / Simic, R. / Buts, L. / Haesaerts, S. / Roelants, K. / Garcia-Pino, A. / Sterckx, Y. / De Greve, H. / Lah, J. / Loris, R.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2012
タイトル: Alternative interactions define gyrase specificity in the CcdB family.
著者: De Jonge, N. / Simic, M. / Buts, L. / Haesaerts, S. / Roelants, K. / Garcia-Pino, A. / Sterckx, Y. / De Greve, H. / Lah, J. / Loris, R.
履歴
登録2012年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年5月30日ID: 3KU8
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月2日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit A
B: DNA gyrase subunit A
C: CcdB
D: CcdB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0607
ポリマ－58,8934
非ポリマー1673
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6660 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area21070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.073, 90.833, 58.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-669-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit A / GYRA14


分子量: 17567.025 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 363-497 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
株: K12 / 遺伝子: gyrA, GYRASE, S2444, SF2311 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AES5, EC: 5.99.1.3
#2: タンパク質 CcdB


分子量: 11879.721 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aliivibrio fischeri (バクテリア)
遺伝子: ccdB / プラスミド: PKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B462 / 参照: UniProt: Q84B82
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50MM MES, 1.6M (NH4)2SO4, 50MM MGCL2, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→74 Å / Num. obs: 48855 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.99 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.93→2.02 Å / 冗長度: 8.99 % / Rmerge(I) obs: 0.247 / Mean I/σ(I) obs: 9.12 / Rsym value: 0.247 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3JSC AND 1X75

3jsc

1x75


解像度: 1.932→24.624 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 21.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2167 2469 5.05 %random
Rwork0.1855 ---
obs0.1871 48849 98.91 %-
all-48849 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.558 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5609 Å20 Å2-2.8623 Å2
2---5.5203 Å2-0 Å2
3---4.9594 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.932→24.624 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3605 0 7 256 3868
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083715
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0665073
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0831372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07611
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005657
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9322-1.96930.25781050.21292100X-RAY DIFFRACTION82
1.9693-2.00950.23751370.1992605X-RAY DIFFRACTION100
2.0095-2.05320.2221370.19092584X-RAY DIFFRACTION100
2.0532-2.10090.25661320.18572590X-RAY DIFFRACTION100
2.1009-2.15340.19451640.17482599X-RAY DIFFRACTION100
2.1534-2.21160.19321290.16982605X-RAY DIFFRACTION100
2.2116-2.27670.22831490.17482563X-RAY DIFFRACTION100
2.2767-2.35010.22961500.18462597X-RAY DIFFRACTION100
2.3501-2.4340.24051290.18912604X-RAY DIFFRACTION100
2.434-2.53140.23431380.19772599X-RAY DIFFRACTION100
2.5314-2.64640.22231430.19992629X-RAY DIFFRACTION100
2.6464-2.78580.25191270.19962594X-RAY DIFFRACTION100
2.7858-2.96010.24821290.20522600X-RAY DIFFRACTION100
2.9601-3.18820.2781330.20612632X-RAY DIFFRACTION100
3.1882-3.50820.2371550.19772580X-RAY DIFFRACTION100
3.5082-4.01390.18731400.18072628X-RAY DIFFRACTION100
4.0139-5.050.18241520.14912604X-RAY DIFFRACTION100
5.05-24.62550.20241200.19432667X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.89650.01570.17193.65940.58861.6590.10460.2555-0.1067-0.4394-0.1773-0.15010.19680.1590.04210.22410.0713-0.00070.10920.00120.17998.458232.379826.5155
21.4117-0.2198-0.28252.37890.54551.97810.0451-0.35610.21580.475-0.14150.0339-0.127-0.07290.00910.1322-0.0793-0.02590.0847-0.09920.1052.249755.865650.7363
32.86880.8497-0.29443.81730.00042.62430.1029-0.10110.11140.004-0.1565-0.3347-0.30120.48630.04880.2618-0.0957-0.03470.32480.13060.312127.194853.437538.2938
42.3553-0.8421-0.03913.7401-0.43872.67430.008-0.4434-0.29710.351-0.037-0.10970.36790.36970.03710.3267-0.0117-0.06670.3670.18620.356125.243635.28548.5807
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 363:497
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resseq 363:497
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and resseq 2:105
4X-RAY DIFFRACTION4chain D and resseq 2:105

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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