PDB-4e10: Protelomerase tela Y201A covalently complexed with substrate DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 40000000000

タイトル

Protelomerase tela Y201A covalently complexed with substrate DNA

要素

DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*AP*(BRU)P*AP*AP*CP*AP*AP*(BRU)P*AP*T)-3')
DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*(BRU)P*(BRU)P*GP*(BRU)P*(BRU)P*AP*(BRU)P*(BRU)P*AP*(BRU)P*G)-3')
Protelomerase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / PROTELEMORASE / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Helix Hairpins - #1780 / Telomere resolvase / Telomere resolvase ResT / Telomere resolvase ResT superfamily / Telomere resolvase ResT/TelK catalytic domain / hpI Integrase; Chain A / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.506 Å

データ登録者

Shi, K. / Aihara, H.

引用

ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2013
タイトル: An enzyme-catalyzed multistep DNA refolding mechanism in hairpin telomere formation.
著者: Shi, K. / Huang, W.M. / Aihara, H.

履歴

登録	2012年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・要旨	4e10_validation.pdf.gz	823.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4e10_full_validation.pdf.gz	850.3 KB	表示
XML形式データ	4e10_validation.xml.gz	20.2 KB	表示
CIF形式データ	4e10_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/4e10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/4e10	HTTPS FTP

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類似性 (1)

登録構造単位

A: Protelomerase

C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*AP*(BRU)P*AP*AP*CP*AP*AP*(BRU)P*AP*T)-3')

D: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*(BRU)P*(BRU)P*GP*(BRU)P*(BRU)P*AP*(BRU)P*(BRU)P*AP*(BRU)P*G)-3')

ヘテロ分子

63 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protelomerase

C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*AP*(BRU)P*AP*AP*CP*AP*AP*(BRU)P*AP*T)-3')

D: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*(BRU)P*(BRU)P*GP*(BRU)P*(BRU)P*AP*(BRU)P*(BRU)P*AP*(BRU)P*G)-3')

ヘテロ分子

A: Protelomerase

C: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*AP*(BRU)P*AP*AP*CP*AP*AP*(BRU)P*AP*T)-3')

D: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*GP*AP*TP*AP*(BRU)P*(BRU)P*GP*(BRU)P*(BRU)P*AP*(BRU)P*(BRU)P*AP*(BRU)P*G)-3')

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
126 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.340, 119.660, 56.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.30, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protelomerase 分子量: 52556.074 Da / 分子数: 1 / 変異: Y201A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 株: C58 / ATCC 33970 / 遺伝子: telA, Atu2523 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7CWV1
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPAPTPAPAP(BRU)PAPAPCPAPAP(BRU)PAPT)-3') 分子量: 4146.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(CPAPTPGPAPTPAP(BRU)P(BRU)PGP(BRU)P(BRU)PAP(BRU)P(BRU)PAP(BRU)PG)-3') 分子量: 5989.702 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物	ChemComp-DT / THYMIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / TMP タイプ: DNA linking / 分子量: 322.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₂O₈P / コメント: dTMP*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 5% (w/v) PEG 4000, 10mM Tris-HCl, 300mM NaCl , pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 96 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月10日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 18263 / Num. obs: 18263 / % possible obs: 73.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.506→35.05 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.4 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2701	954	5.23 %
R_work	0.1832	-	-
obs	0.1877	18246	73.49 %
all	-	18246	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.7923 Å²	-0 Å²	-0.22 Å²
2-	-	0.0479 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.8402 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.506→35.05 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2514	570	17	177	3278

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	3225
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.837	4479
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.961	1197
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.098	492
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	476

