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- PDB-4e8g: Crystal structure of an enolase (mandelate racemase subgroup) fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e8g
タイトルCrystal structure of an enolase (mandelate racemase subgroup) from paracococus denitrificans pd1222 (target nysgrc-012907) with bound mg
要素Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
キーワードISOMERASE / Putative Racemase / NYSGRC / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxyproline betaine 2-epimerase / amino-acid betaine catabolic process / racemase activity, acting on amino acids and derivatives / racemase and epimerase activity, acting on amino acids and derivatives / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
4R-hydroxyproline betaine 2-epimerase / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain ...4R-hydroxyproline betaine 2-epimerase / Mandelate racemase DgoD-like / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / 4-hydroxyproline betaine 2-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Chamala, S. / Kar, A. / Lafleur, J. / Villigas, G. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Wasserman, S.R. / Morisco, L.L. / Sojitra, S. / Chamala, S. / Kar, A. / Lafleur, J. / Villigas, G. / Evans, B. / Hammonds, J. / Gizzi, A. / Zencheck, W.D. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Bonanno, J.B. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: MBio / 年: 2014
タイトル: Prediction and biochemical demonstration of a catabolic pathway for the osmoprotectant proline betaine.
著者: Kumar, R. / Zhao, S. / Vetting, M.W. / Wood, B.M. / Sakai, A. / Cho, K. / Solbiati, J. / Almo, S.C. / Sweedler, J.V. / Jacobson, M.P. / Gerlt, J.A. / Cronan, J.E.
履歴
登録2012年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,6996
ポリマ－84,6262
非ポリマー734
水8,575476
1
A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
ヘテロ分子

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
ヘテロ分子

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
ヘテロ分子

A: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
B: Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)338,79524
ポリマ－338,5048
非ポリマー29216
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area31980 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area81040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.963, 117.963, 111.154
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
詳細biological unit is an octamer

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要素

#1: タンパク質 Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain protein / ENOLASE


分子量: 42312.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (バクテリア)
株: PD1222 / 遺伝子: Pden_1187 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A1B198
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.16 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM MgCl); Reservoir (0.1 M Magnesium Chloride 0.1 M MES:NaOH pH 6.5 30% (v/v) PEG 400); Cryoprotection (Reservoir), sitting drop ...詳細: Protein (10 mM Hepes, pH 7.8, 150 mM NaCl, 10% glycerol, 5 mM MgCl); Reservoir (0.1 M Magnesium Chloride 0.1 M MES:NaOH pH 6.5 30% (v/v) PEG 400); Cryoprotection (Reservoir), sitting drop vapor diffuction, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→117.963 Å / Num. all: 53519 / Num. obs: 53519 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.1113.30.7071.110188876880.707100
2.11-2.24140.4861.510157672720.486100
2.24-2.3914.40.3132.49907868760.313100
2.39-2.5814.60.233.29357764120.23100
2.58-2.8314.60.164.68655959100.16100
2.83-3.1614.50.1126.67825953800.112100
3.16-3.6514.30.088.96831047800.08100
3.65-4.4713.90.06110.95686540930.061100
4.47-6.3213.80.055124438932170.055100
6.32-117.96312.60.0513.72383218910.0599.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.7.3_928精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2PMQ

2pmq


解像度: 2→55.577 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.8672 / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.34 / σ(I): 0 / 位相誤差: 19.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 2713 5.07 %RANDOM
Rwork0.1627 ---
all0.1647 53463 --
obs0.1647 53463 99.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / Bsol: 41.365 Å2 / ksol: 0.352 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 110.01 Å2 / Biso mean: 28.5934 Å2 / Biso min: 9.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9847 Å2-0 Å20 Å2
2---1.9847 Å20 Å2
3---3.9693 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→55.577 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5413 0 8 476 5897
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085593
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0837626
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067839
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051011
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3072068
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.03640.26371420.214826082750100
2.0364-2.07560.25861310.188126412772100
2.0756-2.11790.20641460.17626192765100
2.1179-2.1640.261170.177426492766100
2.164-2.21430.2531560.171126232779100
2.2143-2.26970.26061480.166626452793100
2.2697-2.33110.22571370.162726532790100
2.3311-2.39970.21351600.157826062766100
2.3997-2.47710.27091330.169226432776100
2.4771-2.56560.22791490.166126672816100
2.5656-2.66840.21521560.155726212777100
2.6684-2.78980.22141330.164226692802100
2.7898-2.93690.20461400.163626742814100
2.9369-3.12090.19381340.168526812815100
3.1209-3.36180.20381470.165526732820100
3.3618-3.70010.20551200.155827432863100
3.7001-4.23530.15081350.140227062841100
4.2353-5.33540.15321710.143527382909100
5.3354-55.59840.19341580.18022891304999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.13530.6074-0.26411.86541.27451.21140.07710.03270.2384-0.09140.1344-0.4427-0.3210.0172-0.06530.08650.0161-0.01730.1362-0.02510.213841.61855.561920.6817
21.0623-0.44590.10681.6509-0.32751.05190.08580.09410.0903-0.0493-0.0058-0.1178-0.10360.0406-0.08290.102-0.00340.01120.1207-0.00970.119319.079460.39552.642
30.7426-0.2260.25050.94310.40381.06170.05210.07670.0821-0.08380.0389-0.3052-0.07840.1544-0.06710.09580.01370.03280.1209-0.01380.202436.206650.553611.7829
40.84290.4250.61592.29030.0561.56720.062-0.0816-0.1484-0.0341-0.00330.00370.1283-0.1824-0.05040.16370.0176-0.03320.1703-0.00130.196226.023125.273126.3137
51.6175-0.0718-0.02850.961-0.02560.97830.0414-0.1366-0.1890.09530.04330.04110.0368-0.084-0.07650.1365-0.0008-0.01890.14810.03380.08048.718442.054146.391
60.5072-0.20540.16540.90120.1170.9076-0.0118-0.0888-0.13760.13580.0384-0.1040.11170.0097-0.03980.18890.0222-0.05520.1870.03780.180226.164331.880637.5538
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resseq 1:130)B1 - 130
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resseq 131:261)B131 - 261
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resseq 262:369)B262 - 369
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resseq 1:130)A1 - 130
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resseq 131:261)A131 - 261
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resseq 262:369)A262 - 369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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