PDB-4ean: 1.75A resolution structure of indole bound beta-glycosidase (W33G...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ean

タイトル

1.75A resolution structure of indole bound beta-glycosidase (W33G) from sulfolobus solfataricus

要素

Beta-galactosidase

キーワード

HYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / Chemical biology / allosteric activation / switchable enzyme / chemical rescue

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-galactosidase / beta-galactosidase activity / beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus P2 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Lovell, S. / Battaile, K.P. / Deckert, K. / Brunner, L.C. / Budiardjo, S.J. / Karanicolas, J.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Designing allosteric control into enzymes by chemical rescue of structure.
著者: Deckert, K. / Budiardjo, S.J. / Brunner, L.C. / Lovell, S. / Karanicolas, J.

履歴

登録	2012年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年11月21日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ean.cif.gz	410.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ean.ent.gz	337.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ean.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4ean_validation.pdf.gz	464 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ean_full_validation.pdf.gz	467.2 KB	表示
XML形式データ	4ean_validation.xml.gz	40.2 KB	表示
CIF形式データ	4ean_validation.cif.gz	59.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/4ean ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/4ean	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4eamC 2ceqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ceq-1 4eam-1 4eam-2 2cer-2 6zcw-d 2zyr-2 4ha4-d 2cer-1 3wq8-7 4dwr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-galactosidase

B: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

A: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

B: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

B: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
114 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.544, 167.544, 95.232
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-824- HOH
2	1	B-795- HOH

#1: タンパク質	Beta-galactosidase / Lactase 分子量: 56630.230 Da / 分子数: 2 / 変異: W33G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus P2 (古細菌) 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: lacS, SSO3019 / プラスミド: pET29 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P22498, beta-galactosidase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-IND / INDOLE / インド-ル分子量: 117.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₇N
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 615 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 45% MPD, 100 mM Bis-Tris, 200 mM Calcium Chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 153873 / Num. obs: 153873 / % possible obs: 99.76 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.69 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 14.3765

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
1.75-1.84	6.91	0.65	154280	22341	1	99.95
1.84-1.96	6.7	0.42	141704	21165	1	99.88
1.96-2.09	6.93	0.25	138284	19960	1	99.99
2.09-2.26	6.86	0.16	127475	18580	1	99.96
2.26-2.47	6.49	0.12	110809	17072	1	99.73
2.47-2.77	6.8	0.08	105286	15492	1	99.92
2.77-3.2	6.68	0.06	91503	13703	1	99.82
3.2-3.91	6.04	0.05	69388	11493	1	98.89
3.91-5.53	6.58	0.04	59762	9079	1	99.96
5.53-50	6.17	0.03	30787	4988	1	97.61

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	45.24 Å
Translation	2.5 Å	45.24 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	CCP4_3.3.20	データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
PHENIX	dev_1011	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
JDirector		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2CEQ

2ceq

解像度: 1.75→33.932 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.13 / 位相誤差: 20.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1914	7697	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1739	-	-	-
obs	0.1748	153499	99.49 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.985 Å² / k_sol: 0.343 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.96 Å² / B_iso mean: 24.9709 Å² / B_iso min: 10.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.3802 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.3802 Å²	0 Å²
3-	-	-	8.7605 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→33.932 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7858	0	40	615	8513

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	8297
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.211	11338
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	1145
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1474
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.444	2993

