PDB-4ebp: BlaC E166A Cefotaxime Acyl-Intermediate Complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ebp

タイトル

BlaC E166A Cefotaxime Acyl-Intermediate Complex

要素

Beta-lactamase

キーワード

Hydrolase/Antibiotic / Ambler Class A beta-lactamase / beta-lactamase / serine hydrolase / esterase / Hydrolase-Antibiotic complex / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.29 Å

データ登録者

Mire, J.A. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Faropenem is Effective Against Mycobacterium tuberculosis in vitro and in vivo
著者: Mire, J.A. / Pai, P. / Siddiqi, N. / Russell, D.H. / Rubin, E.J. / Sacchettini, J.C.

履歴

登録	2012年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2018年9月19日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ebp.cif.gz	392.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ebp.ent.gz	323.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ebp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/4ebp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/4ebp	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4eblC 4ebnC 2gdnS 3vff 3vfh 4ebi PDB 未公開エントリ 4ebm PDB 未公開エントリ 4ebo PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6b5x-3 4qb8-d 6b6c-d 3cg5-d 6b5y-1 1ghm-d 4ebn-1 4df6-d 1ghp-d 3zhh-3 4rva-d 3vfh-4 4q8i-d 6h2c-1 3zhh-2 3vfh-2 6b5y-3 3g30-d 6b5x-4 5vpq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

C: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

115 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.5 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.820, 96.152, 107.088
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.34, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Penicillinase 分子量: 28214.689 Da / 分子数: 4 / 変異: E166A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: blaA, blaC, MT2128, MTCY49.07c, Rv2068c / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0C5C1, UniProt: P9WKD3*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-CEF / CEFOTAXIME, C3' cleaved, open, bound form 分子量: 397.429 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₅N₅O₅S₂ / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.35 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 120 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID

検出器

検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

反射

解像度: 2.29→50 Å / Num. all: 67577 / Num. obs: 67526 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 38.06 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
2.29-2.34	3.5	2	3352	1	99.5
2.34-2.38	3.5	2.5	3386	1	99.6
2.38-2.43	3.5	2.8	3355	1	99.5
2.43-2.48	3.5	3.1	3371	1	99.3
2.48-2.53	3.5	3.8	3411	1	99.4
2.53-2.59	3.6	4.1	3350	1	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2GDN

2gdn

解像度: 2.29→45.317 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.35 / σ(I): 2 / 位相誤差: 25.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2405	3416	5.06 %	random
R_work	0.2109	-	-	-
obs	0.2124	67526	97.65 %	-
all	-	67577	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 33.939 Å² / k_sol: 0.368 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.0321 Å²	-0 Å²	-6.922 Å²
2-	-	-8.9925 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.9604 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.29→45.317 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7730	0	97	121	7948

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7973
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.818	10903
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.935	2829
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1263
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1425

