PDB-4ed9: Crystal structure of a CAIB/BAIF family protein from Brucella suis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ed9

タイトル

Crystal structure of a CAIB/BAIF family protein from Brucella suis

要素

CAIB/BAIF family protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / Emerald BioStructures / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

CoA-transferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella suis (ブタ流産菌)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a CAIB/BAIF family protein from Brucella suis
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Fox III, D. / Gardberg, A. / Staker, B. / Stewart, L.

履歴

登録	2012年3月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ed9.cif.gz	158.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ed9.ent.gz	123.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ed9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/4ed9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ed/4ed9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5yoq-1 5yx6-1 6j1x-d 6lpi-4 4xgn-2 4qo0-2 4njp-3 6mas-1 1l3v-d 5cl2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: BrsuA.18159.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CAIB/BAIF family protein

ヘテロ分子

42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CAIB/BAIF family protein

ヘテロ分子

A: CAIB/BAIF family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
84.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.400, 62.540, 70.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.810, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-636- HOH

詳細

Dimer

#1: タンパク質	CAIB/BAIF family protein 分子量: 41686.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella suis (ブタ流産菌) / 株: 1330 / 遺伝子: BR1084, BS1330_I1080 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8G0K8, UniProt: A0A0H3G7M3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.54 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: Internal tracking number 230921. JCSG Core Suite III well A4. 0.1M CHES Buffer pH 9.5, 30.0% w/v PEG3,000, 20% ethylene glycol. BrsuA.18159.a.A1 pw34608 40mg/ml., vapor diffusion, sitting drop, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→62.19 Å / Num. all: 26330 / Num. obs: 25803 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.49 % / B_iso Wilson estimate: 20.981 Å² / R_merge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 26.86

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.95-2		0.217	6.2	7508	1785	92.3
2-2.06		0.195	7.6	9081	1775	94.4
2.06-2.12		0.17	10.8	10058	1757	96.3
2.12-2.18		0.132	13.4	12614	1759	98.4
2.18-2.25		0.129	15.7	12724	1679	98
2.25-2.33		0.143	17.1	12285	1644	97.5
2.33-2.42		0.106	20	14743	1600	99
2.42-2.52		0.115	21.7	14406	1550	99.2
2.52-2.63		0.095	24.2	14369	1475	99.4
2.63-2.76		0.087	27.1	14296	1420	99.4
2.76-2.91		0.078	29.6	13895	1352	99.6
2.91-3.08		0.064	33.7	13540	1291	99.6
3.08-3.3		0.061	37.8	11866	1194	99.5
3.3-3.56		0.049	46.5	11484	1129	99.6
3.56-3.9		0.043	52.5	10433	1043	99.1
3.9-4.36		0.037	58.9	9758	940	99.8
4.36-5.03		0.033	60.2	8923	836	99.3
5.03-6.17		0.035	53.2	7875	710	99.6
6.17-8.72		0.029	54.9	6088	550	99.8
	8.72	0.022	70.6	3217	314	96.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	45.68 Å
Translation	2.5 Å	45.68 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
CrystalClear		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95→62.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 7.209 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.217	1310	5.1 %	RANDOM
R_work	0.172	-	-	-
all	0.174	26330	-	-
obs	0.174	25802	98.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.681 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.18 Å²	0 Å²	0.36 Å²
2-	-	0.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→62.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2838	0	35	275	3148

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	2964
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2054
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.385	1.978	4011
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.902	3	4987
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.985	5	387
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.058	23.462	130
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.508	15	479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.862	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	3355
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	611

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	86	-
R_work	0.226	1649	-
all	-	1735	-
obs	-	-	91.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5098	0.0089	0.0144	0.1874	0.1513	0.1246	0.0019	0.0716	0.0476	0.0071	0.0292	-0.0296	0.0052	0.0257	-0.031	0.0404	0.0122	0.017	0.0185	0.0044	0.0394	16.8841	42.2436	-9.8277
2	0.2985	-0.1643	-0.1178	0.397	0.1894	0.141	-0.023	0.0869	0.0214	0.0125	0.0026	0.0354	-0.0033	0.0119	0.0204	0.0289	-0.0063	-0.0076	0.0538	0.0131	0.0224	-0.694	45.2382	-11.6365
3	0.1259	-0.2668	-0.0038	0.6485	0.1562	0.3153	-0.0345	-0.0492	0.0055	0.0828	0.0729	-0.0423	0.0121	-0.0447	-0.0384	0.0175	0.0039	0.0038	0.0388	0.0041	0.0301	4.9734	60.1724	13.3712

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 84
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	85 - 227
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	228 - 379

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関連情報:EMDBヘッダ

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