PDB-4ecp: X-ray crystal structure of Inorganic Pyrophosphate PPA from Mycob...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ecp

タイトル

X-ray crystal structure of Inorganic Pyrophosphate PPA from Mycobacterium leprae

要素

Inorganic pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium leprae (らい菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: X-ray crystal structure of Inorganic Pyrophosphate PPA from Mycobacterium leprae
著者: Fairman, J.W. / Abendroth, J. / Staker, B.L. / Stewart, L.

履歴

登録	2012年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ecp.cif.gz	144.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ecp.ent.gz	114.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ecp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ecp_validation.pdf.gz	440.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ecp_full_validation.pdf.gz	441.4 KB	表示
XML形式データ	4ecp_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	4ecp_validation.cif.gz	21.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/4ecp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/4ecp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wcfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4z74-2 2uxs-1 4z74-1 4z72-1 4z73-2 1wcf-1 5kde-1 4z73-1 4z71-1 5kdf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MyleA.01382.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inorganic pyrophosphatase

B: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

38.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inorganic pyrophosphatase

B: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

A: Inorganic pyrophosphatase

B: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

A: Inorganic pyrophosphatase

B: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
114 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.180, 121.180, 66.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

詳細

AS PER THE AUTHORS THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS UNKNOWN

#1: タンパク質	Inorganic pyrophosphatase / Pyrophosphate phospho-hydrolase / PPase 分子量: 18957.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mycobacterium leprae (らい菌) / 遺伝子: ppa, ML0210, MLCB2548.21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O69540, inorganic diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.25 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 40% MPD, 100 mM CAPS pH 10.50, 35.04 mg/ml MyleA.01382.a.A1 PW34776, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 33648 / Num. obs: 33514 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 31.187 Å² / R_merge(I) obs: 0.033 / Net I/σ(I): 22.22

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.8-1.85		0.436	2.25	5534	2498	99.6
1.85-1.9		0.306	3.02	5525	2393	99.7
1.9-1.95		0.255	3.95	5559	2330	98.5
1.95-2.01		0.159	5.7	5735	2285	99.5
2.01-2.08		0.131	7.59	5638	2180	98.6
2.08-2.15		0.101	9.9	6101	2160	99.6
2.15-2.23		0.082	13.77	6930	2053	99.7
2.23-2.32		0.074	16.8	7027	1958	98.8
2.32-2.43		0.057	19.99	7479	1939	99.9
2.43-2.55		0.056	21.97	7311	1797	99.8
2.55-2.68		0.05	25.02	7654	1752	100
2.68-2.85		0.046	28.96	8227	1664	100
2.85-3.04		0.038	36.54	8775	1544	99.9
3.04-3.29		0.033	42.18	8119	1429	100
3.29-3.6		0.028	50.86	7477	1323	99.9
3.6-4.02		0.026	56.56	6608	1192	100
4.02-4.65		0.023	61.79	5928	1061	100
4.65-5.69		0.021	62.59	5098	894	100
5.69-8.05		0.022	61.16	3977	691	100
	8.05	0.019	67.23	2092	371	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.6.0117	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
StructureStudio		データ収集
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1WCF

1wcf

解像度: 1.8→34.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.117 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2149	1697	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1784	-	-	-
all	0.1802	33648	-	-
obs	0.1802	33514	99.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 65.93 Å² / B_iso mean: 29.377 Å² / B_iso min: 6.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1 Å²	-0.5 Å²	0 Å²
2-	-	-1 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2557	0	12	173	2742

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.02	2682
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.396	1.962	3649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.533	5	332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.877	23.529	136
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.893	15	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.823	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	389
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	2111

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	121	-
R_work	0.262	2377	-
all	-	2498	-
obs	-	-	99.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9773	-0.4757	0.1525	1.4953	-0.4617	1.8273	-0.0006	-0.2496	0.0782	0.1751	0.0896	0.0219	-0.0759	-0.2799	-0.089	0.0432	-0.0049	-0.0259	0.1237	-0.0016	0.0794	9.0463	8.6236	10.4808
2	4.0579	0.0091	-0.8484	1.7028	0.0177	3.3448	-0.0002	-0.3849	0.1504	0.197	0.0421	-0.0369	-0.0436	-0.1094	-0.0419	0.0758	-0.0248	-0.046	0.1	0.0094	0.087	15.479	2.0094	14.3528
3	0.455	1.0436	0.2124	8.5706	-0.3124	1.6713	0.0183	-0.2598	0.1084	0.3207	-0.0749	0.2526	-0.1024	-0.0802	0.0566	0.0937	-0.0055	-0.0508	0.2036	-0.042	0.15	22.9909	9.6326	11.5683
4	1.7497	-0.9169	0.206	2.7472	0.0355	1.7574	0.0419	0.0434	-0.029	0.0254	-0.0674	-0.0909	0.0544	0.0714	0.0255	0.0373	-0.0096	-0.0304	0.086	-0.0154	0.1001	22.4562	7.2885	3.6981
5	11.7145	-1.7453	-8.0147	3.7979	2.9714	15.3757	0.0398	-1.2125	0.0555	0.59	-0.0365	-0.5632	0.1497	0.4737	-0.0034	0.17	-0.0348	-0.1413	0.2812	-0.0073	0.1311	27.4604	4.0479	21.7499
6	0.9593	-1.0492	0.2103	3.1321	-0.0437	0.5538	0.1237	0.2369	0.0353	-0.3539	-0.1002	-0.2101	0.1999	0.0993	-0.0234	0.1459	0.0243	0.0158	0.0815	0.0203	0.1018	7.0207	8.804	-20.2657
7	2.2316	-1.3476	2.2665	1.8292	-1.7556	4.2786	0.1595	0.2666	0.1507	-0.334	-0.0913	-0.209	0.2114	0.2803	-0.0682	0.1176	-0.0031	0.0288	0.0599	0.01	0.0986	8.3455	15.3962	-19.5146
8	1.5492	1.0371	0.4219	3.6271	-0.2022	1.5769	0.062	0.1442	0.0299	-0.1113	-0.0732	-0.0242	0.1176	-0.0241	0.0112	0.1052	-0.003	0.0047	0.0679	0.0461	0.0833	0.2367	20.4851	-16.5713
9	8.1376	-5.3047	2.3438	5.1198	-2.1031	1.6103	-0.0291	0.098	0.0853	-0.0187	-0.0028	-0.1302	-0.037	0.1908	0.0319	0.0973	-0.0168	-0.0115	0.0607	0.0156	0.1028	11.9987	20.6787	-9.118
10	2.6097	0.0385	-0.3789	5.1725	-0.4562	4.3545	-0.0774	0.3386	0.2323	-0.6228	-0.0792	-0.3627	0.046	0.2055	0.1566	0.1513	0.001	0.0834	0.0848	0.0782	0.1221	6.9281	27.0873	-24.7245

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 41
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	42 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	77 - 97
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	98 - 141
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	142 - 158
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 31
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	32 - 60
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	61 - 108
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	109 - 133
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	134 - 159

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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