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万見
- PDB-4ef9: Crystal structure of dihydroorotate dehydrogenase from Leishmania... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ef9
タイトルCrystal structure of dihydroorotate dehydrogenase from Leishmania major in complex with 4-Nitrophenyl isothiocyanate
要素Dihydroorotate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Leishmania major / dihydroorotate dehydrogenase / 4-Nitrophenyl isothiocyanate / pyrd / Oxidoreductase / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) / dihydroorotate dehydrogenase (fumarate) activity / fumarate metabolic process / dihydroorotate dehydrogenase activity / ciliary plasm / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / nucleotide binding / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2 / Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1A / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Roll ...Dihydroorotate Dehydrogenase A; chain A, domain 2 / Dihydroorotate Dehydrogenase A, chain A, domain 2 / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1A / Dihydroorotate dehydrogenase, class 1/ 2 / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(4-nitrophenyl)thioformamide / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Dihydroorotate dehydrogenase (fumarate)
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Pinheiro, M.P. / Emery, F.S. / Nonato, M.C.
引用ジャーナル: Curr.Pharm.Des. / 年: 2013
タイトル: Target sites for the design of anti-trypanosomatid drugs based on the structure of dihydroorotate dehydrogenase.
著者: Pinheiro, M.P. / Emery, F.S. / Nonato, M.C.
履歴
登録2012年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase
B: Dihydroorotate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,45315
ポリマ－76,3192
非ポリマー2,13413
水9,656536
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8350 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area20320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.910, 143.910, 69.621
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase


分子量: 38159.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
株: Friedlin / 遺伝子: DHODH, lmjf16.0530, LMJF_16_0530 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q4QEW7, EC: 1.3.3.1

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非ポリマー , 5種, 549分子

#2: 化合物 ChemComp-4NF / N-(4-nitrophenyl)thioformamide / 4-NITROPHENYL ISOTHIOCYANATE, bound form


分子量: 182.200 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6N2O2S
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
非ポリマーの詳細4-NITROPHENYL ISOTHIOCYANATE REACTS WITH THE CYS 150 OF DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE. THE FINAL ...4-NITROPHENYL ISOTHIOCYANATE REACTS WITH THE CYS 150 OF DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE. THE FINAL REACTION PRODUCT IS COMPONENT 4NF.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE pH 5.6, 1.3M LITHIUM SULFATE, 0.3M AMMONIUM SULFATE, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.305 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月21日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.305 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→23.47 Å / Num. all: 108237 / Num. obs: 108237 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 11.7 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 15723 / Rsym value: 0.77 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
NatXraysoftwareデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3GYE

3gye


解像度: 1.6→22.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1849 5401 5 %RANDOM
Rwork0.16767 ---
obs0.16855 102786 99.94 %-
all-102786 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.285 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→22.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4698 0 133 536 5367
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.025005
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2672.0026807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1185636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.86324.293198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.86615780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.3271523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213787
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 382 -
Rwork0.241 7532 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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