[日本語] English
万見
- PDB-4e2g: Crystal structure of Cupin fold protein Sthe2323 from Sphaerobact... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e2g
タイトルCrystal structure of Cupin fold protein Sthe2323 from Sphaerobacter thermophilus
要素Cupin 2 conserved barrel domain protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / MCSG / PSI-biology / GEBA / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


Cupin 2, conserved barrel / Cupin domain / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / NICKEL (II) ION / Cupin 2 conserved barrel domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Sphaerobacter thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Chang, C. / Hatzos-Skintges, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Cupin fold protein Sthe2323 from Sphaerobacter thermophilus
著者: Chang, C. / Hatzos-Skintges, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2012年3月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cupin 2 conserved barrel domain protein
B: Cupin 2 conserved barrel domain protein
C: Cupin 2 conserved barrel domain protein
D: Cupin 2 conserved barrel domain protein
E: Cupin 2 conserved barrel domain protein
F: Cupin 2 conserved barrel domain protein
G: Cupin 2 conserved barrel domain protein
H: Cupin 2 conserved barrel domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,07815
ポリマ－115,7068
非ポリマー3727
水11,854658
1
A: Cupin 2 conserved barrel domain protein
B: Cupin 2 conserved barrel domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9853
ポリマ－28,9262
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3070 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area11040 Å2
手法PISA
2
C: Cupin 2 conserved barrel domain protein
D: Cupin 2 conserved barrel domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0244
ポリマ－28,9262
非ポリマー982
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area11370 Å2
手法PISA
3
E: Cupin 2 conserved barrel domain protein
F: Cupin 2 conserved barrel domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0444
ポリマ－28,9262
非ポリマー1182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area11120 Å2
手法PISA
4
G: Cupin 2 conserved barrel domain protein
H: Cupin 2 conserved barrel domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0244
ポリマ－28,9262
非ポリマー982
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area11060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.710, 52.623, 108.818
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.240, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Cupin 2 conserved barrel domain protein


分子量: 14463.205 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphaerobacter thermophilus (バクテリア)
株: DSM 20745 / S 6022 / 遺伝子: Sthe_2323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: D1C798
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 658 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2M Ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350, 20% glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月2日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. all: 92501 / Num. obs: 91471 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 25.38
反射 シェル解像度: 1.86→1.88 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.92 / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique all: 2146 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
SHELXDE位相決定
ARP/wARPモデル構築
RESOLVE位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.86→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 6.63 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.124
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2111 4571 5 %RANDOM
Rwork0.1588 ---
all0.1614 91431 --
obs0.1614 91431 98.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.6 Å2 / Biso mean: 31.6264 Å2 / Biso min: 13.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.11 Å20 Å20.09 Å2
2---0.64 Å20 Å2
3----1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7333 0 10 658 8001
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.027795
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1321.97310624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2335975
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.51823.033389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.637151264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.6421579
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.21109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0226279
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.69237795
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.7495261
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded17.357980
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.908 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 309 -
Rwork0.229 5760 -
all-6069 -
obs-6069 91.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.02090.01190.03230.02510.02830.0571-0.00110.0023-0.0008-0.0022-0.00030.0004-0.01190.00350.00140.057-0.0002-0.00330.01910.00030.00416.824345.403498.0675
20.02760.039-0.01590.09050.02310.0755-0.00280.00040.001-0.01250.00090.0010.00330.00560.00190.05920.0017-0.00380.01830.00020.003513.406225.728100.243
30.0165-0.02950.01790.0767-0.00880.0426-0.00390.00110.00130.01110.00020.0006-0.00280.0040.00370.0578-0.0008-0.00130.0192-0.00080.003215.892353.872763.7213
40.02940.0088-0.02190.04030.00830.0238-0.0014-0.0006-0.00090.0036-0.0014-0.00060.00880.00170.00280.05760.0001-0.00120.01840.00020.00417.458334.975865.8395
50.01450.0071-0.01130.0191-0.03250.05540.0001-0.0003-0.00120.0005-0.001-0.00070.00230.00080.0010.05390.0002-0.00280.01860.00010.004569.143252.327470.1916
60.05020.02450.00680.02040.00480.0526-0.00390.00690.0029-0.00050.00210.00380.0001-0.00780.00180.05430.0003-0.00250.020.00070.002851.766243.058968.1078
70.0144-0.00270.01480.0391-0.01210.0176-0.00210.00170.00070.00450.0012-0.0022-0.002300.00080.05610-0.00230.0180.00040.004468.663928.065891.7089
80.0408-0.04810.03960.0767-0.03330.1156-0.0071-0.0105-0.00630.00590.00940.0039-0.0032-0.019-0.00230.05210.0007-0.00190.02130.00120.002751.287937.377293.0383
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 123
2X-RAY DIFFRACTION2B10 - 123
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 123
4X-RAY DIFFRACTION4D8 - 123
5X-RAY DIFFRACTION5E9 - 112
6X-RAY DIFFRACTION6F9 - 123
7X-RAY DIFFRACTION7G9 - 123
8X-RAY DIFFRACTION8H9 - 123

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る