[日本語] English
万見
- PDB-4eg2: 2.2 Angstrom Crystal Structure of Cytidine deaminase from Vibrio ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4eg2
タイトル2.2 Angstrom Crystal Structure of Cytidine deaminase from Vibrio cholerae in Complex with Zinc and Uridine
要素Cytidine deaminase
キーワードHYDROLASE / Cytidine deaminase / UMP synthesis / ZN binding / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


cytidine deaminase / : / cytidine deaminase activity / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytidine deaminase, bacteria / Cytidine deaminase, homodimeric / Cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / : / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. ...Cytidine deaminase, bacteria / Cytidine deaminase, homodimeric / Cytidine/deoxycytidylate deaminase, zinc-binding domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / : / Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / URIDINE / Cytidine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Wang, Y. / Grimshaw, S. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.2 Angstrom Crystal Structure of Cytidine deaminase from Vibrio cholerae in Complex with Zinc and Uridine.
著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Wang, Y. / Grimshaw, S. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2012年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cytidine deaminase
B: Cytidine deaminase
C: Cytidine deaminase
D: Cytidine deaminase
E: Cytidine deaminase
F: Cytidine deaminase
G: Cytidine deaminase
H: Cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,17934
ポリマ－262,1478
非ポリマー3,03326
水23,7261317
1
A: Cytidine deaminase
B: Cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2989
ポリマ－65,5372
非ポリマー7627
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area21300 Å2
手法PISA
2
C: Cytidine deaminase
D: Cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2748
ポリマ－65,5372
非ポリマー7376
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area21920 Å2
手法PISA
3
E: Cytidine deaminase
F: Cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,39210
ポリマ－65,5372
非ポリマー8558
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area21410 Å2
手法PISA
4
G: Cytidine deaminase
H: Cytidine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2157
ポリマ－65,5372
非ポリマー6785
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area22100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.810, 163.730, 111.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Cytidine deaminase / Cytidine aminohydrolase / CDA


分子量: 32768.363 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: cdd, VC_1231 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q9KSM5, cytidine deaminase

-
非ポリマー , 5種, 1343分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-URI / URIDINE


分子量: 244.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N2O6
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein solution: 0.3M Sodium chloride, 10mM HEPES. Screen solution: 0.2M MgCl2, 0.1M Hepes, 10mM Cytidine, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97959 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月24日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si {1,1,1} / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97959 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→41 Å / Num. obs: 116604 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 37.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique all: 16892 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1CTU

