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- PDB-4efz: Crystal Structure of a hypothetical metallo-beta-lactamase from B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4efz
タイトルCrystal Structure of a hypothetical metallo-beta-lactamase from Burkholderia pseudomallei
要素Metallo-beta-lactamase family protein
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfur dioxygenase activity / 加水分解酵素 / glutathione metabolic process / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Persulfide dioxygenase-like, MBL-fold metallo-hydrolase domain / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable metallo-hydrolase BURPS1710b_2304
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of a hypothetical metallo-beta-lactamase from Burkholderia pseudomallei
著者: Fairman, J.W. / Craig, T.K. / Staker, B.L. / Stewart, L.
履歴
登録2012年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase family protein
B: Metallo-beta-lactamase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,92319
ポリマ－64,8592
非ポリマー1,06317
水9,170509
1
B: Metallo-beta-lactamase family protein
ヘテロ分子

A: Metallo-beta-lactamase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,92319
ポリマ－64,8592
非ポリマー1,06317
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y+1/2,-z+1/21
Buried area5360 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area22820 Å2
手法PISA
2
A: Metallo-beta-lactamase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8177
ポリマ－32,4301
非ポリマー3886
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Metallo-beta-lactamase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,10512
ポリマ－32,4301
非ポリマー67611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.320, 83.500, 96.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKOWN

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase family protein


分子量: 32429.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: BURPS1710b_2304 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3JRV4

-
非ポリマー , 6種, 526分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.04 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2 M ammonium sulfate, 100 mM BIS-TRIS pH 6.50, 20 mg/mL BupsA.15999.a.A1 PS00414, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 84994 / Num. obs: 83635 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 26.509 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.6-1.640.4814.340669603197.1
1.64-1.690.3865.3439880591897.6
1.69-1.740.3036.6638723575297.6
1.74-1.790.2478.1337759560397.9
1.79-1.850.18710.5736784546097.8
1.85-1.910.14113.6435416527298.3
1.91-1.980.10717.1134413512998
1.98-2.070.08421.3132942493098.7
2.07-2.160.06526.4831630473298.4
2.16-2.260.05729.8430338455598.7
2.26-2.390.04933.7728760433798.8
2.39-2.530.04238.1527243411899
2.53-2.70.03543.1325611388299.2
2.7-2.920.0349.9723822363199.3
2.92-3.20.02656.7722063338999.5
3.2-3.580.02262.719664304499.3
3.58-4.130.0268.3117222270299.5
4.13-5.060.01970.5214435230398.9
5.06-7.160.0268.3911343184399.8
7.160.02165.735227100493.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→41.757 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / FOM work R set: 0.8761 / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1967 4167 4.98 %
Rwork0.1705 --
obs0.1719 83627 98.36 %
all-84994 -
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.856 Å2 / ksol: 0.397 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 69.84 Å2 / Biso mean: 24.0045 Å2 / Biso min: 10.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.8093 Å2-0 Å20 Å2
2---3.0897 Å2-0 Å2
3---6.899 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→41.757 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4413 0 58 509 4980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0154568
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6156206
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11702
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008816
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0971641
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.61820.29861340.23032571270597
1.6182-1.63720.25241150.20922622273797
1.6372-1.65720.25391360.20322584272098
1.6572-1.67820.23581400.19732584272497
1.6782-1.70030.24491290.19032610273998
1.7003-1.72360.26261450.19462620276598
1.7236-1.74820.25591450.18582540268598
1.7482-1.77430.21071270.18522624275198
1.7743-1.8020.21231290.17642647277698
1.802-1.83150.21681430.17212612275598
1.8315-1.86310.19141030.16672643274698
1.8631-1.8970.21991380.16412612275098
1.897-1.93350.21311480.15942621276998
1.9335-1.9730.21181240.16542629275398
1.973-2.01590.18581230.16252660278399
2.0159-2.06280.19261380.16222638277698
2.0628-2.11430.17751520.15762609276198
2.1143-2.17150.20961520.1582641279399
2.1715-2.23540.19871270.15822678280599
2.2354-2.30750.2211350.17032638277399
2.3075-2.390.20611530.16712646279999
2.39-2.48570.21511380.17092669280799
2.4857-2.59880.21031520.17252675282799
2.5988-2.73580.19491480.16582675282399
2.7358-2.90720.1961540.16862675282999
2.9072-3.13150.18481460.17262706285299
3.1315-3.44660.20921380.1762724286299
3.4466-3.9450.16511440.16532731287599
3.945-4.96890.14951580.14172737289599
4.9689-41.77150.20631530.20292839299298
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9060.1272-0.15331.35540.15081.096-0.01110.05490.0626-0.1181-0.0052-0.2277-0.01780.08920.00740.08840.01830.02030.10420.01730.124160.863424.814112.4667
21.7432-0.62370.25955.21772.17334.2509-0.06480.0817-0.0349-0.136-0.05440.2151-0.0222-0.25670.09140.1234-0.00320.03690.13310.02190.135955.973537.03130.129
33.26844.2617-3.90897.6708-7.08586.5471-0.03540.34050.4127-0.1010.49590.6009-0.1111-0.6328-0.44450.20550.028-0.00850.1905-0.00350.199748.257944.71536.7264
44.4181.3261-3.18090.99720.26934.7912-0.125-0.4466-0.15390.0281-0.0405-0.17940.20290.24870.19530.06590.0066-0.00640.13620.00720.077948.192427.10328.537
51.47480.3876-0.07152.18270.15830.78030.0250.0432-0.0398-0.1292-0.0584-0.33320.00770.02810.03260.11350.00320.03860.10670.03110.111860.916774.351916.0829
62.4545-1.34173.46673.50441.25268.4740.2234-0.21270.00780.18070.0051-0.38570.2062-0.1966-0.23460.1551-0.0242-0.05780.13760.03760.274369.024466.227527.6462
70.63560.11570.2391.20460.33351.31820.1061-0.2018-0.13270.3143-0.1056-0.43980.09260.0465-0.00380.1876-0.0461-0.09130.15730.07030.259266.963359.438529.1156
85.70470.3837-0.79071.9461.69641.70420.01060.13130.0817-0.0537-0.0237-0.03830.1355-0.0679-0.00360.1039-0.00840.02920.12360.00340.051943.189370.215417.2902
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:172)A1 - 172
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 173:238)A173 - 238
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 239:263)A239 - 263
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 264:294)A264 - 294
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 1:154)B1 - 154
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 163:177)B163 - 177
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 178:257)B178 - 257
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 258:294)B258 - 294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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