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.29-2.3225	0.2974	80	0.2909	1724	X-RAY DIFFRACTION	62
2.3225-2.3571	0.3446	138	0.2806	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3571-2.394	0.3263	151	0.2771	2725	X-RAY DIFFRACTION	99
2.394-2.4332	0.2947	147	0.2715	2698	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4332-2.4752	0.2918	129	0.2687	2729	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4752-2.5202	0.3382	123	0.2567	2710	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5202-2.5686	0.3026	158	0.2632	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5686-2.6211	0.33	149	0.2637	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6211-2.678	0.2919	139	0.2616	2684	X-RAY DIFFRACTION	99
2.678-2.7403	0.3144	165	0.2466	2682	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7403-2.8089	0.2747	147	0.2506	2678	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8089-2.8848	0.2438	152	0.2542	2701	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8848-2.9697	0.3232	139	0.2518	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9697-3.0655	0.2502	148	0.2409	2654	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0655-3.175	0.2143	137	0.2308	2729	X-RAY DIFFRACTION	99
3.175-3.3021	0.2361	146	0.2259	2706	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3021-3.4523	0.2426	149	0.2074	2740	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4523-3.6343	0.2323	142	0.1982	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6343-3.8619	0.2216	149	0.1876	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8619-4.1599	0.2137	144	0.1739	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1599-4.5781	0.1812	140	0.1615	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5781-5.2397	0.1979	149	0.1662	2735	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2397-6.5983	0.2448	143	0.2131	2751	X-RAY DIFFRACTION	99
6.5983-45.3262	0.2031	152	0.1823	2775	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6029	0.2481	-0.4321	0.4363	-0.312	1.0068	0.0019	0.3606	-0.1893	-0.4042	0.025	-0.1436	0.0923	0.071	0.0099	0.2508	-0.019	0.0224	0.3282	-0.0236	0.3769	28.472	1.4345	-5.5691
2	0.8046	0.0541	0.1805	0.7119	0.0906	0.4628	0.017	-0.1071	0.3054	-0.0446	0.0568	-0.1531	-0.3058	0.1094	0.0098	0.3003	-0.0247	-0.0073	0.3768	-0.063	0.3837	31.3091	19.8218	19.8261
3	0.2355	0.2302	0.1022	0.2511	-0.034	0.6748	0.0591	-0.0253	0.2524	-0.2327	0.0512	-0.0584	-0.2679	-0.2827	-0.0004	0.3066	-0.0174	0.0143	0.357	0.0255	0.4482	34.6755	20.6953	2.8772
4	1.2846	0.1061	-0.0404	1.1708	0.373	0.4539	0.0017	-0.0229	-0.0674	0.0095	0.0228	-0.0304	0.0124	-0.0216	0	0.2079	-0.0064	-0.001	0.2729	0.0201	0.3148	29.2944	3.6059	7.3205
5	0.1632	0.206	0.1361	1.1332	-0.124	1.0845	0.0001	0.0225	0.1547	0.2105	0.0124	0.0114	-0.1681	-0.0292	0.0077	0.2675	0.026	0.0174	0.2635	-0.0082	0.2748	7.6043	7.9789	27.5481
6	0.5682	-0.5343	0.6023	0.7789	-0.7526	0.7571	-0.0861	0.0039	-0.1129	0.0423	0.1837	0.105	-0.0613	-0.1521	-0	0.2767	0.0183	0.069	0.2912	0.0103	0.2877	-0.7948	8.8171	31.063
7	0.5015	-0.2088	-0.0164	0.5412	-0.4255	0.4096	0.0938	-0.0502	-0.0682	0.2235	-0.0397	-0.017	-0.0019	0.0184	0	0.3798	0.002	-0.0281	0.2889	-0.0066	0.2856	12.0938	-1.8048	34.6276
8	0.2705	-0.0831	-0.0357	0.5355	0.5377	0.5434	-0.2224	0.3298	0.0495	-0.3305	0.1685	-0.2019	-0.2423	0.155	-0.0103	0.2467	0.015	0.0038	0.3132	0.0294	0.3503	26.5145	-21.286	-2.8919
9	0.6753	-0.6108	0.2827	1.9993	-0.1175	0.5465	-0.0136	-0.164	-0.2908	0.3783	0.0291	0.3117	0.158	-0.1572	0.5881	0.3957	-0.0861	0.0488	0.381	0.0033	0.3762	8.3564	-34.9646	14.6935
10	0.1097	0.1447	0.0366	0.1897	0.0478	0.011	0.1876	0.225	-0.2918	0.1865	-0.0622	-0.3055	0.5863	0.1162	-0	0.4334	-0.0033	-0.0814	0.3309	-0.0241	0.474	11.7507	-41.0534	1.7104
11	0.5568	0.4337	-0.1139	1.3531	0.1603	1.2216	-0.0129	0.0424	0.1481	0.0387	-0.0224	-0.0065	0.073	-0.027	-0	0.1414	-0.0049	0.0146	0.249	-0.0205	0.2519	15.777	-23.1179	6.3722
12	0.4818	0.014	-0.1148	0.4201	-0.4595	0.5216	-0.0219	-0.1359	0.068	0.5547	0.1236	0.1949	-0.2707	-0.1482	-0	0.5219	-0.0071	-0.0242	0.3414	0.0229	0.3478	12.3965	-24.7632	50.1122
13	0.9643	-0.0047	-0.3526	0.5019	0.1026	0.1474	0.0502	0.1259	-0.1846	0.0492	0.0266	0.0245	0.1303	0.1389	0.214	0.6052	0.0701	-0.0533	0.3857	-0.0475	0.3022	28.9012	-42.8266	30.5526
14	0.5736	-0.5042	-0.1877	0.4896	0.2809	0.3933	-0.003	0.0825	0.0409	0.1486	0.0647	0.0635	0.1454	-0.1151	0.0005	0.5206	0.0168	-0.0734	0.287	0.0045	0.2474	26.4907	-37.2471	44.1406
15	0.4048	-0.3739	-0.0389	0.3781	-0.0908	0.4558	-0.0041	0.0686	0.0143	-0.1901	0.0653	0.2968	0.2184	-0.1244	0	0.4561	-0.0242	-0.051	0.2995	0.0136	0.3088	15.606	-25.722	38.925

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 29:68)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 69:144)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 145:179)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 180:293)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 29:144)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 145:212)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 213:293)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN C AND (RESSEQ 29:57)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN C AND (RESSEQ 58:144)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN C AND (RESSEQ 145:179)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND (RESSEQ 180:293)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN D AND (RESSEQ 29:68)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN D AND (RESSEQ 69:144)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN D AND (RESSEQ 145:212)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN D AND (RESSEQ 213:293)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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