PDB-4e1o: Human histidine decarboxylase complex with Histidine methyl ester...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4e1o

タイトル

Human histidine decarboxylase complex with Histidine methyl ester (HME)

要素

Histidine decarboxylase

キーワード

LYASE / Histidine decarboxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

histamine biosynthetic process / histidine decarboxylase / histidine decarboxylase activity / Histidine catabolism / L-histidine metabolic process / L-histidine catabolic process / catecholamine biosynthetic process / amino acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Komori, H. / Nitta, Y. / Ueno, H. / Higuchi, Y.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structural study reveals that Ser-354 determines substrate specificity on human histidine decarboxylase
著者: Komori, H. / Nitta, Y. / Ueno, H. / Higuchi, Y.

履歴

登録	2012年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年7月25日	Group: Database references
改定 1.2	2013年7月17日	Group: Database references
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4e1o.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4e1o.ent.gz	946.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4e1o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4e1o_validation.pdf.gz	503 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4e1o_full_validation.pdf.gz	517.7 KB	表示
XML形式データ	4e1o_validation.xml.gz	114.7 KB	表示
CIF形式データ	4e1o_validation.cif.gz	170.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/4e1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/4e1o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1js6-d 3vp6-d 3e37-d 2jjg-1 5o5c-2 6eew-2 5bwe-2 4pkf-d 5qr3-d 1o1t-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Histidine decarboxylase

B: Histidine decarboxylase

C: Histidine decarboxylase

D: Histidine decarboxylase

E: Histidine decarboxylase

F: Histidine decarboxylase

ヘテロ分子

328 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Histidine decarboxylase

B: Histidine decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Histidine decarboxylase

D: Histidine decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Histidine decarboxylase

F: Histidine decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	215.163, 112.723, 171.393
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.30, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Histidine decarboxylase / HDC 分子量: 54314.172 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 2-477 / 変異: C179S, C417S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19113, histidine decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-PVH / HISTIDINE-METHYL-ESTER タイプ: L-peptide linking / 分子量: 170.189 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₂N₃O₂ / コメント: 阻害剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2039 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.87 %

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 354390 / % possible obs: 100 %

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0102 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→37.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 4.401 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.181	17634	5 %	RANDOM
R_work	0.16245	-	-	-
obs	0.16338	336219	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.594 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.89 Å²	0 Å²	0.1 Å²
2-	-	0.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22817	0	162	2039	25018

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	23874
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	16415
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.054	1.96	32428
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.825	3	39764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.691	5	2934
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.791	23.208	1091
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.955	15	4018
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.411	15	179
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	3525
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	26472
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	5050
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.414	1.5	14479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.088	1.5	5804
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.801	2	23418
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.266	3	9389
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.141	4.5	8976
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	1304	-
R_work	0.226	24782	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0997	-0.0583	-0.0965	0.1774	0.0645	0.3491	-0.0069	-0.0035	0.0048	-0.0258	-0.0015	-0.0064	-0.0176	-0.0002	0.0084	0.093	0.0068	0.0127	0.0018	0.0071	0.0387	44.1142	-44.8236	5.737
2	0.1595	0.0076	-0.1398	0.0725	0.0028	0.4008	-0.0097	0.021	0.0084	-0.0002	0.011	0.0415	-0.0532	-0.0897	-0.0013	0.0722	0.0277	0.0229	0.0261	0.0107	0.0468	25.1592	-37.5096	21.9468
3	0.165	-0.0694	-0.078	0.1337	0.0425	0.4189	-0.0174	-0.0322	0.0092	0.0082	0.0171	-0.0106	-0.0802	0.0247	0.0003	0.0379	0.0096	-0.0151	0.0474	-0.0016	0.032	66.5519	-66.7762	55.3772
4	0.0743	-0.0148	-0.0634	0.1371	0.0589	0.4378	-0.0206	-0.0352	-0.0223	-0.0121	0.0216	-0.0162	0.0069	0.1221	-0.001	0.0169	0.0121	-0.0044	0.0904	0.0017	0.0395	81.2268	-80.002	38.9641
5	0.3259	-0.0877	-0.0198	0.1161	0.0192	0.4411	0.0309	0.0534	-0.0828	-0.0057	-0.0073	0.0526	0.0671	-0.0154	-0.0236	0.0418	0.0358	-0.0284	0.0484	-0.0254	0.0624	6.1128	-65.2679	60.8289
6	0.3261	-0.1725	-0.053	0.1425	-0.0062	0.2452	-0.0081	-0.032	0.006	0.0173	0.0286	0.0097	-0.0338	-0.016	-0.0205	0.0317	0.0323	-0.0043	0.0542	0.0029	0.0451	6.2874	-48.9048	80.5146

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 477
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1000 - 1001
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 477
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1000 - 1001
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-3 - 477
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1000 - 1001
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 477
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1000 - 1001
9	X-RAY DIFFRACTION	5	E	0 - 477
10	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1000 - 1001
11	X-RAY DIFFRACTION	6	F	0 - 477
12	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1000 - 1001

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関連情報:EMDBヘッダ

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