PDB-4ef0: Crystal Structure of the first catalytic domain of protein disulf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ef0

タイトル

Crystal Structure of the first catalytic domain of protein disulfide isomerase P5

要素

Protein disulfide-isomerase A6

キーワード

ISOMERASE / thioredoxin-like fold / disulfide bond isomerization / BiP / endoplasmic reticulum

機能・相同性

機能・相同性情報

protein disulfide-isomerase / endoplasmic reticulum chaperone complex / XBP1(S) activates chaperone genes / protein disulfide isomerase activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein-disulfide reductase activity / response to endoplasmic reticulum stress / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / melanosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Vinaik, R. / Kozlov, G. / Gehring, K.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the first catalytic domain of protein disulfide isomerase P5
著者: Vinaik, R. / Kozlov, G. / Gehring, K.

履歴

登録	2012年3月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ef0.cif.gz	111.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ef0.ent.gz	86.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ef0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ef0_validation.pdf.gz	423.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ef0_full_validation.pdf.gz	424.5 KB	表示
XML形式データ	4ef0_validation.xml.gz	14.4 KB	表示
CIF形式データ	4ef0_validation.cif.gz	21.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/4ef0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/4ef0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f8uS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3aps-2 4e6i-2 4r4t-d 2lsi-d 2va0-2 1lju-d 2rdf-d 1jfv-d 6qqj-d 5d47-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (3) #91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Protein disulfide-isomerase A6

B: Protein disulfide-isomerase A6

27.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein disulfide-isomerase A6

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein disulfide-isomerase A6

登録者が定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.852, 129.852, 45.226
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	Protein disulfide-isomerase A6 / Endoplasmic reticulum protein 5 / ER protein 5 / ERp5 / Protein disulfide isomerase P5 / ...Endoplasmic reticulum protein 5 / ER protein 5 / ERp5 / Protein disulfide isomerase P5 / Thioredoxin domain-containing protein 7 分子量: 13800.602 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 27-140 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDIA6, ERP5, P5, TXNDC7 / プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q15084, protein disulfide-isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Protein disulfide-isomerase A6 / Endoplasmic reticulum protein 5 / ER protein 5 / ERp5 / Protein disulfide isomerase P5 / ...

分子量: 13800.602 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain, UNP residues 27-140 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDIA6, ERP5, P5, TXNDC7 / プラスミド: pET29a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q15084, protein disulfide-isomerase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 351 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.73 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M succinic acid, 15%(w/v) PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.9779 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9779 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 43209 / Num. obs: 42790 / % possible obs: 99.03 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / R_sym value: 0.034 / Net I/σ(I): 34.1
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 1.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2850 / R_sym value: 0.258 / % possible all: 89.82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3f8u

3f8u

解像度: 1.5→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 2.131 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19257	2285	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17615	-	-	-
all	0.177	43209	-	-
obs	0.17697	42790	99.03 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.035 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	-0.05 Å²	0 Å²
2-	-	-0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1784	0	0	351	2135

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.936	1.941	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.015	5	248
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.722	23.908	87
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.653	15	314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.308	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.17	0.2	838
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.07	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.101	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.092	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.387	1.5	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.655	2	1880
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.122	3	783
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.864	4.5	676

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	160	-
R_work	0.218	2850	-
obs	-	-	89.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6122	-0.5894	1.7822	4.2258	1.2397	5.3235	-0.0318	0.3369	-0.2283	-0.1522	0.2889	-0.4671	-0.0214	0.5635	-0.2571	-0.0339	-0.0129	0.0545	0.0194	-0.071	0.0862	-19.3255	4.3165	-15.1574
2	0.798	0.4376	0.2673	2.4335	0.6781	1.2809	-0.0366	0.0614	-0.0614	-0.1579	0.0564	0.0301	-0.0195	0.0329	-0.0198	0.0579	-0.0128	0.0078	0.0341	-0.0102	0.0393	-31.0626	8.601	-14.8514
3	1.2733	0.4819	1.7489	2.3467	2.2523	3.5709	0.158	0.0617	-0.449	0.5317	0.1297	0.1656	0.2229	0.2046	-0.2876	0.0708	0.0088	0.048	-0.0478	-0.0151	0.1166	-28.5708	-6.4149	-15.282
4	7.1668	1.5997	5.5458	1.3652	1.1904	5.3141	0.1652	-0.3261	-0.3952	0.2121	-0.0309	-0.2387	0.2818	-0.1273	-0.1343	0.038	-0.003	-0.009	0.0084	0.0148	0.0583	-27.9759	0.599	-6.2147
5	3.7641	0.3814	0.8688	1.2605	0.1605	1.0144	-0.0247	0.0097	-0.1064	0.1188	0.0109	0.0171	0	-0.056	0.0138	0.047	-0.0125	0.0256	0.0388	0.0132	0.0242	-34.692	10.8413	-4.065
6	32.929	-5.243	3.9533	5.9561	1.4821	7.2195	-0.2894	-1.9196	-0.4911	0.628	0.4448	-0.1243	0.3198	-0.6649	-0.1553	0.0878	0.0043	-0.0763	0.0423	0.0557	-0.0249	-21.407	10.2342	6.5632
7	1.0847	0.5125	0.6998	0.674	0.6937	2.4316	0.022	0.0259	-0.0779	-0.0155	0.0699	-0.1404	0.0683	0.1639	-0.0919	0.0167	-0.0137	-0.0162	0.0396	-0.0228	0.0361	-8.2364	28.0068	-0.1448
8	7.7601	3.5814	4.3019	8.309	3.8435	7.1637	0.1257	-0.2472	-0.1917	0.5665	-0.0874	-0.4147	0.1157	0.0403	-0.0383	0.0788	-0.0068	-0.0848	-0.0003	0.0121	0.0105	-9.4033	20.5978	10.5962
9	1.5621	1.1837	-0.1082	2.4231	0.2238	1.4871	0.0638	0.0568	0.0171	0.0221	-0.0065	-0.0841	-0.1652	0.186	-0.0573	0.0316	-0.026	-0.0161	0.049	-0.0156	0.0233	-8.8334	28.8819	0.7671
10	2.5699	0.168	2.1074	1.761	0.9986	5.6522	-0.0166	-0.1807	0.209	0.0125	-0.0845	0.0607	-0.2198	-0.2552	0.1011	0.031	-0.0006	-0.0148	0.0296	-0.032	0.0265	-17.0292	33.2891	2.4476
11	5.7247	-0.4421	4.569	2.3727	-0.0641	6.3655	-0.1069	-0.31	-0.0515	0.1695	0.1329	-0.1072	-0.1597	0.0945	-0.026	0.0744	-0.0149	0.0108	0.0519	-0.02	-0.0185	-22.537	23.0405	6.7525
12	13.7095	3.696	3.0136	6.3549	-0.3481	4.3729	0.053	-0.2569	0.5613	0.2065	-0.0874	0.3975	-0.4037	-0.3445	0.0344	0.0593	0.0063	0.0078	0.004	-0.0098	0.0029	-32.5073	25.0211	-6.7724

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	26 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	43 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	86 - 96
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	97 - 112
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	113 - 131
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	132 - 140
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	26 - 59
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	60 - 69
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	70 - 95
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	96 - 114
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	115 - 135
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	136 - 140

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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