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万見
- PDB-4e6b: Crystal Structure of statistically disordered 19mer duplex p(CGG)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e6b
タイトルCrystal Structure of statistically disordered 19mer duplex p(CGG)3C(CUG)3
要素(5'-R(P*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*G)-3') x 2
キーワードRNA / siRNA / trinucleotide repeat expansion
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Malinina, L. / Popov, A. / Tamjar, J.
引用ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2012
タイトル: Structural dynamics of double-helical RNAs composed of CUG/CUG- and CUG/CGG-repeats.
著者: Tamjar, J. / Katorcha, E. / Popov, A. / Malinina, L.
履歴
登録2012年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月29日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(P*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*G)-3'
B: 5'-R(P*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*G)-3'
F: 5'-R(P*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*G)-3'
E: 5'-R(P*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,0234
ポリマ－5,0234
非ポリマー00
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.779, 39.779, 34.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

HOH

21A-102-

HOH

31A-106-

HOH

41B-102-

HOH

51B-103-

HOH

61B-104-

HOH

詳細THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A 19-MER RNA DUPLEX. DUE TO STATISTICAL DISORDER WITHIN THE CRYSTAL, REMARK 350 REPRESENTS THE ASYMMETRIC UNIT.

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(P*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*G)-3'


分子量: 1255.818 Da / 分子数: 2 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: p(CGG)3C(CUG)3
#2: RNA鎖 5'-R(P*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*UP*GP*CP*UP*G)-3'


分子量: 1255.818 Da / 分子数: 2 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: p(CGG)3C(CUG)3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細IN THE CRYSTAL, RNA 19-MER P(CGG)3C(CUG)3 PACKS IN A PSEUDO-CONTINUOUS DOUBLE HELIX WITH A 4-BASE ...IN THE CRYSTAL, RNA 19-MER P(CGG)3C(CUG)3 PACKS IN A PSEUDO-CONTINUOUS DOUBLE HELIX WITH A 4-BASE ASYMMETRIC UNIT. TO BEST REPRESENT THE ARRANGEMENT OF THE BASES, THE RNA HAS BEEN MODELED AS TWO OVERLAPPING (WITH THE APPLICATION OF CRYSTAL SYMMETRY) SELF-COMPLEMENTARY TETRAMER DUPLEXES WITH OCCUPANCY 0.5.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.86 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 1.9 mM ammonium sulfate, 5% isopropanol, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9724 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月25日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→30 Å / Num. obs: 3488 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.259 / Net I/σ(I): 24.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.47-1.52.10.1691691.176197.1
1.5-1.522.20.1441791.0171100
1.52-1.552.30.1251710.8371100
1.55-1.582.20.0871760.9031100
1.58-1.622.20.091721.1921100
1.62-1.662.20.071770.933198.9
1.66-1.72.30.0641710.969198.8
1.7-1.742.20.0451680.903197.1
1.74-1.792.30.0481701.0011100
1.79-1.852.20.0431850.8151100
1.85-1.922.30.0321780.728199.4
1.92-1.992.10.0281740.829199.4
1.99-2.092.30.0291640.994199.4
2.09-2.22.30.0291840.7421100
2.2-2.332.30.0261800.8781100
2.33-2.512.30.0421761.5771100
2.51-2.772.20.041672.381199.4
2.77-3.176.10.0711751.941198.3
3.17-3.9912.50.0531741.335199.4
3.99-3011.80.0451781.2681100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.47→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / WRfactor Rfree: 0.2611 / WRfactor Rwork: 0.2469 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.16 / FOM work R set: 0.7923 / SU R Cruickshank DPI: 0.134 / SU Rfree: 0.1082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2194 152 4.4 %RANDOM
Rwork0.2043 ---
obs0.2048 3481 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 64.28 Å2 / Biso mean: 31.9728 Å2 / Biso min: 23.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20.01 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.47→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 344 0 18 362
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.021382
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.02128
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8593592
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6733336
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.280
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.0232
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.060.214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1920.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2390.2137
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0590.282
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0310.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1150.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.5280.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0050.21
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3293382
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9034.5592
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.508 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 13 -
Rwork0.258 247 -
all-260 -
obs--98.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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