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万見
- PDB-4e1z: Structure of mouse Tyk-2 complexed to a 3-aminoindazole inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e1z
タイトルStructure of mouse Tyk-2 complexed to a 3-aminoindazole inhibitor
要素Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase catalytic domain / kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Interleukin-10 signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Regulation of IFNA/IFNB signaling / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-12 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-23 signaling ...Interleukin-10 signaling / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Regulation of IFNA/IFNB signaling / Interleukin-20 family signaling / Interleukin-12 signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / Interleukin-23 signaling / Interleukin-27 signaling / Interleukin-6 signaling / Interleukin-35 Signalling / Interferon alpha/beta signaling / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / interleukin-12 receptor complex / interleukin-23 receptor complex / positive regulation of T-helper 17 type immune response / positive regulation of NK T cell proliferation / positive regulation of interleukin-17 production / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / positive regulation of type II interferon production / cytoskeleton / cell population proliferation / intracellular signal transduction / immune response / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor, TYK2, N-terminal / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / SH2 domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor, TYK2, N-terminal / Tyrosine-protein kinase, non-receptor Jak/Tyk2 / JAK, FERM F2 lobe domain / FERM F1 lobe ubiquitin-like domain / JAK1-3/TYK2, pleckstrin homology-like domain / : / Jak1 pleckstrin homology-like domain / FERM F2 acyl-CoA binding protein-like domain / FERM F1 ubiquitin-like domain / SH2 domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0MX / Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Argiriadi, M.A. / Talanian, R.V. / Borhani, D.W.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2012
タイトル: Enabling structure-based drug design of Tyk2 through co-crystallization with a stabilizing aminoindazole inhibitor.
著者: Argiriadi, M.A. / Goedken, E.R. / Banach, D. / Borhani, D.W. / Burchat, A. / Dixon, R.W. / Marcotte, D. / Overmeyer, G. / Pivorunas, V. / Sadhukhan, R. / Sousa, S. / Moore, N.S. / Tomlinson, ...著者: Argiriadi, M.A. / Goedken, E.R. / Banach, D. / Borhani, D.W. / Burchat, A. / Dixon, R.W. / Marcotte, D. / Overmeyer, G. / Pivorunas, V. / Sadhukhan, R. / Sousa, S. / Moore, N.S. / Tomlinson, M. / Voss, J. / Wang, L. / Wishart, N. / Woller, K. / Talanian, R.V.
履歴
登録2012年3月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1892
ポリマ－33,6971
非ポリマー4931
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.030, 68.030, 152.999
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2


分子量: 33696.539 Da / 分子数: 1 / 断片: Tyk-2 catalytic domain (UNP Residues 880-1170) / 変異: D1016A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tyk2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9R117, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-0MX / N-[5-(4-{[(3-chlorophenyl)sulfonyl]amino}phenyl)-1H-indazol-3-yl]furan-2-carboxamide


分子量: 492.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H17ClN4O4S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 4.3-4.7 M ammonium formate, 100 mM Tris pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月4日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 14608 / Num. obs: 14608 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 58.71 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.9.7精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→21.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9104 / SU R Cruickshank DPI: 0.384 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2368 682 4.87 %RANDOM
Rwork0.1969 ---
obs0.1989 13992 94.66 %-
all-14561 --
原子変位パラメータBiso mean: 48.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2027 Å20 Å20 Å2
2--3.2027 Å20 Å2
3----6.4054 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.341 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→21.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2344 0 34 41 2419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012442HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.173308HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d842SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes57HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes353HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2442HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.02
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion286SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2691SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.7 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3053 135 5.01 %
Rwork0.2834 2557 -
all0.2846 2692 -
obs--94.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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