PDB-4e1v: X-RAY Structure of the Uridine Phosphorylase from Salmonella Typh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4e1v

タイトル

X-RAY Structure of the Uridine Phosphorylase from Salmonella Typhimurium in Complex with 5-Fluorouracil at 2.15 A Resolution

要素

Uridine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / Rossmann Fold / drug metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide catabolic process / deoxyuridine phosphorylase activity / uridine phosphorylase / nucleoside catabolic process / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Lashkov, A.A. / Sotnichenko, S.E. / Prokofev, I.I. / Gabdoulkhakov, A.G. / Mikhailov, A.M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: X-ray structure of Salmonella typhimurium uridine phosphorylase complexed with 5-fluorouracil and molecular modelling of the complex of 5-fluorouracil with uridine phosphorylase from Vibrio cholerae.
著者: Lashkov, A.A. / Sotnichenko, S.E. / Prokofiev, I.I. / Gabdulkhakov, A.G. / Agapov, I.I. / Shtil, A.A. / Betzel, C. / Mironov, A.S. / Mikhailov, A.M.

履歴

登録	2012年3月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2013年3月6日	ID: 3NSR
改定 1.0	2013年3月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4e1v.cif.gz	830.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4e1v.ent.gz	701 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4e1v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/4e1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/4e1v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fwpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2hwu-d 3ddo-d 4r2x-d 4r2w-d 1y1q-d 1y1r-d 1zl2-d 1rxs-4 3fwp-d 2oec-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uridine phosphorylase

E: Uridine phosphorylase

F: Uridine phosphorylase

D: Uridine phosphorylase

C: Uridine phosphorylase

B: Uridine phosphorylase

H: Uridine phosphorylase

I: Uridine phosphorylase

G: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

246 kDa, 9 ポリマー
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1

A: Uridine phosphorylase

E: Uridine phosphorylase

F: Uridine phosphorylase

D: Uridine phosphorylase

C: Uridine phosphorylase

B: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
164 kDa, 6 ポリマー
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2

H: Uridine phosphorylase

I: Uridine phosphorylase

G: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

H: Uridine phosphorylase

I: Uridine phosphorylase

G: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
164 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	158.490, 93.210, 149.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.820, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 9分子 AEFDCBHIG

#1: タンパク質	Uridine phosphorylase / UPase / UrdPase 分子量: 27169.092 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: STM3968, STMD1.21, udp / プラスミド: PBLUESCRIPT IISK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P0A1F6, uridine phosphorylase

#1: タンパク質

Uridine phosphorylase / UPase / UrdPase

分子量: 27169.092 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / 遺伝子: STM3968, STMD1.21, udp / プラスミド: PBLUESCRIPT IISK / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P0A1F6, uridine phosphorylase

-
非ポリマー , 5種, 443分子

#2: 化合物	ChemComp-URF / 5-FLUOROURACIL / 5-FU 分子量: 130.077 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₃FN₂O₂ / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.69 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 20% PEG 4000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M cacodylate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918 Å

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月5日

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→30 Å / Num. all: 118761 / Num. obs: 115000 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 12.11

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.15-2.2	0.64	1.89	23563	7687	1	97.3
2.2-2.3	0.52	2.3	43019	13604	1	98.6
2.3-2.5	0.365	3.27	66607	20991	1	98.5
2.5-2.7	0.232	5.19	48418	15218	1	98.1
2.7-3	0.121	9.39	50539	15826	1	97.5
3-3.5	0.065	19.49	74278	15641	1	96.7
3.5-4	0.037	25.4	27510	8706	1	95.5
4-5	0.032	29.52	27010	8544	1	94.5
5-6	0.034	28.41	12084	3749	1	93.4
6-8	0.027	31.52	9641	2991	1	92.7
8-10	0.024	35.85	3270	1031	1	88.7
10-30	0.023	33.92	3011	1012	1	80.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.7.3_928	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
DENZO		データ削減
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3FWP

3fwp

解像度: 2.15→28.875 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / FOM work R set: 0.8257 / SU ML: 0.29 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 25.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2383	5749	5 %	RANDOM
R_work	0.1938	-	-	-
all	0.196	115000	-	-
obs	0.196	114973	96.86 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 39.312 Å² / k_sol: 0.343 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 137.72 Å² / B_iso mean: 54.9412 Å² / B_iso min: 8.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.5701 Å²	0 Å²	-3.4549 Å²
2-	-	9.5857 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.0157 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→28.875 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16487	0	109	426	17022

