PDB-4e1c: Structure of a VgrG Vibrio cholerae toxin ACD domain in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4e1c

タイトル

Structure of a VgrG Vibrio cholerae toxin ACD domain in complex with ADP and Mg++

要素

VgrG protein

キーワード

TOXIN / Alpha Beta protein / G-actin cross-linking Toxin / G-actin

機能・相同性

機能・相同性情報

isopeptide cross-linking via N6-(L-isoglutamyl)-L-lysine / isopeptide cross-linking / acid-amino acid ligase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / actin filament depolymerization / host cell cytosol / toxin activity / host cell cytoplasm / magnesium ion binding / extracellular region / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Durand, E. / Audoly, G. / Derrez, E. / Spinelli, S. / Ortiz-Lombardia, M. / Cascales, E. / Raoult, D. / Cambillau, C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Structure and functional characterization of the Vibrio cholerae toxin from the VgrG/MARTX family.
著者: Durand, E. / Audoly, G. / Derrez, E. / Spinelli, S. / Ortiz-Lombardia, M. / Cascales, E. / Raoult, D. / Cambillau, C.

履歴

登録	2012年3月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4e1c.cif.gz	166.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4e1c.ent.gz	129.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4e1c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4e1c_validation.pdf.gz	788 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4e1c_full_validation.pdf.gz	788.2 KB	表示
XML形式データ	4e1c_validation.xml.gz	19.7 KB	表示
CIF形式データ	4e1c_validation.cif.gz	30.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/4e1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/4e1c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4e1dC 4e1fC 4dtfS 4dtd 4dth 4dtl S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4dtd-d 4gqk-d 4dtf-d 4e1f-d 4dtl-d 4e1d-d 4dth-d 6kz0-4 2yvu-d 6kz0-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: VgrG protein

ヘテロ分子

44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.460, 128.460, 76.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	VgrG protein 分子量: 43742.215 Da / 分子数: 1 / 断片: Vibrio cholerae VgrG1 ACD (unp residues 716-1111) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: O395 / 遺伝子: VC_1416, VgrG1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9KS45, UniProt: A0A0H3AIG7*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 478分子

#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.9 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 6.3 詳細: 300 nL of protein at 13mg/mL, 100 nL of 2.4 M AmSO4, 0.1 M Bi-Tris, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年3月2日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 28824 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 39.49 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 21.4
反射シェル	解像度: 2.25→2.3 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
BUSTER	2.11.2	精密化
HKL-3000		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DTF

4dtf

解像度: 2.25→40.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.196	1019	3.55 %	RANDOM
R_work	0.174	-	-	-
obs	0.175	28721	92.9 %	-
all	-	28721	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.2882 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.2882 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.5764 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→40.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2757	0	55	470	3282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	2888	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.08	3932	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		989	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		80	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		422	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2888	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.23
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.17
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	0	385	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	0	3579	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.33 Å / Total num. of bins used: 14

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2235	107	3.5 %
R_work	0.208	2954	-
all	0.2085	3061	-
obs	-	-	92.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1942	0.2158	0.0935	0.0971	-0.1793	0.0358	0.0018	-0.003	-0.0021	0.0031	-0.0002	-0.0034	0.003	-0.0032	-0.0016	-0.0186	-0.0137	0.0191	0.0267	0.0082	-0.0063	34.3198	89.1554	16.5402
2	1.4269	0.3882	-0.3824	0	0.1996	0.0053	0.0008	0.0047	-0.0176	0.0112	0.0021	0.0057	0.0014	-0.0097	-0.0028	-0.0421	-0.0256	-0.0098	0.0494	-0.0139	-0.0118	46.1439	90.0334	6.3373
3	0.3571	-0.016	0.3797	0	0.2034	0.6518	0.0007	0.0089	-0.011	-0.0076	0.0012	-0.0005	0.0081	-0.0018	-0.0019	-0.0418	0.0132	-0.0019	0.0527	-0.0312	-0.0091	55.2183	87.9177	-7.2292
4	0.545	0.069	0.888	0.0361	0.3473	0.6086	-0.0006	-0.011	0.0108	0.0145	-0.013	-0.0042	-0.0016	-0.014	0.0136	-0.055	-0.0236	-0.0165	0.0366	-0.0155	-0.011	46.4501	98.486	11.3262
5	0.9327	-0.1936	0.1953	0	0.2044	0.0006	0.0013	-0.0093	-0.0021	-0.001	-0.0054	-0.0038	0.0001	0.0074	0.0041	-0.031	-0.0004	-0.0077	0.0475	-0.0195	-0.0185	54.1067	93.1353	9.4907
6	0.1697	0.5307	0.7565	0.1468	-0.251	0.4696	-0.001	-0.001	0.0065	-0.0097	0.0022	-0.0041	-0.0225	-0.0002	-0.0013	-0.0353	0.0019	0.0151	0.014	0.0034	-0.0056	40.7054	99.0417	2.8214
7	0.6431	-0.3156	-0.096	0	0.5244	0.2282	0.0014	-0.0084	0.0021	0.0055	0.0073	0.0033	-0.0081	-0.0144	-0.0087	-0.0848	0.0476	-0.0062	0.0855	-0.0585	-0.0024	9.2252	91.2122	13.1717
8	1.1905	-0.1708	0.8192	0	-0.4167	0.0717	0.0043	-0.0303	-0.0015	-0.0067	-0.0071	0.0009	0.003	-0.012	0.0028	-0.0875	0.0254	-0.0394	0.0692	-0.0072	0.0032	12.4292	85.5843	3.9803
9	0.7822	0.0555	-0.6829	0	-0.1104	0.4858	-0.0062	0.0058	-0.0017	-0.0073	0.0035	-0.003	0.0075	0.0058	0.0027	-0.0394	-0.0037	-0.0282	0.0538	0.0126	-0.0203	20.6156	85.8448	-7.1369
10	1.3173	0.3516	-0.2332	0	-0.9208	0.7439	0.0016	-0.0085	-0.0225	0.0086	-0.011	0.003	0.0229	-0.0171	0.0094	-0.1163	-0.0269	-0.0416	0.0972	0.034	0.0085	12.0113	78.2483	4.6769
11	0.7227	0.5824	0.4544	0	-0.1907	0.0393	0.0008	-0.0071	-0.0028	0.0089	-0.0034	0.002	0.0023	-0.0074	0.0026	-0.0319	-0.0025	-0.027	0.045	0.0271	-0.0122	26.2265	86.4324	15.7443
12	0.0349	-0.0574	0.042	0.0784	0.0299	0.0359	0.0001	-0.0017	0.0023	-0.0029	-0.0012	-0.0003	-0.0053	-0.0017	0.0012	-0.0071	0.0094	0.0085	0.0104	-0.0099	0.0019	32.5336	105.009	10.5272
13	0.0334	0.0161	0.0189	0	0	0.0053	0.0006	-0.0002	-0.0007	-0.0022	-0.0002	0	0.0012	0.0003	-0.0003	-0.0062	-0.0085	-0.0024	0.0079	-0.0055	-0.0004	33.3948	88.5417	10.327

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|0 - A\|17 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|18 - A\|53 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|54 - A\|78 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|79 - A\|116 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|117 - A\|143 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ A\|144 - A\|170 }
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ A\|171 - A\|206 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ A\|207 - A\|236 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ A\|237 - A\|269 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ A\|270 - A\|319 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ A\|320 - A\|343 }
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{ A\|344 - A\|355 }
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{ A\|401 - A\|401 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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