登録情報 データベース : PDB / ID : 4e1f 構造の表示 ダウンロードとリンクタイトル Structure of a VgrG Vibrio cholerae toxin ACD domain Glu16Gln mutant in complex with ADP and Mn++ 要素VgrG protein 詳細 キーワード TOXIN / alpha/beta protein / G-actin cross-linking toxin / G-actin (substrate)機能・相同性 機能・相同性情報分子機能 ドメイン・相同性 構成要素
isopeptide cross-linking via N6-(L-isoglutamyl)-L-lysine / isopeptide cross-linking / acid-amino acid ligase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) / actin filament depolymerization / host cell cytosol / toxin activity / host cell cytoplasm / magnesium ion binding / extracellular region / ATP binding 類似検索 - 分子機能 Actin cross-linking domain / TerB-like / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking (ACD) domain profile. / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Phage tail baseplate hub (GPD) / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain ... Actin cross-linking domain / TerB-like / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking domain / Actin cross-linking (ACD) domain profile. / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr family subset / Phage tail baseplate hub (GPD) / Type VI secretion system, RhsGE-associated Vgr protein / Gp5/Type VI secretion system Vgr protein, OB-fold domain / Type VI secretion system/phage-baseplate injector OB domain / Vgr protein, OB-fold domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Actin cross-linking toxin VgrG1 / Actin cross-linking toxin VgrG1 類似検索 - 構成要素生物種 Vibrio cholerae (コレラ菌)手法 X線回折 / 分子置換 / 解像度 : 2.1 Å 詳細データ登録者 Durand, E. / Audoly, G. / Derrez, E. / Spinelli, S. / Ortiz-Lombardia, M. / Cascales, E. / Raoult, D. / Cambillau, C. 引用ジャーナル : J.Biol.Chem. / 年 : 2012タイトル : Structure and functional characterization of the Vibrio cholerae toxin from the VgrG/MARTX family.著者 : Durand, E. / Audoly, G. / Derrez, E. / Spinelli, S. / Ortiz-Lombardia, M. / Cascales, E. / Raoult, D. / Cambillau, C. 履歴 登録 2012年3月6日 登録サイト : RCSB / 処理サイト : RCSB改定 1.0 2012年10月10日 Provider : repository / タイプ : Initial release改定 1.1 2023年9月13日 Group : Data collection / Database references ... Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ : chem_comp_atom / chem_comp_bond ... chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item : _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ... _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
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