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- PDB-4e4r: EutD phosphotransacetylase from Staphylococcus aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e4r
タイトルEutD phosphotransacetylase from Staphylococcus aureus
要素Phosphate acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / eutD / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate acetyltransferase activity / phosphate acetyltransferase / acetyl-CoA biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Isocitrate/Isopropylmalate dehydrogenase-like / Rossmann fold - #10950 / Phosphate acetyltransferase / Phosphate acetyl/butyryltransferase / Phosphate acetyltransferase, domain 2 / Phosphate acetyltransferase, domain 1 / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Phosphate acetyl/butaryl transferase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphate acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Zhou, M. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: EutD phosphotransacetylase from Staphylococcus aureus.
著者: Osipiuk, J. / Zhou, M. / Peterson, S. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphate acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,09310
ポリマ－35,5541
非ポリマー5399
水5,711317
1
A: Phosphate acetyltransferase
ヘテロ分子

A: Phosphate acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,18620
ポリマ－71,1092
非ポリマー1,07818
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area5870 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area27050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.595, 54.595, 202.895
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-601-

HOH

21A-602-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Phosphate acetyltransferase / Phosphotransacetylase


分子量: 35554.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MRSA252 / 遺伝子: eutD, pta, SAR0594 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6GJ80, phosphate acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.15 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES buffer, 25% PEG-3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月7日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→42.5 Å / Num. all: 56944 / Num. obs: 56944 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 16.1 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 2.216 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.44-1.464.20.522.0126950.86598.1
1.46-1.495.20.46327920.89999.5
1.49-1.526.40.45127990.949100
1.52-1.557.90.427780.989100
1.55-1.589.90.36428011.028100
1.58-1.6211.70.32127921.123100
1.62-1.6613.30.28128071.166100
1.66-1.7113.50.24128321.244100
1.71-1.7613.50.19728061.413100
1.76-1.8113.50.17328061.649100
1.81-1.8813.50.14528531.853100
1.88-1.9513.40.12228012.177100
1.95-2.0413.40.10528352.454100
2.04-2.1518.90.11228452.517100
2.15-2.2927.50.11328622.521100
2.29-2.4627.60.10228672.702100
2.46-2.7127.50.09628792.731100
2.71-3.127.30.08729202.664100
3.1-3.9126.80.0729822.653100
3.91-5024.40.06331923.20499.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
ARP/wARPモデル構築
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.44→42.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 2.116 / SU ML: 0.037 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1801 2875 5.1 %RANDOM
Rwork0.1278 ---
all0.1305 56826 --
obs0.1305 56826 99.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.05 Å2 / Biso mean: 24.6559 Å2 / Biso min: 11.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20 Å20 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→42.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2470 0 31 317 2818
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022716
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021842
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8961.9913700
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96134588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.065380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.61826.911123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.51815501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.013159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1740.2432
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023078
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02471
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.15834558
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free29.7515103
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.29954727
LS精密化 シェル解像度: 1.439→1.476 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 175 -
Rwork0.226 3513 -
all-3688 -
obs-3688 97.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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