PDB-4ebk: Crystal structure of aminoglycoside 4'-O-adenylyltransferase ANT(...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ebk

タイトル

Crystal structure of aminoglycoside 4'-O-adenylyltransferase ANT(4')-IIb, tobramycin-bound

要素

Aminoglycoside nucleotidyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / structural genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Alpha/beta protein / Nucleotidyltransferase (NT) domain / antibiotic resistance / aminoglycoside 4'-O-adenylyltransferase / aminoglycoside antibiotics / tobramycin / amikacin / intracellular

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotidyltransferase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Dong, A. / Minasov, G. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Yim, V. / Kudritska, M. / Courvalin, P. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of aminoglycoside 4'-O-adenylyltransferase ANT(4')-IIb, tobramycin-bound
著者: Stogios, P.J. / Dong, A. / Minasov, G. / Evdokimova, E. / Egorova, O. / Yim, V. / Kudritska, M. / Courvalin, P. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2012年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ebk.cif.gz	233.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ebk.ent.gz	187.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ebk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ebk_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ebk_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4ebk_validation.xml.gz	27.7 KB	表示
CIF形式データ	4ebk_validation.cif.gz	40 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/4ebk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eb/4ebk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ebjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1zhb-3 5dlf-d 3jqp-3 4dl7-d 2bck-1 6pdz-d 5fh1-d 1xpm-2 4ed8-d 1t7o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP91783

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (2) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #106 - 2008年10月ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Aminoglycoside nucleotidyltransferase

B: Aminoglycoside nucleotidyltransferase

ヘテロ分子

64.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.906, 84.451, 98.762
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Aminoglycoside nucleotidyltransferase 分子量: 30824.584 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 2-251 / 変異: M1V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: BM4530 / 遺伝子: ant(4')-IIb / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83V96, UniProt: D0E7M2*PLUS

#1: タンパク質

Aminoglycoside nucleotidyltransferase

分子量: 30824.584 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 2-251 / 変異: M1V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: BM4530 / 遺伝子: ant(4')-IIb / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83V96, UniProt: D0E7M2*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 508分子

#2: 化合物	ChemComp-TOY / TOBRAMYCIN / 4-AMINO-2-[4,6-DIAMINO-3-(3-AMINO-6-AMINOMETHYL-5-HYDROXY-TETRAHYDRO-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDROXY-CYCLOHEXYLOXY]-6-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-PYRAN-3,5-DIOL / トブラマイシン分子量: 467.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₃₇N₅O₉ / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE CORRECT SEQUENCE DOES NOT CONTAIN ANY APPARENT CONFLICT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M sodium iodide, 20% PEG 3350, 10 mM tobramycin, 5 mM ATP, cryoprotectant: 25% ethylene glycol, 2 mM CaCl2, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月22日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→24 Å / Num. all: 37998 / Num. obs: 37909 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.6 % / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 16.45
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / R_sym value: 0.208 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
PHENIX	(phenix.phaser)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4EBJ

4ebj

解像度: 2.15→23.893 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.65 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2213	2005	5.29 %
R_work	0.1715	-	-
obs	0.1741	37909	99.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 79.38 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.9011 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-4.2645 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.1656 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→23.893 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4048	0	101	475	4624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4314
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.142	5911
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.155	1623
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	684
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	761

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1464-2.1735	0.3501	130	0.2551	2225	X-RAY DIFFRACTION	87
2.1735-2.2021	0.2636	152	0.2094	2524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2021-2.2323	0.263	130	0.2045	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2323-2.2641	0.2517	145	0.1868	2515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2641-2.2979	0.2873	148	0.2111	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2979-2.3338	0.2756	130	0.1805	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3338-2.372	0.2163	140	0.1901	2488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.372-2.4129	0.2869	136	0.1918	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4129-2.4567	0.3314	141	0.1754	2518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4567-2.5039	0.2558	147	0.1818	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5039-2.5549	0.2476	142	0.1627	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5549-2.6104	0.2275	155	0.1615	2515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6104-2.6711	0.2283	131	0.1532	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6711-2.7378	0.1807	141	0.1573	2527	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7378-2.8117	0.2259	144	0.1478	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8117-2.8943	0.2268	137	0.1713	2525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8943-2.9876	0.2551	136	0.1579	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9876-3.0941	0.2452	146	0.1779	2510	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0941-3.2177	0.2083	152	0.165	2513	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2177-3.3638	0.213	132	0.1707	2555	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3638-3.5406	0.2164	148	0.1847	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5406-3.7616	0.214	137	0.172	2524	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7616-4.0508	0.2091	143	0.1503	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0508-4.456	0.1633	143	0.1461	2522	X-RAY DIFFRACTION	100
4.456-5.0954	0.1622	145	0.1315	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0954-6.3992	0.1896	138	0.1916	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3992-23.8948	0.2742	136	0.2101	2538	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2037	0.9087	0.034	2.69	0.4161	4.1225	0.0005	0.1078	0.139	-0.2489	0.0038	-0.063	-0.4668	0.053	-0.0244	0.2232	0.0075	0.0036	0.153	0.0633	0.1492	10.2676	-7.1508	-24.1172
2	0.6711	0.1566	0.0564	1.3985	-0.5074	0.8371	-0.0144	-0.0123	-0.1198	-0.1624	0.0348	-0.0088	0.1076	-0.0646	-0.0104	0.172	0.0024	-0.0067	0.1748	-0.0107	0.189	0.8832	-33.0508	-11.0279
3	2.75	-0.8209	0.3043	3.0125	0.9848	0.4534	0.0455	-0.0746	-0.9141	0.2038	0.1717	-0.4872	0.2428	0.2267	-0.0799	0.2867	0.0784	-0.077	0.2252	-0.0257	0.6194	17.2248	-50.9602	-1.7859
4	1.3577	0.2591	0.2575	1.227	-0.2238	0.7347	-0.0048	0.0019	-0.1306	0.0455	-0.0291	-0.1627	-0.0613	0.0848	0.0367	0.1444	-0.0051	-0.0045	0.2082	-0.0106	0.1388	16.6561	-20.584	-2.6691

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resi -5:72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and resi 73:251
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B and resi -6:72
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B and resi 73:251

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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