1ctu


解像度: 2.2→40.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 7.981 / SU ML: 0.091
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21039 6173 5 %RANDOM
Rwork0.15923 ---
all0.16178 116604 --
obs0.16178 116604 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.353 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.12 Å20 Å2-0.21 Å2
2--0.07 Å2-0 Å2
3----2.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→40.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18032 0 181 1317 19530
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02218807
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0212352
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3191.9825556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.854330341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.45852410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.14725.104819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.404153074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3681583
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.22883
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02121258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023589
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8121.512013
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2261.54824
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.434219171
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.91136794
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2174.56385
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 449 -
Rwork0.253 8352 -
obs-8352 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.72191.6612-3.54664.0038-4.27610.42510.26310.05170.25530.19630.03350.2916-0.2811-0.662-0.29660.17810.0885-0.06120.16150.02680.1824-15.814347.4549-10.8878
21.786-0.0333-0.50380.48530.12382.09040.11250.20440.056-0.1854-0.02120.0539-0.1495-0.1741-0.09130.11570.0285-0.03640.0320.01210.0626-6.3543.9743-6.7029
31.160.0854-0.20231.02820.04861.37970.0099-0.00320.0574-0.1091-0.031-0.1033-0.13480.0780.02110.07380.0169-0.01980.0154-0.00320.0452.170141.60976.9592
44.06480.2473-0.74763.3468-0.23731.7988-0.15210.1899-0.4663-0.14540.1354-0.02230.24430.07280.01670.17670.0321-0.02580.0389-0.01470.0974-1.447418.05664.1665
52.09970.24080.44111.37340.36651.5401-0.00760.0433-0.0681-0.03180.00720.10470.1656-0.11160.00040.0693-0.0027-0.02190.02080.0060.0409-9.409725.692810.0158
62.6687-0.40460.47132.9147-0.44593.09940.0013-0.1712-0.2230.0955-0.009-0.18990.25960.25940.00760.0830.015-0.03740.17670.00460.057215.205438.96844.9006
71.32850.10280.45581.44550.76411.7520.044-0.10020.0620.1145-0.0295-0.1658-0.00920.1696-0.01450.0304-0.0084-0.01930.07070.01090.038.040443.136533.9208
80.41170.16450.67841.4251-0.6724.81120.0681-0.00050.0635-0.0375-0.1846-0.1768-0.03650.67960.11650.0651-0.01810.00550.13210.01330.18.712850.287122.7069
90.70470.0296-0.0081.5997-0.66592.30010.0396-0.12270.05770.0864-0.01890.1021-0.0019-0.074-0.02080.0163-0.0041-0.00610.0278-0.01950.037-10.397742.45532.5456
102.9237-1.62690.71713.2065-1.32012.60840.1467-0.1632-0.1616-0.0925-0.04940.27560.2434-0.123-0.09720.046-0.0437-0.02430.05420.01710.0396-14.94931.16731.482
111.7698-0.428-1.90841.57161.11963.9086-0.0780.05170.03470.2418-0.0039-0.40060.04770.35190.08190.1972-0.1408-0.03220.322-0.08320.282936.09653.7524-0.1937
121.9479-0.001-0.80581.23140.69063.29770.1306-0.38420.12920.2907-0.0375-0.0809-0.01140.3726-0.0930.1462-0.0895-0.04610.1526-0.03670.097428.282947.79910.1452
131.6546-0.2882-0.35480.89540.19121.81760.0639-0.11890.15130.1144-0.0445-0.0011-0.1230.0632-0.01940.0792-0.0366-0.01190.0242-0.0120.051919.852742.9188-14.768
145.6476-2.8263-0.16774.4718-0.68191.90080.009-0.1912-0.42290.1278-0.0621-0.06580.33710.11990.05310.16450.0078-0.07490.01870.03150.109926.589519.7747-12.8803
152.0844-0.01610.68770.60890.00511.49230.0323-0.0195-0.10020.089-0.0323-0.12980.10270.2648-00.05690.0091-0.04260.06170.01760.052832.493828.783-19.2601
169.1757-3.6202-1.09159.62912.29226.94450.0127-0.0776-0.091-0.11080.1758-0.25420.51320.1343-0.18840.2318-0.0828-0.01620.14270.01720.05535.508229.9844-50.0274
171.0140.25170.89570.912-0.47582.40750.00010.15470.1463-0.0652-0.00010.1829-0.0337-0.07370.00010.03910.0135-0.02120.0850.02190.053810.71642.1871-46.5036
182.6656-0.27240.66620.35071.03414.6432-0.0038-0.05960.22850.0128-0.10150.0864-0.0369-0.58070.10520.13530.00080.01070.11650.02590.237510.736849.7901-31.6546
193.31080.8083-0.2411.6323-0.78444.09390.2537-0.02370.7519-0.01830.02120.0268-0.61440.2213-0.27490.2287-0.11920.03090.14880.0360.291633.662651.7827-40.8275
