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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4e3z | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a oxidoreductase from Rhizobium etli CFN 42 | ||||||
要素 | Putative oxidoreductase protein | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / PSI-BIOLOGY / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / New York Structural Genomics Research Consortium / Rossmann fold / NAD(P) binding site / short chain dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Putative oxidoreductase protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhizobium etli (根粒菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Kumaran, D. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / Lafleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. ...Kumaran, D. / Chamala, S. / Evans, B. / Foti, R. / Gizzi, A. / Hillerich, B. / Kar, A. / Lafleur, J. / Seidel, R. / Villigas, G. / Zencheck, W. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of a oxidoreductase from Rhizobium etli CFN 42 著者: Kumaran, D. / Almo, S.C. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4e3z.cif.gz | 98.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4e3z.ent.gz | 79.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4e3z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4e3z_validation.pdf.gz | 437.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4e3z_full_validation.pdf.gz | 441.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4e3z_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4e3z_validation.cif.gz | 30.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/4e3z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/4e3z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28918.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhizobium etli (根粒菌) / 株: CFN 42 / 遺伝子: RHE_CH03884 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2K3F6 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.05 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Magnesium Chloride 0.1M Tris 25% PEG 3350 5% Glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月10日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si II / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. all: 33802 / Num. obs: 33802 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 16.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3346 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 3.069 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.159 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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