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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4eg2 | ||||||
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タイトル | 2.2 Angstrom Crystal Structure of Cytidine deaminase from Vibrio cholerae in Complex with Zinc and Uridine | ||||||
要素 | Cytidine deaminase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Cytidine deaminase / UMP synthesis / ZN binding / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cytidine deaminase / pyrimidine-containing compound salvage / cytidine deamination / cytidine deaminase activity / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Wang, Y. / Grimshaw, S. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: 2.2 Angstrom Crystal Structure of Cytidine deaminase from Vibrio cholerae in Complex with Zinc and Uridine. 著者: Minasov, G. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Wang, Y. / Grimshaw, S. / Papazisi, L. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4eg2.cif.gz | 963.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4eg2.ent.gz | 809.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4eg2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4eg2_validation.pdf.gz | 521.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4eg2_full_validation.pdf.gz | 544.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4eg2_validation.xml.gz | 96 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4eg2_validation.cif.gz | 137.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4eg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eg/4eg2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1ctuS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH
#1: タンパク質 | 分子量: 32768.363 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: cdd, VC_1231 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q9KSM5, cytidine deaminase |
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-非ポリマー , 5種, 1343分子
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-URI / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 化合物 | ChemComp-MG / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein solution: 0.3M Sodium chloride, 10mM HEPES. Screen solution: 0.2M MgCl2, 0.1M Hepes, 10mM Cytidine, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97959 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月24日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si {1,1,1} / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97959 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→41 Å / Num. obs: 116604 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 37.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 6.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.615 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique all: 16892 / % possible all: 92.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1CTU 解像度: 2.2→40.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 7.981 / SU ML: 0.091 Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Refined 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.353 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→40.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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