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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4e6b | ||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of statistically disordered 19mer duplex p(CGG)3C(CUG)3 | ||||||||||||||||||
![]() | (5'-R(P*![]() RNA / siRNA / trinucleotide repeat expansion | 機能・相同性 | RNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Malinina, L. / Popov, A. / Tamjar, J. | ![]() ![]() タイトル: Structural dynamics of double-helical RNAs composed of CUG/CUG- and CUG/CGG-repeats. 著者: Tamjar, J. / Katorcha, E. / Popov, A. / Malinina, L. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 17.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 12 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 398.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 398.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS A 19-MER RNA DUPLEX. DUE TO STATISTICAL DISORDER WITHIN THE CRYSTAL, REMARK 350 REPRESENTS THE ASYMMETRIC UNIT. |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 1255.818 Da / 分子数: 2 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: p(CGG)3C(CUG)3 #2: RNA鎖 | 分子量: 1255.818 Da / 分子数: 2 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: p(CGG)3C(CUG)3 #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | IN THE CRYSTAL, RNA 19-MER P(CGG)3C(CUG)3 PACKS IN A PSEUDO-CONTINUOUS DOUBLE HELIX WITH A 4-BASE ...IN THE CRYSTAL, RNA 19-MER P(CGG)3C(CUG)3 PACKS IN A PSEUDO-CONTINUOUS | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.86 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 1.9 mM ammonium sulfate, 5% isopropanol, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月25日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9724 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.47→30 Å / Num. obs: 3488 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.259 / Net I/σ(I): 24.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 64.28 Å2 / Biso mean: 31.9728 Å2 / Biso min: 23.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.47→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.47→1.508 Å / Total num. of bins used: 20
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