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- PDB-4efp: Bombyx mori lipoprotein 7 isolated from its natural source at 1.3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4efp
タイトルBombyx mori lipoprotein 7 isolated from its natural source at 1.33 A resolution
要素30kDa protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / VHS domain / beta-trefoil
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lepidopteran low molecular weight (30 kD) lipoprotein, N-terminal domain / Lepidopteran low molecular weight lipoprotein / Lepidopteran low molecular weight lipoprotein, N-terminal domain / Lepidopteran low molecular weight (30 kD) lipoprotein / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / THIOCYANATE ION / 30K protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Pietrzyk, A.J. / Panjikar, S. / Bujacz, A. / Mueller-Dieckmann, J. / Jaskolski, M. / Bujacz, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: High-resolution structure of Bombyx mori lipoprotein 7: crystallographic determination of the identity of the protein and its potential role in detoxification.
著者: Pietrzyk, A.J. / Panjikar, S. / Bujacz, A. / Mueller-Dieckmann, J. / Lochynska, M. / Jaskolski, M. / Bujacz, G.
履歴
登録2012年3月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 30kDa protein
B: 30kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,08214
ポリマ－55,1582
非ポリマー92412
水9,926551
1
A: 30kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1258
ポリマ－27,5791
非ポリマー5467
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 30kDa protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9576
ポリマ－27,5791
非ポリマー3785
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.211, 49.993, 55.244
Angle α, β, γ (deg.)93.41, 94.70, 102.78
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 30kDa protein


分子量: 27579.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: protein isolated from fifth instar larvae / 由来: (天然) Bombyx mori (カイコ) / 参照: UniProt: E5EVW2

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非ポリマー , 7種, 563分子

#2: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#3: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 551 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES buffer, 22% PEG 3350, 200 mM KSCN, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月20日
放射モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→23 Å / Num. all: 94702 / Num. obs: 94674 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 11.66
反射 シェル解像度: 1.33→1.38 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / % possible all: 78.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
Auto-RickshawMR-SAD protocol位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.33→23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 1.25 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.07 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23058 1223 1.3 %RANDOM
Rwork0.18357 ---
all0.18417 94702 --
obs0.18417 93451 93.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.076 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å2-0.49 Å20.41 Å2
2---0.59 Å2-0.03 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.33→23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3836 0 43 551 4430
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0224161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9431.9565652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6545527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.39924.36211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.71815749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.751525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2190.2596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023195
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2361.52430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.18823943
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.67831731
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.0824.51679
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.25734161
LS精密化 シェル解像度: 1.33→1.362 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 68 -
Rwork0.188 5348 -
obs--71.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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