PDB-4e1d: Structure of a VgrG Vibrio cholerae toxin ACD domain in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4e1d

タイトル

Structure of a VgrG Vibrio cholerae toxin ACD domain in complex with ADP and Mn++

要素

VgrG protein

キーワード

TOXIN / alpha beta protein / G-actin cross-linking toxin / G-actin (substrate)

機能・相同性

機能・相同性情報

isopeptide cross-linking via N6-(L-isoglutamyl)-L-lysine / isopeptide cross-linking / acid-amino acid ligase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / actin filament depolymerization / host cell cytosol / toxin activity / host cell cytoplasm / magnesium ion binding / extracellular region / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Durand, E. / Audoly, G. / Derrez, E. / Spinelli, S. / Ortiz-Lombardia, M. / Cascales, E. / Raoult, D. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure and functional characterization of the Vibrio cholerae toxin from the VgrG/MARTX family.
著者: Durand, E. / Audoly, G. / Derrez, E. / Spinelli, S. / Ortiz-Lombardia, M. / Cascales, E. / Raoult, D. / Cambillau, C.

履歴

登録	2012年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4e1d.cif.gz	155.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4e1d.ent.gz	120.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4e1d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4e1d_validation.pdf.gz	749.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4e1d_full_validation.pdf.gz	749.5 KB	表示
XML形式データ	4e1d_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	4e1d_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/4e1d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/4e1d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4e1cSC 4e1fC 4dtd 4dtf 4dth 4dtl S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dtf-d 4e1c-d 4dth-d 4gqk-d 4dtd-d 4pi3-d 4e1f-d 2oz2-d 5bmu-4 5bmu-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: VgrG protein

ヘテロ分子

44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.390, 128.390, 76.720
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

#1: タンパク質	VgrG protein 分子量: 43742.215 Da / 分子数: 1 / 断片: Vibrio cholerae VgrG1 ACD (unp residues 716-1111) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: O395 / 遺伝子: VC_1416, VgrG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9KS45, UniProt: A0A0H3AIG7*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.01 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年3月4日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 42340 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 43.43 Å² / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.49→2.56 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.11.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4E1C

4e1c

解像度: 2.49→45.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.825 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.801 / SU R Cruickshank DPI: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.241	951	4.18 %	RANDOM
R_work	0.222	-	-	-
obs	0.223	22761	98.8 %	-
all	-	22761	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.88 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.4987 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.4987 Å²	0 Å²
3-	-	-	10.9974 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.36 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.49→45.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2757	0	44	136	2937

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	2885	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.06	3927	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		990	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		80	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		422	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2885	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.47
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.44
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	0	385	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	0	3326	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.49→2.61 Å / Total num. of bins used: 11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2615	121	4.14 %
R_work	0.2304	2799	-
all	0.2317	2920	-
obs	-	-	98.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2548	0.2312	0.16	0.2619	-0.2428	0.1581	0.0007	-0.0017	-0.0026	0.008	0.0019	-0.0039	0.0024	-0.0066	-0.0026	0.0061	0.0048	0.0014	0.0171	0.0204	0.0137	34.4052	89.1664	16.5802
2	0.5591	-0.1479	-0.274	0	0.2767	0	0	-0.0094	0.0006	0.0158	0.0043	0.0009	-0.0017	-0.0048	-0.0043	-0.0518	-0.0164	-0.009	0.0135	0.0197	0.0272	46.0951	89.9733	6.279
3	0.0344	0.0439	-0.1146	0.1186	-0.0197	0	-0.0002	0.006	-0.0066	-0.0023	0.005	-0.0003	-0.0024	0.0068	-0.0048	-0.0317	-0.0199	0.0092	-0.0088	-0.0081	0.018	55.2347	88.0492	-7.2223
4	0.001	-0.2173	0.2039	0.0033	-0.1842	0.0073	0.0012	-0.0215	0.0081	0.0152	-0.0015	-0.0074	-0.0049	-0.0263	0.0002	-0.0398	-0.0021	-0.0105	0.0088	0.0117	0.0019	46.4972	98.5248	11.3811
5	0.1414	-0.3474	-0.1336	0	0.029	0.0004	0.0005	-0.013	-0.0039	0.0134	-0.0011	-0.002	-0.0017	0.002	0.0006	-0.0246	-0.0001	-0.0017	0.0143	-0.0065	0.0044	54.1639	93.1939	9.5281
6	0.1848	-0.1632	0.4357	0.009	-0.4619	0.1118	0.0008	-0.0105	-0.0024	-0.0051	0.0035	-0.0124	-0.0032	-0.0158	-0.0044	-0.0259	-0.0121	0.0119	-0.0097	0.0253	0.0105	40.7538	99.1257	2.9213
7	0.3729	-0.1454	-0.1217	0	0.0427	0.1947	0.0012	-0.0082	0.0002	0.0051	0	0.0038	-0.0072	-0.0039	-0.0012	-0.0647	0.01	0.0036	0.0512	0.0051	0.0055	9.2846	91.3206	13.2702
8	0.3834	-0.9379	0.1333	0	-0.3339	0.0004	0.0038	-0.0249	0.0035	0.0211	-0.0081	-0.0065	-0.0013	-0.0103	0.0043	-0.0801	0.0139	-0.0083	0.0222	0.0128	0.014	12.4122	85.7006	4.0558
9	0.511	-0.0446	-0.2718	0	0.1387	0.0009	-0.0003	-0.007	0.0039	-0.0012	-0.0023	-0.005	0.0076	0.0032	0.0026	-0.0439	0.0069	-0.0071	0.0023	0.0036	0.014	20.5665	85.9637	-7.0358
10	0.9032	0.0577	-0.2551	0	-1.3437	0.3228	0.0022	-0.0034	-0.0116	0.0344	-0.0079	-0.0019	0.0151	-0.0106	0.0057	-0.081	-0.0482	-0.0172	0.0471	0.0432	0.0159	11.9668	78.3427	4.7469
11	0.4644	0.1431	0.095	0	-0.2806	0	0.0008	-0.0158	0.0026	0.0222	-0.0001	0.0028	0.0063	-0.0063	-0.0007	-0.0217	-0.0185	-0.0079	0.021	0.0296	0.0064	26.177	86.6694	15.8146
12	0.0405	-0.0868	0.019	0.1189	-0.0005	0	-0.0002	-0.0028	0.0002	0.0015	0.0005	0.002	-0.002	-0.002	-0.0002	-0.0111	-0.0005	0.0053	0.0009	-0.0014	0.0085	32.6212	105.0237	10.6475
13	0.0786	0.0036	0.0458	0.0947	-0.0318	0.0212	-0.0005	0.0012	-0.0023	-0.0014	0.0011	0.0007	0.0008	0.0004	-0.0006	0.0195	-0.0006	-0.0018	0.0225	0.0051	0.016	33.567	88.7836	10.1476

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|0 - A\|17 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|18 - A\|53 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|54 - A\|78 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|79 - A\|116 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|117 - A\|143 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|144 - A\|170 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|171 - A\|206 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ A\|207 - A\|236 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ A\|237 - A\|269 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ A\|270 - A\|319 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ A\|320 - A\|343 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ A\|344 - A\|355 }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|401 - A\|401 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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