PDB-4ecd: 2.5 Angstrom Resolution Crystal Structure of Bifidobacterium long...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ecd

タイトル

2.5 Angstrom Resolution Crystal Structure of Bifidobacterium longum Chorismate Synthase

要素

Chorismate synthase

キーワード

LYASE / 4-Layer Sandwich / Chorismate synthase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

chorismate synthase / chorismate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / FMN binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bifidobacterium longum subsp. infantis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Light, S.H. / Minasov, G. / Krishna, S.N. / Shuvalova, L. / Kwon, K. / Lavie, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: 2.5 Angstrom Resolution Crystal Structure of Bifidobacterium longum Chorismate Synthase
著者: Light, S.H. / Minasov, G. / Krishna, S.N. / Shuvalova, L. / Kwon, K. / Lavie, A. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2012年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ecd.cif.gz	218 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ecd.ent.gz	175.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ecd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/4ecd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/4ecd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2g85S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5c97-1 5ab2-2 5ab2-1 5cu5-2 6ea4-1 5h42-2 5cu5-1 3se6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP91213

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chorismate synthase

B: Chorismate synthase

ヘテロ分子

85.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Chorismate synthase

B: Chorismate synthase

ヘテロ分子

A: Chorismate synthase

B: Chorismate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
171 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.944, 123.944, 97.884
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Chorismate synthase / 5-enolpyruvylshikimate-3-phosphate phospholyase 分子量: 42645.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bifidobacterium longum subsp. infantis (バクテリア) 株: ATCC 15697 / DSM 20088 / JCM 1222 / NCTC 11817 / S12 / 遺伝子: aroC, BLIJ_1653, Blon_1598 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B7GS97, chorismate synthase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.19 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Protein: 7.5 mg/ml, 0.5 M sodium chloride, 0.01 M Tris-HCl (PH 8.3). Screen: 0.2 M Sodium bromide, 0.1 M Bis-tris propane, 20% (w/v) Peg 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月16日 / 詳細: Beryllium lenses
放射	モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 26509 / Num. obs: 26509 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 1352 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2G85

2g85

解像度: 2.5→29.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 15.524 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.355 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25347	1312	5 %	RANDOM
R_work	0.19702	-	-	-
obs	0.19979	25009	97.6 %	-
all	-	25009	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.624 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3988	0	4	133	4125