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	16875
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.966	22859
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	2690
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2946
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.386	6093

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.15-2.1744	0.3076	189	0.3093	3593	3782	96
2.1744-2.2	0.3357	195	0.29	3711	3906	99
2.2-2.2268	0.327	192	0.2829	3649	3841	98
2.2268-2.255	0.3295	195	0.2755	3713	3908	99
2.255-2.2847	0.3383	193	0.2624	3660	3853	98
2.2847-2.3159	0.3337	195	0.2682	3701	3896	99
2.3159-2.349	0.2893	195	0.2512	3705	3900	98
2.349-2.3841	0.2892	194	0.2504	3688	3882	99
2.3841-2.4213	0.2913	195	0.2457	3702	3897	98
2.4213-2.461	0.2859	193	0.2438	3669	3862	98
2.461-2.5034	0.3158	193	0.2464	3671	3864	99
2.5034-2.5489	0.3078	195	0.2363	3699	3894	98
2.5489-2.5979	0.2886	193	0.2303	3673	3866	98
2.5979-2.6509	0.279	192	0.2365	3646	3838	98
2.6509-2.7085	0.3095	194	0.2349	3681	3875	98
2.7085-2.7714	0.2868	194	0.2276	3680	3874	98
2.7714-2.8407	0.2662	191	0.2249	3637	3828	98
2.8407-2.9174	0.265	193	0.2158	3671	3864	97
2.9174-3.0032	0.2603	191	0.2165	3630	3821	97
3.0032-3.1	0.2757	193	0.2194	3662	3855	97
3.1-3.2107	0.2711	191	0.2032	3639	3830	97
3.2107-3.339	0.252	191	0.1949	3619	3810	96
3.339-3.4907	0.2123	190	0.1866	3608	3798	96
3.4907-3.6744	0.2095	192	0.169	3645	3837	96
3.6744-3.9041	0.2133	187	0.1585	3553	3740	95
3.9041-4.2047	0.174	189	0.147	3605	3794	95
4.2047-4.6263	0.1827	188	0.1386	3563	3751	94
4.6263-5.2922	0.1987	187	0.1507	3552	3739	94
5.2922-6.6541	0.1781	187	0.1667	3561	3748	93
6.6541-28.8772	0.1884	182	0.1491	3438	3620	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4783	1.8345	-0.7318	1.8912	-0.9985	1.9154	0.1998	-0.1588	0.2808	0.2615	-0.1247	0.5767	-0.2881	-0.1583	-0.0753	0.3509	-0.1095	0.0778	0.4281	-0.0003	0.5274	11.3696	6.3006	27.7087
2	3.4829	1.939	0.0818	2.7952	-0.2456	2.1785	-0.0279	0.3841	0.0609	-0.1315	0.0778	0.523	-0.0394	-0.2582	-0.0801	0.3261	-0.1004	-0.0046	0.4785	-0.0176	0.5552	7.2294	4.4723	18.4328
3	1.9789	0.7865	0.4591	1.0914	-0.1067	1.285	0.0305	0.041	-0.0928	0.1048	-0.0336	0.3833	-0.057	-0.1007	-0.0057	0.2772	-0.1238	0.0525	0.3181	-0.026	0.4419	15.4227	1.6792	24.9303
4	0.7655	-0.4245	0.0818	0.4036	-0.1289	0.6913	0.098	0.3223	-0.2797	0.0621	-0.0903	0.2896	0.0912	-0.0911	-0.0164	0.2854	-0.1621	0.0162	0.4382	-0.043	0.3973	21.8641	-11.0491	19.4009
5	1.2718	0.1136	-0.1471	1.927	-0.2218	0.6496	0.1498	0.2459	-0.0547	-0.1482	-0.192	0.1193	-0.0448	-0.0078	0.0437	0.2765	-0.1237	-0.0102	0.543	-0.0125	0.2105	32.9038	-7.8361	8.9252
6	0.5556	0.0663	0.0575	0.3808	-0.1397	0.0632	0.0766	0.0349	-0.0067	0.1333	-0.0695	0.0642	-0.0784	-0.0197	0.0058	0.3311	-0.1775	0.0293	0.4106	-0.0282	0.3543	21.9552	-7.6497	21.192
7	0.4829	-0.2847	-0.8381	0.1687	0.4932	1.4565	0.0087	0.2949	-0.0511	0.0514	0.0721	0.8568	-0.0172	-0.7577	-0.0714	0.4941	0.0168	-0.0045	0.8849	-0.0553	0.4981	21.4598	-7.8742	-0.5943
8	5.2385	0.8405	-0.5002	3.8349	-1.2382	2.2844	-0.0455	0.0561	-0.063	-0.0108	0.0593	0.1333	0.1336	-0.1964	-0.0196	0.2846	-0.15	0.0436	0.4322	-0.0455	0.6734	6.992	-11.4297	18.6369
9	2.4226	-0.3127	0.8076	0.7604	-0.4302	0.9405	-0.1323	-0.3377	-0.2059	0.3699	0.0925	0.1677	0.2029	-0.1375	0.0894	0.684	-0.1993	-0.0023	0.4227	0.074	0.3343	51.7545	-34.4823	48.6594
10	3.0256	-0.3645	-0.4991	1.7111	0.1848	1.4351	-0.0787	-0.0258	-0.4825	0.1753	-0.0203	0.0482	0.291	-0.0361	0.0969	0.6469	-0.2261	0.0014	0.3907	0.0646	0.4066	54.8503	-42.4588	43.2351
11	0.7177	0.2292	0.0165	0.827	0.1421	0.6247	0.0201	0.0498	-0.1483	0.1334	0.0085	-0.1626	0.2299	0.2004	0.0309	0.3758	-0.1996	-0.0192	0.3288	0.0736	0.321	60.4273	-27.2696	34.2988
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68	0.3573	-0.0118	0.1448	0.2613	-0.0924	0.7976	-0.3229	0.2149	0.4847	-0.0194	0.1345	0.0247	-0.5018	0.091	0.2564	1.445	-0.3896	-0.5232	0.6772	0.1653	0.7343	15.3191	27.2833	69.7771
69	0.6705	-0.4054	0.0916	0.3423	-0.0745	1.0541	-0.3062	0.5304	0.7939	-0.0181	0.1708	-0.2358	-0.5214	0.0223	0.1802	1.5695	-0.4567	-0.7799	0.555	0.2699	0.3805	5.6735	21.4068	64.5943
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精密化 TLSグループ