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.75-1.7699	0.2952	248	0.2787	4823	5071	100
1.7699-1.7907	0.2943	244	0.2768	4826	5070	100
1.7907-1.8126	0.3399	249	0.2756	4851	5100	100
1.8126-1.8355	0.3008	248	0.2643	4943	5191	100
1.8355-1.8597	0.2794	237	0.2687	4801	5038	100
1.8597-1.8851	0.2815	251	0.2534	4850	5101	99
1.8851-1.9121	0.2374	264	0.2095	4810	5074	100
1.9121-1.9406	0.2402	264	0.21	4821	5085	100
1.9406-1.9709	0.2461	278	0.2189	4878	5156	100
1.9709-2.0032	0.2103	262	0.1655	4789	5051	100
2.0032-2.0378	0.173	257	0.1497	4857	5114	100
2.0378-2.0748	0.1787	237	0.1483	4910	5147	100
2.0748-2.1147	0.1801	311	0.1512	4803	5114	100
2.1147-2.1579	0.1936	248	0.1502	4832	5080	100
2.1579-2.2048	0.1944	249	0.1547	4910	5159	100
2.2048-2.2561	0.1987	248	0.1602	4811	5059	100
2.2561-2.3125	0.205	286	0.1759	4838	5124	100
2.3125-2.375	0.219	256	0.1934	4818	5074	99
2.375-2.4449	0.209	236	0.164	4884	5120	100
2.4449-2.5237	0.1826	250	0.1576	4845	5095	100
2.5237-2.6139	0.1519	239	0.1366	4903	5142	100
2.6139-2.7185	0.1627	260	0.1349	4913	5173	100
2.7185-2.8422	0.1567	258	0.1464	4801	5059	99
2.8422-2.992	0.1926	240	0.1553	4932	5172	100
2.992-3.1793	0.1697	260	0.1673	4865	5125	99
3.1793-3.4245	0.1921	246	0.1951	4829	5075	98
3.4245-3.7688	0.1926	267	0.1658	4826	5093	98
3.7688-4.3132	0.1319	261	0.136	4931	5192	100
4.3132-5.4305	0.1534	279	0.1543	4937	5216	100
5.4305-33.9379	0.2378	264	0.2333	4965	5229	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4749	-0.0183	0.1327	0.6236	-0.0141	0.5781	-0.0478	0.0487	0.348	-0.041	-0.0136	0.0456	-0.1722	-0.0788	0.0457	0.1818	0.0498	-0.0418	0.1495	0.0079	0.2668	25.1708	104.8604	-5.3984
2	0.8785	0.1185	0.1411	0.5746	0.0103	0.4401	-0.0301	0.1452	0.2488	-0.0752	-0.0032	0.0639	-0.0604	-0.0342	0.0237	0.1766	0.0398	-0.041	0.1851	0.046	0.1843	19.1416	97.3941	-17.1052
3	0.7758	-0.1751	0.3399	0.6302	-0.2204	0.5659	0.0007	0.1401	0.1297	-0.0849	-0.0091	0.0005	0.0151	0.0073	-0.0093	0.1458	0.0123	0.0026	0.1727	0.0297	0.1455	36.0178	88.3936	-13.9885
4	0.8447	-0.0936	0.0903	0.6752	-0.0556	0.3208	0.0808	-0.0227	-0.1908	-0.038	0.0039	0.0741	0.0635	-0.0414	-0.0837	0.1743	0.0271	-0.034	0.1453	0.0178	0.1573	45.2748	33.8176	8.5898
5	0.0498	0.0745	-0.0499	0.7903	-0.1409	0.9645	0.0348	0.0642	-0.1706	-0.0665	-0.0456	-0.1335	0.2552	0.24	0.0114	0.2618	0.0841	-0.0383	0.227	-0.0086	0.2636	59.2557	22.1778	3.1296
6	0.6409	-0.1503	0.08	0.3205	-0.08	0.4579	0.0981	0.018	-0.1756	0.0204	-0.0091	0.1176	0.1001	-0.0647	-0.0755	0.255	0.0327	-0.0705	0.1778	0.0173	0.2633	51.2917	19.5219	7.2761
7	0.3699	0.272	0.075	1.0286	-0.0115	0.3906	0.0935	0.0488	-0.1464	-0.0965	-0.0591	-0.0583	0.1224	0.0782	-0.0339	0.1899	0.0742	-0.0292	0.1544	-0.0087	0.1601	62.1084	29.2999	0.4463
8	0.8957	-0.335	-0.0089	1.2653	-0.0593	0.4919	0.1758	0.2645	0.0362	-0.3045	-0.013	-0.1675	0.0711	0.1252	-0.1253	0.2802	0.0775	0.0162	0.249	-0.0328	0.1718	57.0522	33.9201	-15.7094
9	0.9261	-0.4421	-0.0029	0.9612	0.1113	0.4278	0.0976	0.1097	-0.0005	-0.1184	-0.0553	-0.0485	0.0332	0.043	-0.0402	0.1641	0.0327	-0.0291	0.1531	0.0098	0.1161	43.7113	42.8538	-8.368
10	0.8071	-0.2052	0.3084	0.7635	-0.175	0.6811	0.0189	-0.0061	-0.076	-0.0856	0.0147	0.082	0.0061	-0.0818	-0.0322	0.1457	0.0174	-0.0435	0.1784	0.0144	0.1746	29.5737	42.2346	-1.3165

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:159 )	A	1 - 159
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 160:285 )	A	160 - 285
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 286:489 )	A	286 - 489
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 1:72 )	B	1 - 72
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 73:111 )	B	73 - 111
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 112:159 )	B	112 - 159
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 160:253 )	B	160 - 253
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 254:321 )	B	254 - 321
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 322:446 )	B	322 - 446
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 447:489 )	B	447 - 489

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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