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	4052
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2740
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.665	1.981	5477
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.938	3	6660
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.041	5	537
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.874	23.006	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.761	15	680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.864	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	653
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4547
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	800
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.285	87	-
R_work	0.278	1670	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	27.8905	-2.462	-8.6293	0.3544	1.0443	3.2834	0.4706	-0.5834	-0.3872	-0.0121	-0.149	-0.1438	-0.0606	-0.1548	-0.3216	0.2847	-0.0089	-0.0269	0.3538	0.1496	0.3792	20.5886	-23.3412	43.9542
2	0.6725	0.0348	0.2323	1.1206	0.7788	0.7977	0.0851	-0.0379	0.0432	-0.1757	-0.1013	0.0173	-0.209	-0.1423	0.0162	0.357	0.0388	0.0148	0.2271	0.0355	0.1973	17.3991	-15.3524	34.9294
3	15.8518	0.6914	3.8335	0.185	0.2095	0.9386	0.9971	2.3809	-4.5296	-0.4939	-0.0113	-0.2044	0.069	0.5134	-0.9858	1.8931	0.8885	-0.2263	0.7351	-0.6768	1.2955	16.9067	-33.1537	10.4856
4	5.147	0.5244	2.5093	0.8273	0.0266	2.154	0.4008	0.7064	0.3153	-0.4824	-0.2987	0.205	-0.1379	0.0589	-0.1021	0.77	0.4449	-0.0006	0.5097	0.068	0.1068	12.7433	-23.878	13.6636
5	0.5406	-0.0754	-0.8128	0.4999	0.0319	1.2924	0.2216	0.1044	0.0082	-0.2905	-0.1201	-0.0828	-0.2341	-0.1011	-0.1016	0.3535	0.0837	-0.0393	0.1874	-0.0035	0.2462	24.3845	-30.2153	25.2667
6	2.1626	-0.461	-1.0529	0.8965	-0.3211	0.8872	-0.008	-0.0546	0.0084	-0.076	0.0325	0.0184	0.0537	-0.0089	-0.0245	0.3361	0.0367	0.0188	0.2661	-0.002	0.2299	25.2275	-35.2127	29.9803
7	6.7244	-9.7772	9.1163	14.2725	-13.2616	12.3614	0.8655	0.8139	0.7691	-1.6146	-1.6169	-0.8758	1.5451	1.0911	0.7514	0.5333	-0.4062	0.158	1.3172	-0.5725	1.1368	30.5643	-37.5228	14.8677
8	0.4401	0.4659	-0.2348	1.512	0.2437	0.6003	0.1506	-0.0617	0.043	-0.2699	-0.1049	-0.1098	-0.127	-0.0239	-0.0457	0.3505	0.0012	0.072	0.2256	0.0177	0.247	29.3492	-23.2997	29.0402
9	1.7506	1.1966	-0.8037	1.2051	0.2026	2.0563	0.0955	-0.1614	-0.0506	-0.0332	0.0031	-0.0931	-0.1163	0.1005	-0.0986	0.3027	-0.0041	0.0293	0.2772	0.0365	0.2285	39.8021	-48.2056	46.4713
10	1.7902	0.6716	2.4503	0.8754	1.8541	6.2234	0.1072	0.1083	-0.5463	0.0215	0.1381	-0.2392	0.3547	0.5934	-0.2453	0.3354	0.0287	0.0149	0.2041	0.0426	0.3941	42.4245	-59.0033	40.652
11	0.893	-0.2454	0.546	0.5049	0.187	0.6092	0.034	-0.0674	-0.1107	-0.0354	0.0018	0.0225	0.0181	-0.0038	-0.0358	0.3063	-0.013	0.0313	0.2411	0.0356	0.2601	34.0523	-53.9561	41.6553
12	1.2058	-0.5606	-1.9787	0.546	1.1932	5.1548	0.1881	0.1029	-0.3831	-0.126	-0.1196	0.1119	-0.1064	-0.1077	-0.0685	0.3444	0.0352	-0.0844	0.1593	-0.0765	0.3941	26.9424	-60.3409	20.7102
13	0.6383	0.8812	0.1243	1.2853	0.1421	0.0665	-0.0142	-0.0511	-0.1161	-0.0998	0.0111	-0.0939	-0.0195	-0.105	0.0031	0.3438	0.0474	-0.013	0.2247	0.0012	0.2696	23.9806	-48.5251	32.1631
14	1.697	-0.2502	-0.1247	1.1029	-0.0236	0.0134	-0.041	-0.097	-0.0202	-0.1749	0.0437	0.0783	-0.0114	-0.0105	-0.0027	0.3001	0.0278	-0.0144	0.2432	-0.0162	0.271	20.8955	-43.0221	32.2201
15	1.9924	-0.2104	-0.9194	0.0245	0.1588	3.5869	-0.0063	-0.1569	-0.2485	-0.0109	0.0152	0.0363	-0.1027	0.1323	-0.0089	0.3134	0.0193	0.0344	0.2147	-0.0042	0.2761	29.3515	-48.5741	37.0064
16	14.6532	-1.0469	3.3813	3.8021	0.3593	0.9032	-0.1472	-0.9659	-0.5043	0.1187	0.3128	0.1131	-0.0153	-0.2721	-0.1655	0.1874	-0.0533	0.0804	0.4552	0.1785	0.1947	18.2297	-53.5454	56.1295

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	11 - 170
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	171 - 177
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	178 - 210
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	211 - 240
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	241 - 267
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	268 - 296
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	297 - 389
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1 - 28
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	29 - 64
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	65 - 171
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	172 - 211
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	212 - 238
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	239 - 315
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	316 - 372
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	373 - 389

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)