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- PDB-4e5h: Crystal structure of avian influenza virus PAn bound to compound 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e5h
タイトルCrystal structure of avian influenza virus PAn bound to compound 3
要素Polymerase protein PA
キーワードVIRAL PROTEIN / TRANSCRIPTION / endonuclease domain / H5N1 subtype
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Restriction Endonuclease / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0N8 / : / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.158 Å
データ登録者DuBois, R.M. / Slavish, P.J. / Webb, T.R. / White, S.W.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Structural and Biochemical Basis for Development of Influenza Virus Inhibitors Targeting the PA Endonuclease.
著者: Dubois, R.M. / Slavish, P.J. / Baughman, B.M. / Yun, M.K. / Bao, J. / Webby, R.J. / Webb, T.R. / White, S.W.
履歴
登録2012年3月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月22日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase protein PA
B: Polymerase protein PA
C: Polymerase protein PA
D: Polymerase protein PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,28621
ポリマ－87,6644
非ポリマー1,62217
水90150
1
A: Polymerase protein PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2185
ポリマ－21,9161
非ポリマー3024
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Polymerase protein PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2185
ポリマ－21,9161
非ポリマー3024
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Polymerase protein PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2185
ポリマ－21,9161
非ポリマー3024
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Polymerase protein PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6326
ポリマ－21,9161
非ポリマー7165
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.101, 134.825, 125.905
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Polymerase protein PA / polymerase acidic protein


分子量: 21915.959 Da / 分子数: 4 / 断片: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Viet Nam/1203/2004 / 遺伝子: PA / プラスミド: pET52b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5EP34
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-0N8 / (2Z)-4-[1-benzyl-4-(4-chlorobenzyl)piperidin-4-yl]-2-hydroxy-4-oxobut-2-enoic acid / (2Z)-2-ヒドロキシ-4-オキソ-4-[4-(4-クロロベンジル)-1-ベンジルピペリジン-4-イル]-2-ブテン酸


分子量: 413.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H24ClNO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PROTEIN COMPRISES UNP RESIDUES 1-50 AND 73-196 SEPARATED BY A GLY-GLY-SER LINKER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 2% PEG1500, 1 mM manganese chloride, 0.1 M Tris-Cl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月18日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.158→46.048 Å / Num. all: 57783 / Num. obs: 57667 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 56.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Χ2: 1.087 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.158-2.237.40.51157351.0151100
2.23-2.328.70.42856971.067199.9
2.32-2.429.20.30157411.1211100
2.42-2.559.30.21257211.1751100
2.55-2.719.30.15857071.2021100
2.71-2.929.40.11857551.0981100
2.92-3.219.40.08857541.1241100
3.21-3.689.40.06457841.0361100
3.68-4.639.30.05558171.101199.7
4.63-46.0488.90.04359560.914198.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4E5E

4e5e


解像度: 2.158→46.048 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / WRfactor Rfree: 0.3152 / WRfactor Rwork: 0.2746 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7685 / SU B: 0.002 / SU ML: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.2463 / SU Rfree: 0.2086 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.213 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ELECTRON DENSITY AT THE ACTIVE SITES OF CHAINS A, B, AND C SUGGESTS THE PRESENCE OF LIGAND 0N8 (COMPOUND 3), BUT IS INSUFFICIENT TO MODEL THE LIGAND.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2896 2925 5.1 %RANDOM
Rwork0.2562 54709 --
obs0.258 57634 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 121.34 Å2 / Biso mean: 47.7666 Å2 / Biso min: 27.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å2-0 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3---0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.158→46.048 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5949 0 77 50 6076
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0226231
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1841.978373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0585717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.22923.333318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.679151136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8271556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024716
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7891.53601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.53125815
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.03332630
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3674.52558
LS精密化 シェル解像度: 2.158→2.213 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 215 -
Rwork0.285 3827 -
all-4042 -
obs--95.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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