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.506-2.638	0.3692	43	0.2959	760	X-RAY DIFFRACTION	23
2.638-2.8032	0.3863	80	0.3035	1510	X-RAY DIFFRACTION	45
2.8032-3.0196	0.3278	131	0.2777	2248	X-RAY DIFFRACTION	68
3.0196-3.3232	0.3188	155	0.2222	3031	X-RAY DIFFRACTION	90
3.3232-3.8036	0.3089	180	0.1896	3248	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8036-4.7902	0.2071	185	0.1389	3237	X-RAY DIFFRACTION	97
4.7902-35.0538	0.2283	180	0.1449	3258	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.7139	-3.8893	0.2295	3.3998	1.0569	2.2412	0.3824	0.5052	0.1386	-0.2768	-0.3512	-0.6095	-0.1426	0.1908	-0.0725	0.3509	0.1518	0.2945	0.4281	0.0777	1.7401	29.2506	-34.7712	-3.0934
2	8.7557	3.017	2.2284	4.6093	5.1014	6.2738	-0.0846	0.4344	-0.9048	-0.0352	0.7921	-0.7184	0.409	1.2956	-0.8258	0.5274	0.0454	-0.0223	0.7241	-0.1173	2.0494	37.9482	-26.1013	4.1079
3	2.2632	-1.2148	0.3906	5.9228	1.8318	4.8687	0.0331	-0.1335	-0.896	0.4613	0.0647	-1.3238	0.1696	0.9451	-0.0421	0.397	0.1326	-0.2333	0.2293	0.201	1.3069	30.3741	-32.022	7.6074
4	1.9831	-2.5745	-0.3699	5.8797	0.1309	2.043	-0.336	0.1152	-1.0507	0.8215	-0.0352	0.4374	-0.1182	-0.0737	-0.3261	0.6487	0.1027	0.0166	0.3106	0.0541	1.396	16.5056	-40.9644	6.8052
5	4.8592	-3.7306	3.7573	5.9987	1.8489	2.0004	-0.5639	-0.5621	-2.753	1.3701	-0.0702	-0.5402	0.8315	0.4508	0.2159	0.7382	0.0367	0.05	0.4032	0.1768	0.8658	18.5999	-32.0836	14.5883
6	4.9932	-2.6832	-1.0615	3.8461	3.2183	3.6855	0.2149	-0.0961	-1.2627	0.2511	-0.2205	-0.33	0.3052	-0.2376	0.1033	0.4337	0.0345	-0.0458	0.2354	0.0891	0.8644	17.8137	-29.8111	3.5529
7	5.3111	2.5139	2.6207	2.48	0.3063	3.4149	-1.1518	-0.8767	-1.6974	0.3351	0.96	0.6745	-0.3279	-0.6717	0.0886	0.82	0.0838	-0.0834	0.3633	0.1688	0.8353	3.8405	-22.0749	10.2967
8	7.0659	-5.4514	6.7975	4.8325	-5.2771	6.5407	0.1551	-0.5049	-0.8131	0.0561	1.1727	0.0452	0.6059	-1.0532	-0.7006	0.8057	0.0137	-0.133	0.4767	-0.0672	0.3411	3.624	-12.9897	10.6026
9	3.7345	1.0208	-0.6223	3.8774	0.2859	0.6423	0.0223	-0.1634	1.0625	-0.0884	0.0609	-0.886	-0.1193	0.1671	-0.0523	0.4275	-0.0282	-0.011	0.2887	-0.0278	0.8361	21.1583	3.164	0.9901
10	7.294	0.6789	1.6259	1.9143	0.0401	6.7099	-0.3401	1.4133	0.4998	-0.803	-0.0075	-0.1406	-1.1946	0.8809	0.0361	1.3865	-0.029	0.3215	1.0135	0.2453	0.5378	17.3488	11.588	-20.4611
11	5.3503	-1.1762	2.3916	3.1045	-3.2038	5.1189	-0.0162	0.9841	0.8609	0.0076	-0.0925	-1.2004	-0.7038	0.5748	-0.0299	0.5562	-0.012	0.1985	0.4494	-0.0098	0.4212	19.0636	-1.0827	-10.8256
12	2.004	-2.3909	9.7538	8.2873	-4.3648	1.998	0.7114	1.3961	-1.559	-0.6412	0.0122	-0.542	1.8915	-0.3052	-0.3138	0.8174	-0.0146	0.3097	0.872	-0.2051	0.7069	14.1173	-14.4412	-13.5859
13	1.5221	3.4145	3.2598	2.0029	6.3662	7.2607	-0.1262	0.6166	1.2882	-0.9466	0.8044	-0.469	-0.4436	0.3206	-0.3265	0.404	-0.0086	0.2692	0.4155	0.1025	0.8377	17.9717	3.3294	-11.6355
14	4.0387	-0.6106	0.789	1.2043	0.3654	0.4493	0.0233	0.2324	-0.4383	-0.2373	0.417	-1.2645	0.1426	-0.1662	0.89	0.3823	-0.1204	0.4291	0.4576	0.1813	1.7083	32.3895	3.6064	-8.9957
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21	0.5602	-0.1209	1.5427	0.2042	-0.0821	4.5359	-0.4565	-0.7343	1.0182	0.1767	-0.0247	-0.1543	-0.7057	-0.5175	1.2099	1.1139	0.0328	-0.965	1.3192	-0.1156	1.9976	42.1281	-11.1476	24.3735
22	2.2278	0.2822	1.1733	0.057	0.2127	0.9737	-0.3262	0.0035	0.7464	0.8461	-0.091	-1.1668	-0.3751	0.6013	0.2795	0.5791	-0.0022	-0.3406	0.5234	0.0628	1.4224	30.2567	-17.5897	13.0561
23	4.0892	0.7583	-3.6538	8.2151	-0.3303	3.2717	-0.0477	-0.0211	0.4351	-0.1932	0.5113	0.2315	0.3887	-0.4017	-0.516	0.459	-0.0094	-0.1115	0.3779	0.0612	0.8678	13.4235	-13.2707	6.5269
24	0.9637	-1.4346	-1.8634	4.3187	3.869	4.1614	-0.0142	0.4716	-0.1472	-0.8374	-0.6948	1.485	-0.1049	-1.0074	0.5175	0.5713	0.0979	-0.1722	0.4243	-0.0851	0.9856	13.328	-22.4118	-0.5726
25	1.3228	0.1614	-1.9613	4.8617	-5.669	9.0202	-0.126	-0.5554	0.1043	0.5749	-0.0768	-0.9735	0.2881	0.6807	0.2882	0.6029	0.064	-0.3053	0.4704	-0.0543	1.1211	25.4886	-13.3119	12.5153
26	7.3673	-0.4754	1.6736	2.3968	2.9564	4.3561	-0.402	-1.1106	-0.5428	0.2883	-0.2491	-0.749	-0.7554	0.8863	-0.0584	1.0942	0.0091	-0.7982	1.2289	0.0533	1.9609	44.3234	-19.2061	20.4204

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 104:113)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 114:120)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 121:145)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 146:157)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 158:161)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 162:197)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 198:206)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 207:210)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 211:268)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 269:276)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 277:286)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain A and resid 287:295)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain A and resid 296:306)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain A and resid 307:323)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain A and resid 324:343)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain A and resid 344:355)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain A and resid 356:359)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain A and resid 360:394)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain A and resid 395:400)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain A and resid 401:421)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain C and resid 1:4)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain C and resid 5:10)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain C and resid 11:101)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain D and resid 18:21)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain D and resid 22:28)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain D and resid 29:32)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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