200.99980.19120.13441.58260.30932.69060.04410.1488-0.0211-0.0254-0.0168-0.0871-0.00010.2533-0.02730.0066-0.0053-0.00470.10640.01360.013432.376939.0393-42.634
2111.51656.7791-1.933315.4476-2.8252.46940.1966-0.30840.43050.2763-0.06430.2699-0.3927-0.2768-0.13230.21110.03470.0730.2595-0.04820.0807-31.869685.359950.6368
221.6681-0.2115-0.49180.92510.1051.5611-0.005-0.1437-0.10960.1670.00050.17210.1237-0.20420.00450.1112-0.0290.01760.0874-0.01510.0628-21.279276.965448.4865
230.7837-0.5709-1.05492.12530.32512.72510.05370.0973-0.1966-0.0682-0.08550.16480.0158-0.41150.03180.1521-0.01740.0060.109-0.01090.155-16.379369.309434.5653
240.9506-0.203-0.62591.36320.99712.87560.0278-0.2196-0.05590.25170.0425-0.13770.08970.1919-0.07030.0847-0.0149-0.03310.0781-0.02310.0753-1.546977.473651.0136
252.5497-0.8744-0.88432.10830.31571.960.0472-0.21310.16380.10570.0396-0.2483-0.19630.3112-0.08680.0868-0.0419-0.02420.1221-0.08810.12333.379787.335649.8213
267.9435-0.09371.65845.2248-1.68965.1321-0.4146-0.7167-0.20680.4893-0.0239-0.5268-0.181-0.150.43860.1468-0.00610.06260.2418-0.06010.351614.633269.78889.9623
271.44020.1064-0.12060.71650.19651.3726-0.03230.157-0.0595-0.13820.0852-0.20180.03830.1149-0.05280.1044-0.02720.05990.0434-0.05230.13011.334877.06815.3212
282.0496-0.7916-1.94343.20983.6224.6873-0.05650.02190.0539-0.0371-0.12360.2130.0207-0.13670.18010.1191-0.00620.00180.0054-0.0090.1337-14.41873.367120.2427
292.83431.48351.45144.4753-0.45582.8186-0.15880.29250.3176-0.17760.0938-0.0213-0.31660.20140.06490.1693-0.04060.06510.0526-0.01220.1574-1.2136101.410120.0252
301.79850.48240.00061.3271-0.39462.0646-0.0245-0.01280.0411-0.01520.042-0.2881-0.21750.2553-0.01750.1181-0.05170.02690.0518-0.0520.14523.925893.078727.7163
315.1258-4.5462-0.50918.95532.34548.7764-0.05820.16020.1927-0.15180.1262-0.1886-0.35430.2452-0.0680.2256-0.12040.02590.207-0.05660.09448.20585.0551-35.881
321.19020.0664-0.80040.70340.30482.58750.00270.0294-0.13660.0112-0.0521-0.08510.38380.07660.04930.2251-0.05490.03060.0712-0.04210.0767-3.948675.0721-27.1857
3330.721412.673810.85845.23254.48173.84032.132-2.902-2.61460.8209-1.2054-1.0730.728-1.0478-0.92661.1537-0.3178-0.07990.68360.08520.5599-20.844863.185-19.6607
340.62610.77120.26792.66890.39642.80660.02560.2664-0.101-0.2336-0.03010.21690.4509-0.83970.00450.2856-0.15770.03670.5652-0.13320.1593-26.363272.5792-40.434
350.65080.1777-0.55191.4722-0.21932.43140.10990.2262-0.0046-0.0427-0.1020.0924-0.0745-0.6142-0.00790.1529-0.07860.01670.3251-0.05890.0526-22.825982.2907-33.233
360.70660.4876-1.24511.5441-0.95512.6172-0.01520.16140.08120.10580.11940.23570.16-0.5541-0.10420.1666-0.1680.03370.2619-0.02350.1742-33.549571.99887.3983
374.98980.06014.04661.61950.83067.6270.04990.0931-0.2637-0.0903-0.02410.03620.3709-0.5643-0.02580.1152-0.1220.06650.1727-0.05740.1028-26.913776.4309-1.2133
381.6592-0.1991-0.41680.472-0.36322.2441-0.0345-0.0562-0.08050.0159-0.0026-0.05720.2707-0.13470.03720.1679-0.10840.04910.081-0.04550.0739-15.933777.5234-4.4129
394.8768-2.89341.26954.5944-0.97112.12280.0092-0.03380.49370.2621-0.0040.1343-0.5148-0.5492-0.00520.42490.06490.14850.299-0.04010.2721-25.7468101.3758-4.103
402.2195-0.4951-0.91991.4963-0.31011.86180.09140.19980.1289-0.00270.05320.315-0.2551-0.6397-0.14460.18180.01230.06790.2823-0.01630.1462-28.920692.0353-11.4026
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2A23 - 89
3X-RAY DIFFRACTION3A90 - 172
4X-RAY DIFFRACTION4A173 - 203
5X-RAY DIFFRACTION5A204 - 295
6X-RAY DIFFRACTION6B-1 - 37
7X-RAY DIFFRACTION7B38 - 123
8X-RAY DIFFRACTION8B124 - 162
9X-RAY DIFFRACTION9B163 - 256
10X-RAY DIFFRACTION10B257 - 295
11X-RAY DIFFRACTION11C0 - 18
12X-RAY DIFFRACTION12C19 - 69
13X-RAY DIFFRACTION13C70 - 173
14X-RAY DIFFRACTION14C174 - 202
15X-RAY DIFFRACTION15C203 - 295
16X-RAY DIFFRACTION16D-1 - 12
17X-RAY DIFFRACTION17D13 - 123
18X-RAY DIFFRACTION18D124 - 164
19X-RAY DIFFRACTION19D165 - 192
20X-RAY DIFFRACTION20D193 - 295
21X-RAY DIFFRACTION21E-1 - 17
22X-RAY DIFFRACTION22E18 - 122
23X-RAY DIFFRACTION23E123 - 168
24X-RAY DIFFRACTION24E169 - 256
25X-RAY DIFFRACTION25E257 - 295
26X-RAY DIFFRACTION26F0 - 19
27X-RAY DIFFRACTION27F20 - 145
28X-RAY DIFFRACTION28F146 - 173
29X-RAY DIFFRACTION29F174 - 202
30X-RAY DIFFRACTION30F203 - 295
31X-RAY DIFFRACTION31G-1 - 22
32X-RAY DIFFRACTION32G23 - 163
33X-RAY DIFFRACTION33G164 - 176
34X-RAY DIFFRACTION34G177 - 204
35X-RAY DIFFRACTION35G205 - 295
36X-RAY DIFFRACTION36H-1 - 69
37X-RAY DIFFRACTION37H70 - 92
38X-RAY DIFFRACTION38H93 - 175
39X-RAY DIFFRACTION39H176 - 200
40X-RAY DIFFRACTION40H201 - 295

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る