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2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 1028:1057)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 1058:1083)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 1084:1147)	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 1148:1198)	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 1199:1222)	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 1223:1239)	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 1240:1253)	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resseq 1004:1027)	E
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resseq 1028:1057)	E
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resseq 1058:1159)	E
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resseq 1160:1182)	E
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19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resseq 1058:1084)	F
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resseq 1085:1106)	F
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resseq 1107:1122)	F
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resseq 1123:1147)	F
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resseq 1148:1169)	F
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40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'C' and (resseq 1170:1182)	C
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42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'C' and (resseq 1212:1239)	C
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'C' and (resseq 1240:1253)	C
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'B' and (resseq 1003:1027)	A - B
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'B' and (resseq 1028:1057)	A - B
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'B' and (resseq 1058:1147)	A - B
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'B' and (resseq 1148:1198)	A - B
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'B' and (resseq 1199:1239)	A - B
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'B' and (resseq 1240:1253)	A - B
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'H' and (resseq 1005:1020)	H
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'H' and (resseq 1021:1041)	H
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'H' and (resseq 1042:1057)	H
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'H' and (resseq 1058:1106)	H
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'H' and (resseq 1107:1147)	H
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'H' and (resseq 1148:1211)	H
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'H' and (resseq 1212:1240)	H
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59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'I' and (resseq 1031:1057)	I
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'I' and (resseq 1058:1084)	I
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'I' and (resseq 1085:1106)	I
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'I' and (resseq 1107:1144)	I
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'I' and (resseq 1145:1198)	I
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'I' and (resseq 1199:1239)	I
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'I' and (resseq 1240:1253)	I
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'G' and (resseq 1004:1027)	G
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68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'G' and (resseq 1058:1106)	G
69	X-RAY DIFFRACTION	69	chain 'G' and (resseq 1107:1240)	G
70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'G' and (resseq 1241:1253)	G

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関連情報:EMDBヘッダ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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